Dadansoddiad o Weithgaredd Niwtraleiddio Gwrthgyrff Yn Erbyn Amrywiadau SARS-CoV-2 A Choronafeirws Dynol Tymhorol NL63, HKU1, A 229E a Achoswyd Gan Dri Llwyfan Brechlyn COVID-Gwahanol-19
Oct 26, 2023
Haniaethol: Mae heintiau coronafeirws, a arweiniodd at y pandemig coronafeirws syndrom anadlol acíwt difrifol 2 (SARS-CoV-2) diweddar a ddechreuodd yn 2019, wedi tynnu sylw at bwysigrwydd brechlynnau effeithiol i ysgogi ymateb gwrthgyrff gyda gweithgarwch traws-niwtraleiddio. Mae brechlynnau COVID-19 wedi'u datblygu'n gyflym i leihau baich heintiau SARS-CoV-2 a difrifoldeb clefydau. Mae traws-amddiffyniad rhag heintiau coronafirws dynol tymhorol (hCoV) wedi'i ddamcaniaethu ond mae'n dal i fod yn ddadleuol. Yma, gwnaethom ymchwilio i'r gweithgaredd niwtraleiddio yn erbyn SARS-CoV-2 hynafiadol a'r amrywiadau sy'n peri pryder (VOCs) mewn unigolion sydd wedi'u brechu â dau ddos o naill ai BNT162b2, mRNA-1273, neu AZD1222, gyda hanes neu hebddo. o haint SARS-CoV{-2. Roedd gweithgarwch niwtraleiddio gwrthgyrff i SARS-CoV-2 a'r VOCs yn uwch mewn pynciau brechu BNT162b a oedd wedi'u heintio â SARS-CoV yn flaenorol-2 ac wedi rhoi amddiffyniad sbectrwm eang. Yr amrywiad Omicron BA.1 oedd y mwyaf gwrthiannol ymhlith y VOCs. Nid oedd y brechiad COVID-19 yn rhoi amddiffyniad yn erbyn hCoV-HKU1. I'r gwrthwyneb, dangosodd gwrthgyrff a achoswyd gan frechiad mRNA hwb yn eu gweithgaredd niwtraleiddio yn erbyn hCoV-NL63, tra bod brechiad AZD1222 wedi cynyddu niwtraliad gwrthgyrff yn erbyn hCoV-229E, gan awgrymu gwahaniaethau posibl mewn antigenicity ac imiwnogenigedd y pigyn gwahanol lluniadau a ddefnyddir rhwng amrywiol lwyfannau brechu. Mae'r data hyn yn awgrymu y gallai fod epitopau a rennir rhwng yr HCoVs a SARS-CoV-2 pigyn proteinau.
Geiriau allweddol: SARS-CoV-2; tymhorol; HKU1; 229E; NL63; niwtraliad
cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd
1. Rhagymadrodd
Ym mis Rhagfyr 2019, ymledodd yr achosion o coronafirws newydd o'r enw coronafirws syndrom anadlol acíwt difrifol 2 (SARS-CoV-2) yn gyflym ledled y byd, gan arwain at bandemig byd-eang [1]. Ers hynny, mae ymdrechion rhyngwladol i gynhyrchu therapiwteg addas wedi arwain at ddatblygu llwyfannau brechu lluosog a fferyllol gwrthfeirysol eraill. Mae cynnydd graddol amrywiadau wedi cael llai o effaith ar effeithiolrwydd niwtraleiddio gwrthgyrff a godwyd naill ai gan haint blaenorol SARS-CoV-2 neu drwy frechu [2,3]. Mae Sefydliad Iechyd y Byd (WHO) wedi categoreiddio’r amrywiadau cythryblus fel amrywiadau sy’n peri pryder (VOC), tra bod amrywiadau eraill nad ydynt yn bodloni’r un meini prawf yn dod o dan amrywiadau o ddiddordeb (VOI) neu amrywiadau sy’n destun ymchwiliad (VUI). Bu cryn dipyn o ffocws ar amrywiadau a'u nodweddion, megis cyfraddau osgoi gwrthgyrff a chyfraddau atgynhyrchu, gyda llawer o astudiaethau'n cymharu amrywiadau a'u gallu i gael eu niwtraleiddio [4-8], wrth i'r pandemig barhau i fynd rhagddo.
cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd
Mae SARS-CoV-2 yn perthyn i'r teulu Coronaviridae sy'n cynnwys SARS-CoV-1 [9], firws anadlol y dwyrain canol (MERS) [10], a phedwar coronafeirws dynol 229E, HKU-1 , NL63, ac OC43 [11] (Ffigur 1A). Er bod SARS-CoV-1 a MERS wedi cael achosion a achosodd afiechyd difrifol mewn pobl [12], mae'r pedwar coronafeirws arall, y cyfeirir atynt yn gyffredin fel coronafirysau tymhorol neu ddynol (HCoVs), yn nodweddiadol yn achosi afiechyd ysgafn tebyg i annwyd cyffredin. [11,13]. Ar adegau prin, fodd bynnag, gall yr HCoVs achosi clefydau difrifol [14–16]. Mae SARS-CoV-2, ynghyd â NL63, yn defnyddio ensym trosi angiotensin 2 (ACE2) fel ei brif dderbynnydd mynediad celloedd [17,18]. Er bod HKU1 ac OC43 yn perthyn yn agosach i SARS-CoV-2, maent yn rhwymo i asidau sialig fel modd mynediad [19], tra bod 229E sy'n perthyn yn fwy pell yn defnyddio aminopeptidas dynol (hAPN) [20]. (Ffigur 1B).
Ffigur 1. Coeden ffylogenetig yr aelodau yn y teulu Coronaviridae. * yn dynodi proteinau pigyn a ddefnyddiwyd yn yr astudiaeth hon (A). Adeileddau proteinau pigyn SARS-CoV-2, a thri o'r HCoVs tymhorol; HHKU1, NL63, a 229E, a ddefnyddiwyd yn yr astudiaeth hon (B). (Codau PDF: 6VXX, 60HW, 6U7H, 5I08, a 5SZS). Mae Gray yn dynodi parth S2, tra glas golau yw parth N-terminal yr is-uned S1, ac mae glas tywyll yn cynrychioli'r is-uned S1 sy'n weddill. Mae gan NL63 adran lliw corhwyaid ychwanegol sy'n cynrychioli rhanbarth unigryw ym mharth S1 nas gwelwyd mewn coronafirysau eraill [21].
Ar ddechrau'r pandemig, cafwyd dadl ynghylch y posibilrwydd bod gan wrthgyrff a godwyd yn erbyn yr HCOVs unrhyw rôl mewn amddiffyn rhag SARS-CoV-2 [22-25]. Ers hynny, mae diddordeb cynyddol mewn HCoVs wedi arwain at gynnydd mewn dealltwriaeth o'r ymateb imiwn y maent yn ei gynhyrchu. Roedd nifer o gyhoeddiadau a ymchwiliodd i effaith HCoVs yn dibynnu ar ddefnyddio profion rhwymo megis profion imiwno-amsugnol sy'n gysylltiedig ag ensymau (ELISA) sy'n mesur rhwymo gwrthgyrff ond nad oeddent yn egluro eu galluoedd niwtraleiddio. Ar ben hynny, defnyddiwyd y genhedlaeth lwyddiannus o lwyfannau brechlyn amrywiol i amddiffyn unigolion rhag haint a chlefyd difrifol [26], er bod eu heffeithiolrwydd yn lleihau wrth i amrywiadau mwy newydd a mwy osgoi imiwnedd godi [27]. Yma, rydym yn defnyddio firysau ffug-deipio seiliedig ar lentifeirol o SARS-CoV-2, y VOCs/VOI, a HCoVs, i fesur cryfder niwtraleiddio gwrthgyrff a achosir gan ddau ddos o naill ai BNT162b2 (Pfizer), AZD1222 (Astrazeneca), neu mRNA-1273 (Moderna) yn erbyn SARS-CoV-2 ac amrywiadau B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1 (Gamma), B.1.617.2 ( Delta), B.1.525 (Eta), a B.1.1.529 (Omicron BA.1) (Ffigur 2), ac a yw unrhyw un o'r brechlynnau hyn yn gallu ychwanegu at wrthgyrff niwtraleiddio yn erbyn HCoVs 229E, HKU1, neu NL63.
Ffigur 2. Amrywiadau SARS-CoV-2 treigladau pigyn a ddefnyddiwyd yn yr astudiaeth hon.
2. Defnyddiau a Dulliau
2.1. Casgliad Serwm Cleifion/Gwybodaeth Moeseg
Casglwyd samplau sera o 36 o bynciau iach a gafodd eu brechu. Cymeradwywyd yr astudiaeth gan Bwyllgor Moesegol Ysbyty Gwyddonol San Raffaele (protocol rhif 68/INT/2020). Rhoddodd pob claf cofrestredig ganiatâd gwybodus ysgrifenedig.
2.2. Coed Ffylogenetig a Llain Tebygrwydd
Adeiladwyd adluniad ffylogenetig tebygolrwydd uchaf yn seiliedig ar aliniad codon genyn pigyn, gan ddefnyddio coeden (fersiwn 1.6.12) [28] gyda 10, 000 hatgynhyrchiad bootstrap tra-gyflym [29] a TVM+F+I Model amnewid + G4, wedi'i ddewis gan ddefnyddio ModelFinder [30]. Adeiladwyd y plot tebygrwydd dilyniant trwy alinio dilyniannau protein pigyn o SARS CoV-2 (QHD43416.1), HKU1 (YP_173238.1) 229E (NP_073551.1) a NL63 ( YP_003767.1), gan ddefnyddio mat (fersiwn 7.453) [31] (opsiwn pâr genyn) a delweddu gan ddefnyddio'r pecyn JavaScript D3 a weithredwyd yn arsylladwy (https://observablehq.com/@spyros-lytras/seasonal cov -sbigyn cyrchwyd ar 3 Tachwedd 2022).
2.3. Diwylliant Meinwe
Arennau embryonig dynol 293T/17 (HEK293T/17) celloedd a hepatocytes dynol Huh- 7 celloedd yn cael eu cynnal mewn DMEM a ategwyd gan 10% serwm ffetws buchol ac 1% penisilin/streptomycin. Roedd celloedd bochdew ofarïaidd Tsieineaidd (CHO) yn cael eu cynnal yn F12 Ham gyda 10% o serwm buchol ffetws ac 1% penisilin/streptomycin yn cael ei ategu. Roedd celloedd yn cael eu symud fel mater o drefn i atal cydlifiad trwy olchi â hydoddiant halwynog wedi'i glustogi â ffosffad a'i wahanu â trypsin-EDTA. Deorwyd pob cell ar 37 ◦C a 5% CO2.
system imiwnedd sy'n cynyddu planhigion cistanche
2.4. Cynhyrchu Feirws Ffug-deip
Cynhyrchwyd pob ffugdeip (PVs) fel y disgrifiwyd yn flaenorol [32]. Yn gryno, mae 1000 ng o pc-DNA 3.1+ plasmid yn dwyn pigyn yr hynafiaid SARS-CoV-2, amrywiadau Alpha, Beta, Delta, Gamma, Eta, Omicron Ba. Roedd 1, neu HCoVs 229E, HKU1, a NL63 yn gymysg â 1000 ng o p8.91 plasmid amgodio'r HIV Gag-pol a 1500 ng o plasmid pCSFLW yn cynnwys genyn gohebydd pryfed tân Renilla luciferase a'i gyd-drawsnewid i gelloedd cydlif HEK2503T mewn fflasgiau T-75 gan ddefnyddio FuGENE-HD. Roedd angen cam ychwanegol ar HKU-1 sef ychwanegu 1.5 U o niwrominidase alldarddol (Sigma) mewn 10 ml o DMEM wedi'i ailgyflenwi 24 awr ar ôl trawsgludiad. Er mwyn cynaeafu'r firysau ffug-deipio, dyheadwyd cyfryngau 48 h ar ôl diwrnod o drawsnewid a'u hidlo gan ddefnyddio hidlydd asetad cellwlos 0.45 µm. Cafodd pob PV ei ddosbarthu a'i storio ar −80 ◦C i'w storio. Ar ôl sawl ymgais, nid oeddem yn gallu ffug-deipio HCoV OC43.
2.5. Titradiad Feirws ffugdeip
Cafodd pob PV ei ditradu fel y disgrifiwyd yn flaenorol [32]. Paratowyd celloedd targed ar gyfer SARS-CoV-2, amrywiadau, a HCoV NL63 y diwrnod cyn titradiad trwy drawsnewid ACE-2 a TRSSMP2. Defnyddiwyd celloedd CHO fel celloedd targed ar gyfer HKU-1, a defnyddiwyd celloedd Huh-7 fel celloedd targed ar gyfer 229E. Yn gryno, ychwanegwyd 50 µL o PV wedi'i gynaeafu yn y rhes uchaf o blât ffynnon gwyn 96-gwaelod-F (Nunc), a'i wanhau'n gyfresol gan ddefnyddio DMEM neu Ham's F{-12 ar gyfer HKU-1 Mae PVs mewn hanner camau i res isaf y plât cyn ychwanegu 10,000 o gelloedd targed ym mhob ffynnon. Dychwelwyd platiau i'r deorydd am 48 awr cyn lysis gydag adweithydd Bright-Glo a phrosesu gweithgaredd genynnau gohebydd luciferase mewn unedau llinell cymharol (RLU) gan ddefnyddio luminometer Glo-Max. Mae titers PV yn cael eu hadrodd yn RLU/mL.
cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd
Cliciwch yma i weld cynhyrchion Gwella Imiwnedd Cistanche
【Gofyn am fwy】 E-bost:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
2.6. Profion ffug-niwtraleiddio (pMN).
Cynhaliwyd y prawf pMN fel y disgrifiwyd yn flaenorol. Yn gryno, cymysgwyd sera ymadfer gyda naill ai DMEM neu Ham's F-12 ar wanediad 1:40 cychwynnol ac yna'n cael ei wanhau'n gyfresol 2-plygwch mewn 96-plât ffynnon gwyn gwaelod fflat i rownd derfynol gwanediad o 1:5120. Ailadroddwyd pob sampl yn ddyblyg. Yna ychwanegwyd PVs at bob ffynnon ar fewnbwn o 1 × 106 RLU/mL. Dychwelwyd platiau i'r deorydd meithrin meinwe am 1 awr, cyn ychwanegu celloedd targed ACE-2/TRSSMP2 HEK293T a drosglwyddwyd ymlaen llaw neu gelloedd CHO ar gyfer celloedd HKU-1 a Huh-7 ar gyfer 229E, ar ddwysedd o 1 × 104 o gelloedd fesul ffynnon. Dychwelwyd platiau i'r deorydd am 48 awr cyn lysis gydag adweithydd Bright-Glo a phrosesu gweithgaredd genynnau gohebydd luciferase mewn unedau llinell cymharol (RLU) gan ddefnyddio luminometer Glo-Max. Cyfrifwyd IC50s gan ddefnyddio meddalwedd GraphPad Prism 8 gan ddefnyddio cromlin atchweliad aflinol fel y disgrifir yn [33].
2.7. Dadansoddiad Ystadegol
Defnyddiwyd profion graddio pâr Wilcoxon i asesu arwyddocâd pynciau cyfatebol. Defnyddiwyd prawf Kruskal-Wallis ANOVA i asesu arwyddocâd wrth gymharu titers IC50 rhwng tri llwyfan brechlyn. Defnyddiwyd yr holl brofion ar feddalwedd GraphPad Prism 8.
3. Canlyniadau
3.1. Nodweddion Cohort
I asesu potensial niwtraleiddio gwrthgyrff penodol SARS-CoV-2 yn erbyn SARS CoV-2 VOCs a hCoVs, sera a gafwyd o BNT162b dos dwbl2-wedi'i frechu (n=13), Archwiliwyd unigolion sydd wedi'u brechu gan AZD (n=16) a mRNA (n=7) gyda a heb hanes o haint SARS-CoV-2 ( Tabl 1).
Tabl 1. Nodweddion demograffig a chlinigol y garfan.
3.2. Niwtraleiddio Amrywiadau SARS-CoV-2
Yn gyntaf fe wnaethom gynnal profion pMN i ddadansoddi maint yr ymatebion gwrthgyrff niwtraleiddio yn erbyn SARS-CoV-2 hynafol ac amrywiadau, waeth beth fo'r math o frechlyn (Ffigur 3A). Dangosodd ein canlyniadau mai Omicron BA.1 oedd y VOC lleiaf niwtraleiddio (24-gostyngiad plyg, p =< 0.0001). As expected, we observed the samples from individuals with prior infection had higher neutralisation titers compared with immunologically naïve subjects. The serum from previously infected individuals (Figure 3B), neutralized the Alpha variant more effectively compared with the ancestral strain, as it showed a 1.3-fold decrease in median IC50 titre, followed by Eta and Delta variants, (3.4- and 4.5-fold decrease, respectively). Beta and Gamma variants were more resistant to neutralization (10.9- and 9.7-fold decrease, respectively), and Omicron BA.1 reached a 16.1-fold decrease compared with ancestral SARS-CoV-2. Notably, the majority of these subjects had received the BNT162b2 vaccine. Taken together, these results suggested that in vaccinated subjects the pre-existing immunity raised by natural infection with SARS-CoV-2, or a VOC is more effective in protecting against the spectrum of variants that emerged later over time, compared with immunity triggered by vaccination only. However, the recently emerged variants evolved mechanisms to evade the neutralizing antibody response.
Ffigur 3. Gallu gwrthgyrff serwm i niwtraleiddio SARS-CoV-2 a VOCs gan unigolion sydd wedi'u brechu â dau ddos o naill ai BNT162b2, AZD1222, neu mRNA-1273. Ymateb gwrthgyrff niwtraleiddio yn erbyn yr amrywiadau SARS-CoV-2 hynafiadol, mewn unigolion a oedd wedi'u heintio o'r blaen (glas) ac unigolion heb eu heintio (coch) sy'n derbyn dau ddos o naill ai brechlynnau BNT162b2, AZD1222, neu mRNA{{- (A) . Defnyddiwyd dadansoddiad ystadegol profion rheng wedi'u llofnodi gan barau Wilcoxon i gymharu SARS-CoV -2 hynafiadol yn erbyn pob amrywiad (A). Proffiliau niwtraleiddio sera o BNT162b2-pynciau sydd wedi'u brechu â hanes o haint blaenorol. Ni ddefnyddiwyd unrhyw brawf ystadegol ar gyfer BNT162b2 ym mhanel C oherwydd maint bach y sampl gydag amrywiad mawr. (B). Proffiliau niwtraleiddio'r tri math o frechlyn yn erbyn amrywiadau (C) a'u cymharu rhwng llwyfannau brechlynnau. (D) Defnyddiwyd dadansoddiad ystadegol profion rheng wedi'u llofnodi gan barau Wilcoxon i gymharu SARS-CoV hynafol-2 yn erbyn pob amrywiad ym mhanel C. Defnyddiwyd Kruskal-Wallis ANOVA ar gyfer dadansoddiad ystadegol ym mhanel D. ns {{23} } ddim yn arwyddocaol, * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p Llai na neu'n hafal i 0.0001.
Yna fe wnaethom ddadansoddi pynciau nad oeddent wedi profi haint SARS-CoV-2 cyn rhoi brechlyn (Ffigur 3C). Dadansoddwyd effeithiolrwydd pob platfform brechlyn mewn perthynas â'r gallu i niwtraleiddio'r straen hynafiadol a'i amrywiadau. Gwelsom fod y sera o bynciau a gafodd eu brechu gan BNT162b yn cynnwys lefelau IC50 canolrifol uchel o gymharu â'r rhai a gafwyd gan unigolion a gafodd eu brechu gan mRNA-1273- ac AZD. Er na ddangosodd yr amrywiad Alpha ddihangfa imiwn yn unrhyw un o'r pynciau a gafodd eu brechu, roedd yr holl VOCs yn gwrthsefyll niwtraliad gwrthgyrff i raddau gwahanol (Ffigur 3C). Nid oeddem yn gallu tynnu sgorau arwyddocâd ystyrlon o'r samplau BNT162b2 oherwydd ychydig o samplau (n=5) gyda lledaeniad mawr iawn mewn titrau IC50. Ni welsom unrhyw wahaniaeth ystadegol arwyddocaol rhwng y tri llwyfan brechlyn o ran eu gallu i niwtraleiddio amrywiadau Alpha, Eta, Beta, Gamma, a BA.1. I'r gwrthwyneb, gwelwyd y gwahaniaeth mwyaf rhwng y tri math o frechlyn gydag amrywiadau hynafol a Delta, gan fod mRNA-1273 yn dangos gostyngiad o 1.6- ac 1.{4-plyg yn y tiitrau IC50 canolrifol, yn y drefn honno , o gymharu â BNT162b2, tra dangosodd AZD1222 leihad o 3.8- a 4.1-plygiad (Ffigur 3D).
3.3. Niwtraleiddio HCoVs Tymhorol
Er mwyn penderfynu a allai brechu yn erbyn SARS-CoV-2 groes-ddiogelu yn erbyn HCoVs tymhorol, fe wnaethom ofyn a oedd haint blaenorol gyda SARS-CoV-2 wedi cael unrhyw effaith ar niwtraliad yr HCoVs ar sail gwrthgyrff (Ffigur 4A ). Ni welsom unrhyw gynnydd ystadegol arwyddocaol mewn niwtraleiddio teitlau yn erbyn naill ai 229E neu HKU-1 rhwng unigolion heintiedig SARS-CoV{-2 blaenorol a naïf. I'r gwrthwyneb, canfuwyd gostyngiad ystadegol arwyddocaol mewn niwtraleiddio teitrau yn erbyn NL63 ar ôl gweinyddu'r ail ddos mewn pynciau a gafodd eu brechu a gafodd haint SARS-CoV-2 (p=0.033) o gymharu â'r naïf (p {{). 16}}.063). Yna fe wnaethom asesu a fyddai un neu fwy o'r llwyfannau brechlyn yn rhoi hwb i'r titers yn erbyn yr HCoVs ym mhob pwnc, waeth beth fo'u statws haint blaenorol (Ffigur 4B). Yn gyffredinol, mewn pynciau sydd wedi'u brechu, roedd y lefelau niwtraleiddio gwrthgyrff canolrifol yn erbyn NL63 yn uwch o gymharu â'r rhai yn erbyn 229E a HKU1, waeth beth fo'r llwyfan brechlyn (Ffigur 4B). Yn nodedig, mae NL63 yn defnyddio ACE2 fel derbynnydd mynediad i'r celloedd targed, fel y mae SARS-CoV-2. Ni chafodd y math o frechlyn effaith wrth hybu'r gweithgareddau niwtraleiddio yn erbyn y tri choronafirws tymhorol a astudiwyd gennym ar ôl gweinyddu'r ail ddos, ac eithrio NL63 a HKU1. Cynyddodd teitrau IC50 yn erbyn NL63 ar ôl yr ail ddos gan ddefnyddio mRNA-1273 (p=0.03), tra dangosodd 229E gynnydd ystadegol arwyddocaol mewn titer IC50 mewn unigolion a gafodd eu brechu AZD yn unig (p 1222- {37}}< 0.001). Conversely, after the second boost of the BNT162b2 vaccine, neutralization titers against HCoV HKU-1 decreased, probably due to the selection of antigen-specific plasma cells with lower affinity for the HKU1 spike. To better understand the impact of COVID-19 vaccination on the protection from seasonal HCoVs in subjects with or without a history of SARS-CoV-2 infection, we analysed the spike protein similarity of HCoVs HKU1, NL63, 229E, and SARS-CoV-2 to investigate whether a particular region could explain the neutralization differences (Figure 4C). The similarity plot generated by comparing pairwise similarity showed HKU1 had higher similarity in all spike regions to the SARS-CoV-2 spike compared with 229E and NL63, consistent with the viruses' taxonomy. However, HKU1 seems to have extra insertions at the C-terminal end of the RBD compared with the other two seasonals and SARS-CoV-2. Furthermore, the S2 region shows much higher similarity to SARS-CoV-2 in all three HCoVs compared with the S1 region (Figure 4C).
Ffigur 4. Cymharu ymatebion niwtraleiddio yn HCoVs NL63, 229E, a HKU1 rhwng brechlyn dos cyntaf ac ail yn erbyn SARS-CoV-2. Proffil niwtraleiddio yn erbyn HCoVs NL63, 229E, a HKU1 mewn pynciau dos dwbl BNT162b2, mRNA-1273, neu AZD1222 – pynciau sydd wedi'u brechu gyda neu heb hanes o haint SARS-CoV-2. (A). Niwtraleiddio titrau gwrthgyrff yn erbyn yr HCoVs a grybwyllwyd uchod ar ôl y dos cyntaf a'r ail ddos o frechlynnau BNT162b2, mRNA{{2{0}}, neu AZD1222. (B). Defnyddiwyd dadansoddiad ystadegol profion rheng wedi'u llofnodi gan barau cyfatebol Wilcoxon yn A a B. Mae plotiau tebygrwydd (C) yn dangos bod gan bigyn HKU-1 ddilyniant asid amino tebycach i SARS-CoV-2 o gymharu â'r ddau. NL63 a 229E ym mhob rhan o'r protein pigyn. Mae llinellau toredig ar y brig yn dangos tebygrwydd pâr o asid amino rhwng SARS-CoV-2 a'r 3 protein HCoV Spike, wedi'u plotio gan ddefnyddio maint ffenestr asid amino 4{00 a cham o 1. Roedd y safleoedd â bylchau yn gwahardd o'r ffenestri. Mae llinellau llorweddol ar y gwaelod yn nodi presenoldeb gweddillion ar gyfer pob un o'r 4 coronafeirws wedi'u halinio ar draws hyd yr aliniad (presenoldeb lliw=presenoldeb asid amino; bwlch lliw =). ns=ddim yn arwyddocaol, * p < 0.05, *** p < 0.001.
4. Trafodaeth
Yn yr astudiaeth hon, roeddem yn gallu cymharu'n uniongyrchol y titrau niwtraleiddio gwrthgyrff a achosir gan ddau frechlyn yn seiliedig ar m-RNA, BNT162b2 a mRNA-1273, a brechlyn yn seiliedig ar adenofirol, AZD1222, yn erbyn SARS-CoV{{8} }, ei amrywiadau ymddangosiadol, a thri HCoV tymhorol. Mae ein data ar niwtraleiddio gwrthgyrff yn erbyn SARS-CoV-2 a'i amrywiadau mewn pynciau sydd wedi'u brechu, gyda neu heb hanes o haint blaenorol, yn cytuno â'r hyn a adroddir yn y llenyddiaeth [2,4,5,7,34-38 ]. Gwnaethom gadarnhau bod brechu â dau ddos o frechlynnau wedi ysgogi gwrthgyrff a oedd yn gallu niwtraleiddio SARS-CoV-2 a VOCs, gyda BNT162b2 yn cael y titrau niwtraleiddio uchaf, ac yna mRNA-1273 ac AZD1222. Er gwaethaf eu gwahaniaethau mewn lefelau niwtraliad, adroddwyd bod y tri brechlyn yn effeithiol iawn o ran atal COVID difrifol-19 [39–41]. Amrywiad Omicron BA.1 oedd yr un mwyaf osgoiol o'r holl VOCs a ddadansoddwyd yn yr astudiaeth hon (Ffigur 3). Yn wir, roedd y protein pigyn treiglo'n drwm o amrywiad BA.1 yn her i effeithiolrwydd y brechlynnau presennol i amddiffyn rhag COVID-19 a thynnodd sylw at yr angen i fonitro'r amddiffyniad a roddir yn erbyn hyn a'r SARS-CoV sydd newydd ddod i'r amlwg{ {31}} amrywiad, sef Omicron BA.4 a BA.5. Mae fformwleiddiadau deufalent o frechlynnau sy'n seiliedig ar mRNA, sy'n cynnwys mRNA pigyn yr hynafiaid SARS-CoV-2 a'r un sy'n gyffredin rhwng y llinachau BA.4 a BA.5 wedi'u cynllunio a'u hawdurdodi er mwyn gwrthweithio osgoi'r ymateb imiwn a ddeilliodd o'r cynllun brechlyn gwreiddiol.
Mae HCoVs wedi'u dosbarthu'n fyd-eang a chredir eu bod yn ysgogi gwrthgyrff amddiffynnol sy'n para am gyfnod byr [42]. Felly, mae tebygolrwydd uchel y bydd ail-heintio yn parhau i fod yn uchel, yn enwedig yn ystod cyfnodau'r gaeaf [13,43-45] er gwaethaf seroprevalence uchel [43,45,46]. Mae dadl ar hyn o bryd a yw haint blaenorol gyda HCoVs tymhorol yn arwain at wrthgyrff traws-adweithiol yn erbyn SARS-CoV-2, ac yn bwysicach fyth, a yw hyn yn trosi i amddiffyniad yn erbyn SARS-CoV-2. Canfuwyd gwrthgyrff traws-adweithiol [47-54] ac ymatebion celloedd T [55-61] mewn sera cyn-bandemig a rhoddwyr iach; fodd bynnag, mae dulliau arbrofol tebyg wedi dangos bod y gwrthwyneb yn wir gan ymchwilwyr eraill [62]. Yn ogystal, mewn llawer o'r erthyglau a grybwyllwyd uchod a ddatgelodd wrthgyrff traws-adweithiol mewn samplau cyn-bandemig, cyfran fach o gyfanswm y sera a ddadansoddwyd oedd nifer y samplau traws-adweithiol, sy'n awgrymu bod traws-adweithedd, er ei fod yn bodoli, yn isel. . Mae’r un cwestiwn wedi’i godi am wrthgyrff a ddeilliodd o frechlynnau COVID-19, gydag astudiaethau’n dangos gwrthgyrff traws-adweithiol i rai ond nid pob un o’r HCoVs tymhorol [63-65]. Dangoswyd bod brechiad protein pigyn SARS-CoV-2 yn ysgogi gwrthgyrff traws-adweithiol i feirysau Alpha- a Betacoronafeirws mewn macaques [66]. Mae'n bwysig canfod a yw gwrthgyrff traws-adweithiol yn trosi'n wrthgyrff amddiffynnol, niwtraleiddio yn erbyn SARS-CoV-2. Awgrymodd rhai adroddiadau, er bod hwb bach mewn gwrthgyrff tuag at HCoVs yn ystod haint SARS-CoV-2, nad ydynt yn gysylltiedig ag amddiffyniad [67]. Yn yr un modd, dangosodd astudiaethau nad oedd haint blaenorol gyda HCoVs yn amddiffyn rhag haint a chlefyd SARS-CoV [68,69].
cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd
Ni welsom unrhyw hwb o niwtraleiddio titers gwrthgyrff yn erbyn HKU1 yn ein carfan o bynciau sydd wedi'u brechu gan SARS-CoV, waeth beth fo'u statws cyn-heintus SARS-CoV-2, ac eithrio pynciau a weinyddir gyda BNT162b2. Mae hyn mewn cyferbyniad â dau adroddiad a welodd hwb mewn teitrau HKU-1 ar ôl y brechiad yn erbyn SARS-CoV-2 gan BNT162b2 [63,64]. Mae Hicks et al. yn dangos bod gwrthgyrff sy'n adweithio i HCoV-OC43 a HCoVHKU1 wedi cael cyn lleied o groes-adweithedd â SARS-CoV-2, yn unol â homoleg dilyniant y proteinau hyn [54]. At hynny, ni roddodd haint SARS-CoV-2 blaenorol hwb i'r traws-niwtraleiddio yn erbyn naill ai HKU1 na'r HCoV-229E sy'n fwy cysylltiedig yn ffylogenetig (Ffigur 4A). Awgrymodd un adroddiad y gallai fod gan HKU1 dderbynnydd ymgeisydd arall sydd eto i'w nodi, oherwydd presenoldeb ABA tybiedig, ymhell o'r rhanbarthau rhwymo asid sïaidd [70,71]. Dylid nodi hefyd y gallai gallu niwtraleiddio fod nid yn unig yn dibynnu ar y tebygrwydd pâr rhwng asidau amino yn y protein ond hefyd ar fewnosodiadau byr a dileadau a all newid cydffurfiad strwythurol y protein. Er enghraifft, gallai mewnosodiad penodol HKU-1-ar ben terfynell C yr ABA (Ffigur 4C) esbonio ein canlyniadau niwtraliad yn rhannol. I'r gwrthwyneb, canfuom fod yr ail ddos roi mewn pynciau naïf wedi cynyddu'r ymateb gwrthgyrff amddiffynnol yn erbyn NL63 o'i gymharu â'r hyn a gafwyd mewn pynciau heintiedig blaenorol a oedd yn derbyn yr un dos. Mae'n debyg bod hyn oherwydd y ffaith na chafodd amlygiadau ychwanegol i'r antigen pigyn effaith ar niwtraliad gwrthgyrff yn erbyn NL63.
Gall y gwahaniaethau mewn niwtraliad gwrthgyrff rhwng yr HCoVs fod oherwydd y gwahaniaethau yn y pigau a ddefnyddir gan y llwyfannau brechu. Mae BNT162b27 yn amgodio pigyn hyd llawn gyda'r safleoedd treiglo K986P a V987P i sefydlogi cydffurfiad cyn-fusion y protein [72]. Mae'r brechlyn mRNA-1273 yn cynnwys y dilyniant codio ar gyfer glycoprotein pigyn wedi'i sefydlogi gan yr un amnewidion proline a ddefnyddir yn y brechlyn BNT162b2, gydag angor trawsbilen a safle holltiad S{1-S2 cyfan. Mae'r cydffurfiad cyn-fusion yn cael ei sefydlogi gan yr amnewidiadau proline olynol, sydd wedi'u lleoli yn yr is-uned S2 ar frig yr helics canolog [73]. I'r gwrthwyneb, mynegir pigyn tebyg i frodorol gan y brechlyn AZD1222. Gan fod ein pynciau naïf wedi'u rhoi gyda'r brechlyn AZD1222, gallwn ddyfalu bod ffurf frodorol y protein pigyn wedi sbarduno datblygiad teitrau gwrthgyrff niwtraleiddio uwch o gymharu â'r hyn a achosir gan y protein a sefydlogwyd ymlaen llaw. I'r gwrthwyneb, rhoddodd yr ail amlygiad imiwnogenig i'r pigyn SARS-CoV-2 hwb i'r ymateb niwtraleiddio yn erbyn NL63 neu 229E (Ffigur 4B), fel yr adroddwyd yn flaenorol [67], yn dibynnu ar y platfform brechlyn, waeth beth fo'r rhag- statws haint. Yn ddiddorol, nododd adroddiad arall yr un gweithgaredd traws-niwtral, er bod hyn yn waeth beth fo'r platfform brechlyn [74]. Rydym yn dyfalu y gall traws-adweithedd godi oherwydd y tebygrwydd mewn epitopau ym motiff rhwymo derbynyddion (RBM) NL63 i SARS-CoV-2 gan fod y ddau firws yn rhannu ACE-2 fel eu derbynnydd mynediad [75 ]. Yn yr un modd, adroddwyd bod epitop sy'n gorgyffwrdd â'r peptid ymasiad S2 yn 229E yn ennyn croes-adweithedd yn erbyn SARS-CoV-2 [48]. Cân et al. disgrifiodd gwrthgyrff niwtraleiddio amddiffynnol sy'n targedu'r is-barth S2 [53]. Ar ben hynny, canfu adroddiad yn ystod yr achosion gwreiddiol o SARS-CoV-1 hefyd wrthgyrff traws-adweithiol yn erbyn NL63 a 229E [76], gan gryfhau'r ddamcaniaeth o epitopau a rennir rhwng Alphacoronaviruses a Betacoronaviruses. Nid yw protein S NL63 yn cynnwys y safle adnabod furin ac nid yw'n cael ei hollti yn ystod biogenesis [77]. Yn yr un modd, nid oes gan y protein pigyn a fynegir gan y brechlyn mRNA1273 y safle holltiad; felly, gallai cydffurfiad y protein fod yn debyg a gallai sbarduno gwrthgyrff niwtraleiddio yn erbyn epitopau a rennir ac sy'n cael eu hybu ar ôl ail amlygiad i'r un antigen.
Gallai natur antigenig y protein pigyn a fynegir gan y gwahanol frechlynnau, ynghyd â'r cydffurfiadau lluosog y gallant eu caffael, effeithio ar ddatblygiad gwrthgyrff niwtraleiddio â gwahanol gysylltiadau tuag at sawl epitop yn y protein pigyn. Gan nad yw'r pigyn AZD-1222 yn cynnwys y ddau dreiglad proline i sefydlogi ei bigyn yn strwythur cyn-ymasiad trimerig [78,79], gallai presenoldeb pigyn ôl-ymasiad arwain at ymateb imiwn mwy tuag at epitopau. yn y parth S2. Gallai hyn esbonio pam na welsom unrhyw hwb wrth niwtraleiddio titers yn erbyn 229E naill ai mewn imiwnogen cyn-ymasiad wedi'i seilio ar mRNA neu samplau wedi'u brechu. Yn y pen draw, er gwaethaf gweld cynnydd mewn titers, mae'n amhosibl i ni ddatgan a yw hyn yn trosi'n titers amddiffynnol gan nad yw cydberthynas amddiffyniad yn erbyn SARS-CoV-2 wedi'u diffinio eto. Mae nifer o gyfyngiadau yn ein hastudiaeth i'w hystyried. Byddai ein data wedi elwa ar niferoedd mwy o samplau ym mhob math o lwyfannau brechlyn, a samplau rheoli o unigolion heb eu brechu sydd naill ai wedi’u heintio â SARS-CoV-2 ai peidio. At hynny, ni wnaethom ddadansoddi lefelau gwaelodlin gwrthgyrff niwtraleiddio traws-adweithiol yn erbyn coronafirysau tymhorol yn ein carfan o bynciau sydd wedi'u brechu. Byddai brechlyn pan-coronafeirws yn ennyn gwrthgyrff sy'n cydnabod ac yn niwtraleiddio ystod eang o coronafirysau. Mae hyn yn heriol oherwydd natur enetig y firysau RNA hyn sy'n aml yn treiglo ac yn achosi imiwnedd sy'n pylu dros amser, gan gynyddu'r tebygolrwydd o ail-heintio. Felly, mae nodi'r epitopau allweddol sydd wedi'u lleoli yn y rhanbarthau mwyaf gwarchodedig o'r protein pigyn, yn enwedig yn yr is-uned S2, yn berthnasol i gymell gwrthgyrff niwtraleiddio o bosibl sydd â chysylltiad ehangach â'r derbynyddion cellog sy'n cyfryngu mynediad firaol. Mae sawl ymgeisydd brechlyn wedi'u llunio, ac mae rhai yn seiliedig ar antigenau deuol gan gynnwys cydrannau pigyn a nucleocapsid (N) [80]. Mae'r fformwleiddiadau hyn yn y cyfnod cyn-glinigol gan y gallent ddarparu ymatebion imiwnedd cellog a humoral ehangach a mwy gwydn yn erbyn coronafirysau [80].
Cyfeiriadau
1. Zhu, N.; Zhang, D.; Wang, W.; Li, X. ; Yang, B. ; Cân, J.; Zhao, X. ; Huang, B. ; Shi, W. ; Lu, R. ; et al. Coronafeirws Newydd gan Gleifion â Niwmonia yn Tsieina, 2019. N. Engl. J. Med. 2020, 382, 727–733. [CrossRef] [PubMed]
2. Altmann, DM; Boyton, RJ; Beale, R. Imiwnedd i SARS-CoV-2 Amrywiadau o Bryder. Gwyddoniaeth 2021, 371, 1103–1104. [CrossRef] [PubMed]
3. Burki, T. Deall Amrywiadau SARS-CoV-2. Lancet 2021, 397, 462. [CrossRef] [PubMed]
4. Garcia-Beltran, WF; Lam, EC; St. Denis, K.; Nitido, OC; Garcia, ZH; Hauser, BM; Feldman, J.; Pavlovic, MN; Gregory, DJ; Poznansky, MC; et al. Amrywiadau SARS-CoV Lluosog-2 Dianc Niwtraleiddio trwy Imiwnedd Hiwmor a Achosir gan Frechlyn. Cell 2021, 184, 2372–2383. [CrossRef] [PubMed]
5. Hoffmann, M.; Arora, P.; Groß, R.; Seidel, A. ; Hörnich, BF; Hahn, AS; Krüger, N.; Grainne, L. ; Hofmann-Winkler, H.; Kempf, A. ; et al. SARS-CoV-2 Amrywiadau B.1.351 a P.1 Dianc rhag Gwrthgyrff Niwtraleiddio. Cell 2021, 184, 2384–2393. [CrossRef]
6. Cantoni, D.; Maeora-Neto, M.; Nadesalingam, A.; Wells, DA; Carnell, GW; Ohlendorf, L.; Ferrari, M.; Palmer, P.; Chan, ACY; Smith, P.; et al. Hierarchaeth Niwtraleiddio SARS-CoV-2 Amrywiadau o Bryder Trwy Ddefnyddio Asesiadau Niwtraleiddio Meintiol Safonol yn Datgelu Cydberthynas â Difrifoldeb Clefydau; Tuag at Ddadansoddi Trothwyon Gwrthgyrff Amddiffynnol. Blaen. Imiwnol. 2022, 13, 773982. [CrossRef]
7. Planas, D. ; Bruel, T. ; Grzelak, L.; Guivel-Benhassine, F.; Staropoli, I. ; Porrot, F. ; Planchais, C. ; Buchrieser, J.; Rajah, MM; Esgob, E. ; et al. Sensitifrwydd SARS-CoV Heintus-2 Amrywiadau B.1.1.7 a B.1.351 i Wrthgyrff Niwtraleiddio. Nat. Med. 2021, 27, 917–924. [CrossRef]
8. Lustig, Y. ; Zuckerman, N.; Nemet, I. ; Atari, N.; Kliker, L. ; Regev-Yochay, G.; Sapir, E. ; Mor, O. ; Alroy-Preis, S.; Mendelson, E.; et al. Gallu Niwtraleiddio yn erbyn Delta (B.1.617.2) ac Amrywiadau Eraill o Bryder yn dilyn Brechu Comirnaty (BNT162b2, BioNTech/Pfizer) mewn Gweithwyr Gofal Iechyd, Israel. Eurosurveillance 2021, 26, 2100557. [CrossRef]
9. Ksiazek, TG; Erdman, D.; Goldsmith, CS; Zaki, SR; Peret, T. ; Emery, S.; Tong, S.; Urbani, C. ; Comer, JA; Lim, W. ; et al. Coronafirws Newydd sy'n Gysylltiedig â Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol. N. Saesneg. J. Med. 2003, 348, 1953–1966. [CrossRef]
10. Zaki, AC; van Boheemen, A.S.; Bestebroer, TM; Osterhaus, ADME; Fouchier, RAM Ynysu Coronavirus Newydd o Ddyn â Niwmonia yn Saudi Arabia. N. Saesneg. J. Med. 2012, 367, 1814–1820. [CrossRef]
11. Liu, DX; Liang, JQ; Fung, TS Human Coronavirus-229E, -OC43, -NL63, a -HKU1 (Coronaviridae). Yn Encyclopedia of Virology, 4ydd arg.; Bamford, DH, Zuckerman, M., Gol.; Gwasg Academaidd: Rhydychen, DU, 2021; pp. 428–440. ISBN 978-0-12-814516-6.
12. de Wit, E. ; van Doremalen, N.; Falzarano, D.; Munster, VJ SARS, a MERS: Mewnwelediadau Diweddar i Coronafeirws sy'n Dod i'r Amlwg. Nat. Microbiol Parch. 2016, 14, 523–534. [CrossRef]
13. Gaunt, ER; Hardie, A.; Claas, ECJ; Simmonds, P.; Tredeml, KE Epidemioleg a Chyflwyniadau Clinigol o'r Pedwar Coronafirws Dynol 229E, HKU1, NL63, ac OC43 a Ganfuwyd dros 3 blynedd Gan Ddefnyddio Dull PCR Amser Real Amlblecs Newydd. J. Clin. Microbiol. 2010, 48, 2940–2947. [CrossRef]
14. Da Veiga, ABG; Martins, LG; Riediger, I. ; Mazetto, A. ; Debur, MdC; Gregianini, TS Mwy nag Annwyd Cyffredin yn unig: Coronafeirws Endemig OC43, HKU1, NL63, a 229E yn gysylltiedig â Heintiau Anadlol Acíwt Difrifol ac Achosion Marwolaeth ymhlith Oedolion Iach. J. Med. Firol. 2021, 93, 1002–1007. [CrossRef]
15. Arden, KE; Nissen, MD; Slotiau, TP; Mackay, IM Coronafeirws Dynol Newydd, HCoV-NL63, Yn Gysylltiedig â Chlefyd Llwybr Anadlol Isaf Difrifol yn Awstralia. J. Med. Firol. 2005, 75, 455–462. [CrossRef]
16. Llaw, J. ; Rhosyn, EB; Salinas, A. ; Lu, X. ; Sakthivel, SK; Schneider, E.; Watson, JT Achos Salwch Anadlol Difrifol sy'n Gysylltiedig â Choronafeirws Dynol NL63 mewn Cyfleuster Gofal Hirdymor. Yn dod i'r amlwg. Heintio. Dis. 2018, 24, 1964–1966. [CrossRef]
17. Hoffmann, M.; Kleine-Weber, H.; Schroeder, A.S.; Krüger, N.; Herrler, T.; Erichsen, A.S.; Schiergens, TS; Herrler, G.; Wu, N.-H.; Nitsche, A. ; et al. SARS-CoV-2 Mae Mynediad Cell yn dibynnu ar ACE2 a TMPRSS2 ac yn cael ei rwystro gan atalydd proteas a brofwyd yn glinigol. Cell 2020, 181, 271–280.e8. [CrossRef]
18. Hoffmann, H. ; Pyrc, K. ; van der Hoek, L.; Geier, M.; Berkout, B. ; Pöhlmann, S. Coronavirus Dynol NL63 Yn Cyflogi'r Derbynnydd Coronafirws Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol ar gyfer Mynediad Cellog. Proc. Natl. Acad. Sci. UDA 2005, 102, 7988–7993. [CrossRef]
19. Hulswit, RJG; Lang, Y. ; Pobyddion, MJG; Li, W. ; Li, Z. ; Schouten, A.; Ophorst, B. ; van Kuppeveld, FJM; Boons, G.-J.; Bosch, B.-J.; et al. Coronafeirws Dynol OC43 a HKU1 Rhwymo i 9-O-Asetylated Asidau Sialaidd drwy Safle Cadw Derbynnydd-Rhwymo mewn Parth Protein Spike A. Proc. Natl. Acad. Sci. UDA 2019, 116, 2681–2690. [CrossRef]
20. Yeager, CL; Ashmun, RA; Williams, RK; Cardellichio, CB; Shapiro, LH; Edrych arno; Holmes, KV Dynol Aminopeptidase N Yn Dderbynnydd ar gyfer Coronafeirws Dynol 229E. Natur 1992, 357, 420–422. [CrossRef]
21. Wu, K. ; Li, W. ; Peng, G. ; Li, F. Strwythur Crisial NL63 Parth Rhwymo Derbynnydd Coronafirws Anadlol Wedi'i Gymlethu â'i Dderbynnydd Dynol. Proc. Natl. Acad. Sci. UDA 2009, 106, 19970–19974. [CrossRef]
22. Meyerholz, DK; Perlman, S. A yw Haint Coronafirws Annwyd Cyffredin yn Amddiffyn rhag Clefyd SARS-CoV-2 Difrifol? J. Clin. Ymchwilio. 2021, 131. [CrossRef] [PubMed]
23. Ringlander, J. ; Martner, A.; Nilsson, A.S.; Westin, J.; Lindh, M.; Hellstrand, K. Amlder a Difrifoldeb Covid-19 mewn Cleifion â Heintiau a Ddilyswyd yn Flaenorol a Hebddynt â Choronafeirws Anwyd Cyffredin. J. Heintio. Dis. 2021, 223, 1831–1832. [CrossRef]
24. Schnierle, BS Ymateb i Ringlander et al. J. Heintio. Dis. 2021, 223, 1833. [CrossRef] [PubMed]
25. Beretta, A.; Cranage, M. ; Zipeto, D. A yw Imiwnedd Traws-adweithiol yn Sbarduno COVID-19 Imiwnopathogenesis? Blaen. Imiwnol. 2020, 11, 2695. [CrossRef] [PubMed]
26. Creech, CB; Walker, SC; Samuels, RJ SARS-CoV-2 Brechlynnau. JAMA 2021, 325, 1318–1320. [CrossRef]
27. Tao, K. ; Tzou, PL; Nouhin, J. ; Gupta, RK; de Oliveira, T.; Pwll Kosakovsky, SL; Fera, D.; Shafer, RW Arwyddocâd Biolegol a Chlinigol yr Amrywiadau SARS-CoV-2 Dod i'r Amlwg. Nat. Genet y Parch. 2021, 22, 757–773. [CrossRef]
28. Nguyen, L.-T.; Schmidt, HA; von Haeseler, A.; Minh, BQ IQ-TREE: Algorithm Stochastig Cyflym ac Effeithiol ar gyfer Amcangyfrif Ffylogeneddau Tebygolrwydd Uchaf. Mol. Biol. Evol. 2015, 32, 268–274. [CrossRef]
29. Hoang, DT; Chernomor, O.; von Haeseler, A.; Minh, BQ; Vinh, LS UFBoot2: Gwella'r Brasamcan Bootstrap Ultrafast. Mol. Biol. Evol. 2018, 35, 518–522. [CrossRef]
30. Kalyaanamoorthy, S.; Minh, BQ; Wong, TKF; von Haeseler, A.; Jermiin, LS ModelFinder: Dewis Model Cyflym ar gyfer Amcangyfrifon Ffylogenetig Cywir. Nat. Dulliau 2017, 14, 587–589. [CrossRef]
31. Katoh, K. ; Standley, DM MAFFT Meddalwedd Aliniad Dilyniant Lluosog Fersiwn 7: Gwelliannau mewn Perfformiad a Defnyddioldeb. Mol. Biol. Evol. 2013, 30, 772–780. [CrossRef]
32. Genova, CD; Sampson, A. ; Scott, A.S.; Cantoni, D.; Maeora-Neto, M.; Bentley, E.; Mattiuzzo, G.; Wright, E.; Derveni, M.; Auld, B. ; et al. Cynhyrchu, Titradiad, Niwtraleiddio, Storio a Lyoffileiddio Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol Coronafeirws 2 (SARS-CoV-2) Ffugdeipiau Lentifeirws. Bio-Brotocol 2021, 11, e4236. [CrossRef]
33. Ferrara, F.; Temperton, N. Profion Niwtraleiddio Ffug-deip: O Fainc Labordy i Ddadansoddi Data. Dulliau Protoc. 2018, 1, 8. [CrossRef]
34. Liu, C. ; Ginn, HM; Dejnirattisai, W.; Supasa, P. ; Wang, B. ; Tuekprakhon, A.; Nutalai, R. ; Zhou, D.; Mentzer, AJ; Zhao, Y.; et al. Llai o Niwtraleiddio SARS-CoV-2 B.1.617 drwy Frechiad a Serwm Ymadfer. Cell 2021, 184, 4220–4236.e13. [CrossRef]
35. Shen, X. ; Tang, H. ; Pajon, R. ; Smith, G.; Glenn, GM; Shi, W. ; Korber, B. ; Montefiori, DC Niwtraleiddio SARS-CoV-2 Amrywiadau B.1.429 a B.1.351. N. Saesneg. J. Med. 2021, 384, 2352–2354. [CrossRef]
36. Shen, X. ; Tang, H. ; McDanal, C.; Wagh, K. ; Fischer, W.; Theiler, J.; Yoon, H.; Li, D.; Haynes, BF; Sanders, KO; et al. SARS-CoV-2 Amrywiad B.1.1.7 Yn Agored i Niwtraleiddio Gwrthgyrff a Enillir gan Frechlynnau Sbigog Ancestral. Microb Host Cell 2021, 29, 529–539. [CrossRef]
37. Willett, BJ; Grove, J.; MacLean, OA; Wilkie, C. ; De Lorenzo, G.; Furnon, W.; Cantoni, D.; Scott, A.S.; Logan, N.; Ashraf, A.S.; et al. Mae SARS-CoV-2 Omicron yn Amrywiad Dianc Imiwn gyda Llwybr Mynediad Cell wedi'i Newid. Nat. Microbiol. 2022, 7, 1161–1179. [CrossRef]
38. Siracusano, G. ; Ruggiero, A.; Bisoffi, Z. ; Piubelli, C.; Carbonare, LD; Valenti, MT; Maeora-Neto, M.; Temperton, N.; Lopalco, L.; Zipeto, D. Dirywiad Gwahanol Ymateb Gwrthgyrff a Sensitifrwydd VOC mewn Pynciau Naïf a Phynciau Heintiedig O'r Blaen 15 Wythnos Ar ôl Brechu â BNT162b2. J. Cyfieithiad. Med. 2022, 20, 22. [CrossRef]
39. Polack, FP; Thomas, SJ; Kitchin, N.; Absalon, J. ; Gurtman, A. ; Lockhart, A.S.; Perez, JL; Pérez Marc, G.; Moreira, ED; Zerbini, C.; et al. Diogelwch ac Effeithlonrwydd Brechlyn Covid-19 BNT162b2 MRNA. N. Saesneg. J. Med. 2020, 383, 2603–2615. [CrossRef]
40. Baden, o'r chwith i'r dde; El Sahly, EM; Essink, B. ; Kotloff, K.; Frey, S.; Novak, R. ; Diemert, D.; Specor, SA; Rouphael, N.; Creech, CB; et al. Effeithlonrwydd a Diogelwch y brechlyn MRNA-1273 SARS-CoV-2. N. Saesneg. J. Med. 2021, 384, 403–416. [CrossRef]
41. Emary, KRW; Golubchik, T.; Aley, PK; Ariani, CV; Angus, B. ; Bibi, S.; Blane, B. ; Bonsall, D.; Cicconi, P.; Charlton, A.S.; et al. Effeithlonrwydd Brechlyn ChAdOx1 NCoV-19 (AZD1222) yn erbyn SARS-CoV-2 Amrywiad o Bryder 202012/01 (B.1.1.7): Dadansoddiad Archwiliadol o Hap-dreial Rheoledig. Lancet 2021, 397, 1351–1362. [CrossRef]
42. Edridge, AWD; Kaczorowska, J.; Hoste, ACR; Pobydd, M.; Klein, M.; Loens, K. ; Jebbink, MF; Matser, A. ; Kinsella, CM; Rueda, P.; et al. Mae Imiwnedd Amddiffynnol Coronafeirws Tymhorol yn Barhaol. Nat. Med. 2020, 26, 1691–1693. [CrossRef] [PubMed]
43. Aldridge, RW; Lewer, D.; Beale, S.; Johnson, AC; Zambon, M.; Hayward, AC; Fragaszy, EB Tymhorol ac Imiwnedd i Coronafeirws Tymhorol a Gadarnhawyd gan Labordy (HCoV-NL63, HCoV-OC43, a HCoV-229E): Canlyniadau'r Astudiaeth Carfan Gwylio Ffliw. Wellcome Open Res 2020, 5, 52. [CrossRef] [PubMed]
44. Zhang, S.-F.; Tuo, J.-L.; Huang, X.-B.; Zhu, X. ; Zhang, D.-M.; Zhou, K.; Yuan, L.; Luo, H.-J.; Zheng, B.-J.; Yuen, K.-Y.; et al. Nodweddion Epidemioleg Coronafeirws Dynol mewn Cleifion â Symptomau Heintiau Anadlol a Dadansoddiad Ffylogenetig o HCoV-OC43 yn ystod 2010-2015 yn Guangzhou. PLoS ONE 2018, 13, e0191789. [CrossRef] [PubMed]
45. Byington, CL; Ampofo, K.; Stockmann, C.; Adler, FR; Herbener, A. ; Miller, T.; Sheng, X. ; Blaschke, AJ; Crisp, R. ; Pavia, AT Gwyliadwriaeth Gymunedol o Feirysau Anadlol Ymhlith Teuluoedd yn Astudiaeth Gwell Adnabod Germau o Epidemioleg Feirysol Hydredol (BIG-LOVE) Utah. Clin. Heintio. Dis. 2015, 61, 1217–1224. [CrossRef] [PubMed]
46. Wells, DA; Cantoni, D.; Maeora-Neto, M.; Genova, CD; Sampson, A. ; Ferrari, M.; Carnell, G.; Nadesalingam, A.; Smith, P.; Chan, A. ; et al. Niwtraleiddio Coronafeirws Tymhorol Dynol a Difrifoldeb COVID-19. J. Med. Firol. 2022, 94, 4820–4829. [CrossRef]
47. Shrwani, K. ; Sharma, R.; Krishnan, M.A.; Jones, T.; Maeora-Neto, M.; Cantoni, D.; Temperton, NJ; Dobson, SL; Subramaniam, K.; McNamara, PS; et al. Canfod Gwrthgyrff Traws-adweithiol Serwm ac Ymateb Cof i SARS-CoV-2 mewn Samplau ymadfer Prepandemig ac Ôl-COVID{6}}. J. Heintio. Dis. 2021, 224, 1305–1315. [CrossRef]
48. Ng, KW; Faulkner, N.; Cernyweg, GH; Rosa, A. ; Harvey, R.; Hussain, A.S.; Ulferts, R.; Iarll, C. ; Wrobel, AG; Benton, DJ; et al. Imiwnedd Humoral Preexisting a de Novo i SARS-CoV-2 mewn Bodau Dynol. Gwyddoniaeth 2020, 370, 1339–1343. [CrossRef]
49. Woudenberg, T. ; Pelleau, S.; Anna, F.; Attia, M. ; Donnadieu, F.; Bedd, A. ; Lohmann, C.; Seraphin, H. ; Guihenuf, R. ; Delamare, C. ; et al. Imiwnedd Humoral i SARS-CoV-2 a Choronafeirws Tymhorol mewn Plant ac Oedolion yng Ngogledd-Ddwyrain Ffrainc. EBioMeddygaeth 2021, 70, 103495. [CrossRef]
50. Tso, FY; Lidenge, SJ; Peña, PB; Clegg, AA; Ngowi, JR; Mwaiselage, J. ; Ngalamika, O.; Julius, P.; Gorllewin, JT; Wood, C. Mynychder Uchel o Draws-adweithedd Serolegol Presennol yn erbyn Coronafeirws Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol-2 (SARS-CoV{5}}) yn Affrica Is-Sahara. Int. J. Heintio. Dis. 2021, 102, 577–583. [CrossRef]
51. Laing, ED; Sterling, SL; Richard, SA; Phogat, S.; Samuels, EC; Epsi, NJ; Yan, L. ; Moreno, N.; Coles, C.; Mehalko, J.; et al. Mae Asesiad Imiwnedd Microsffer Amlblecs Betacoronafeirws yn Canfod SARS-CoV-2 Serodrosi Cynnar a Rheolaethau ar gyfer Croes-adweithedd Gwrthgyrff Coronafeirws Dynol Tymhorol sy'n Bodoli eisoes. medRxiv 2020. [CrossRef]
52. Ladner, JT; Henson, SN; Boyle, AS; Engelbrektson, AL; Fink, ZW; Rahee, F.; D'ambrozio, J.; Schaecher, KE; Stone, M. ; Dong, W.; et al. Mae Proffilio Ymateb Gwrthgyrff SARS-CoV-2 Wedi'i Ddatrys Epitope yn Adnabod Traws-adweithedd â Choronafeirws Dynol Endemig. Cell Rep Med. 2021, 2, 100189. [CrossRef]
53. Cân, G. ; Efe, W. ; Callaghan, A.S.; Anzanello, F.; Huang, D.; Ricketts, J.; Torres, JL; Beutler, N.; Peng, L. ; Vargas, S.; et al. Ymatebion Celloedd B Serwm a Chof Traws-adweithiol i Spike Protein yn SARS-CoV-2 a Haint Coronafeirws Endemig. Nat. Cymmun. 2021, 12, 2938. [CrossRef]
54. Hicks, J. ; Klumpp-Thomas, C.; Kalish, H.; Shunmugavel, A. ; Mehalko, J.; Denson, J.-P.; Snead, KR; Drew, M. ; Corbett, KS; Graham, BS; et al. Traws-adweithedd Serologig SARS-CoV-2 gyda feirysau Endemig a Thymhorol. J. Clin. Imiwnol. 2021, 41, 906–913. [CrossRef]
55. Grifoni, A. ; Weiskopf, D.; Ramirez, OS; Mateus, J.; Dan, JM; Moderbacher, CR; Rawlings, SA; Sutherland, A.; Premkumar, L.; Jadi, RS; et al. Targedau Ymatebion Cell T i SARS-CoV-2 Coronafeirws mewn Pobl â Chlefyd COVID-19 ac Unigolion Heb eu Datguddio. Cell 2020, 181, 1489–1501.e15. [CrossRef]
56. Mateus, J. ; Grifoni, A. ; Tarke, A. ; Sidney, J.; Ramirez, OS; Dan, JM; Byrger, ZC; Rawlings, SA; Smith, DM; Phillips, E.; et al. SARS-CoV Dethol a Thraws-adweithiol-2 T Epitopes Celloedd mewn Bodau Dynol Heb eu Datguddio. Gwyddoniaeth 2020, 370, 89–94. [CrossRef]
57. Sekine, T. ; Perez-Potti, A.; Rivera-Ballesteros, O.; Strålin, K.; Gorin, J.-B.; Olsson, A.; Llewellyn-Lacey, A.S.; Kamal, H.; Bogdanovic, G.; Muschiol, A.S.; et al. Imiwnedd Cell T cadarn mewn Unigolion ymadfer sydd â COVID Asymptomatig neu Ysgafn-19. Cell 2020, 183, 158–168.e14. [CrossRef]
58. Schulien, I. ; Kemming, J.; Oberhardt, V. ; Gwyllt, K. ; Seidel, LM; Killmer, A.S.; Sagar; Daul, F. ; Lago Salvat, M.A.; Decker, A. ; et al. Nodweddu celloedd SARS-CoV sy'n Bodoli'n Bresennol ac Anwythol-2-CD Penodol8+ T. Nat Med 2021, 27, 78–85. [CrossRef]
59. Reynolds, CJ; Swadling, L. ; Gibbons, JM; Pade, C. ; Jensen, AS; Diniz, MO; Schmidt, NM; Butler, DK; Amin, OE; Bailey, SNL; et al. Ymatebion Gwrthgyrff Niwtralaidd Anghydnaws a Chell T mewn Haint Asymptomatig ac Ysgafn SARS-CoV-2. Sci. Imiwnol. 2020, 5, eabf3698. [CrossRef]
60. Isel, JS; Vaqueirinho, D.; Mele, F.; Foglierini, M.; Jerak, J.; Perotti, M.; Jarrossay, D.; Jovic, A.S.; Perez, L.; Cacciatore, R.; et al. Dadansoddiad Clonal o Imiwnedd a Thraws-adweithedd Ymateb Cell T CD4 i SARS-CoV-2. Gwyddoniaeth 2021, 372, 1336–1341. [CrossRef]
61. Echeverría, G. ; Guevara, Á.; Coloma, J.; Ruiz, AC; Vasquez, MM; Tejera, E.; de Waard, JH Imiwnedd Cell-T sy'n Bodoli eisoes i SARS-CoV-2 mewn Rheolaethau Iach Heb eu Datguddio yn Ecwador, fel y'u Canfyddwyd gyda Phroses Rhyddhau Interfferon-Gamma COVID-19. Int. J. Heintio. Dis. 2021, 105, 21–25. [CrossRef]
62. Poston, D.; Weisblum, Y. ; Doeth, H. ; Tredeml, K.; Jenks, A.S.; Hatziioannou, T.; Bieniasz, P. Absenoldeb Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol Coronafeirws 2 Gweithgaredd Niwtraleiddio mewn Sera Prepandemig Gan Unigolion Sydd â Haint Coronafeirws Tymhorol Diweddar. Clin. Heintio. Dis. 2020, 73, e1208–e1211. [CrossRef] [PubMed]
63. Amanat, F. ; Thapa, M. ; Lei, T.; Ahmed, SMS; Adelsberg, DC; Carreño, JM; Strohmeier, S.; Schmitz, AJ; Zafar, S.; Zhou, JQ; et al. SARS-CoV-2 Mae Brechiad MRNA yn Cymell Gwrthgyrff Amrywiol Swyddogaethol i NTD, RBD, ac S2. Cell 2021, 184, 3936–3948.e10. [CrossRef]
64. Angyal, A. ; Longet, S. ; Moore, SC; Payne, RP; Harding, A. ; Tipton, T.; Rongkard, P.; Ali, M.; Hering, LM; Meardon, N.; et al. Ymatebion T-Cell a Gwrthgyrff i'r Dos Brechlyn Cyntaf BNT162b2 mewn Gweithwyr sydd wedi'u Heintio'n Flaenorol a SARS-CoV{5}}Gweithwyr Gofal Iechyd Naive UK: Astudiaeth Carfan Aml-ganolfan. Lancet Microbe 2022, 3, e21–e31. [CrossRef] [PubMed]
65. Skelly, DT; Harding, AC; Gilbert-Jaramillo, J.; Marchog, ML; Longet, S. ; Brown, A. ; Adele, S.; Adland, E. ; Brown, H. ; Tipton, T.; et al. Mae dau ddos o frechu SARS-CoV-2 yn peri Ymatebion Imiwn Cadarn i Amrywiadau o Bryder SARS-CoV sy'n Dod i'r Amlwg-2. Nat. Cymmun. 2021, 12, 5061. [CrossRef] [PubMed]
66. Grobben, M. ; van der Straten, K.; Brouwer, PJ; Brinkkemper, M.A.; Maisonnasse, P.; Dereudre-Bosquet, N.; Appelman, B. ; Lavell, AA; van Vught, LA; Byrger, JA; et al. Gwrthgyrff Traws-adweithiol ar ôl Haint a Brechu SARS-CoV-2. eFywyd 2021, 10, e70330. [CrossRef]
67. Anderson, EM; Goodwin, EC; Verma, A. ; Arevalo, CP; Bolton, MJ; Weirick, ME; Gouma, S.; McAllister, CM; Christensen, SR; Gwehydd, J. ; et al. Mae Gwrthgyrff Coronafeirws Dynol Tymhorol yn cael Hwb ar Haint SARS-CoV-2 ond heb fod yn gysylltiedig ag amddiffyniad. Cell 2021, 184, 1858–1864.e10. [CrossRef]
68. Sermet-Gaudelus, I. ; Temmam, S.; Huon, C. ; Behillil, S.; Gajdos, V. ; Bigot, T. ; Lurier, T.; Chrétien, D.; Backovic, M.; Delaunay Moisan, A.; et al. Nid yw Heintiau Blaenorol gan Coronafeirws Tymhorol, fel yr Aseswyd gan Seroleg, yn Atal Heintiau a Chlefydau mewn Plant, Ffrainc, Ebrill i Fehefin 2020. Eurosurveillance 2021, 26, 2001782. [CrossRef]
69. Gombar, S. ; Bergquist, T.; Pejaver, V. ; Hammarlund, NE; Murugesan, K.; Mooney, S.; Shah, N.; Pinsky, BA; Banaei, N. SARS CoV-2 Haint a COVID-19 Difrifoldeb mewn Unigolion â Haint Coronafeirws Tymhorol Blaenorol. Diagn. Microbiol. Heintio. Dis. 2021, 100, 115338. [CrossRef]
70. Qian, Z. ; Ou, X. ; Góes, LHD; Osborne, C. ; Castano, A. ; Holmes, KV; Dominguez, SR Adnabod Parth Rhwymo Derbynnydd Glycoprotein Spike o Fetacoronafeirws Dynol HKU1. J. Firol. 2015, 89, 8816–8827. [CrossRef]
71. Ou, X. ; Guan, H.; Qin, B. ; Mu, Z. ; Wojdyla, JA; Wang, M.; Dominguez, SR; Qian, Z.; Cui, S. Grisial Strwythur Parth Rhwymo Derbynnydd y Glycoprotein Spike o Betacoronafeirws Dynol HKU1. Nat Commun 2017, 8, 15216. [CrossRef]
72. Vogel, AB; Kanevsky, I. ; Che, Y.; Swanson, KA; Muik, A. ; Vormehr, M.; Kranz, LM; Walzer, KC; Hein, S.; Güler, A.; et al. Mae Brechlynnau BNT162b yn Amddiffyn Rhesus Macaques rhag SARS-CoV-2. Natur 2021, 592, 283–289. [CrossRef]
73. Jackson, ALl; Anderson, EJ; Rouphael, NG; Roberts, PC; Makhene, M.A.; Coler, RN; McCullough, AS; Chappell, JD; Denison, MR; Stevens, LJ; et al. Brechlyn MRNA yn erbyn SARS-CoV-2—Adroddiad Rhagarweiniol. N. Saesneg. J. Med. 2020, 383, 1920–1931. [CrossRef]
74. Lawrenz, J. ; Xie, C. ; Zech, F. ; Weil, T. ; Seidel, A. ; Krnavek, D.; van der Hoek, L.; Münch, J. ; Müller, JA; Kirchhoff, F. Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol Coronafeirws 2 Brechiad yn Hybu Gweithgaredd Niwtraleiddio Yn Erbyn Coronafeirws Dynol Tymhorol. Clin. Heintio. Dis. 2022, 75, e653–e661. [CrossRef]
75. Simula, ER; Manca, MA; Jasemi, A.S.; Uzzau, S.; Rubino, S.; Manchia, P.; Bitti, A. ; Palermo, M.; Mae Sechi, LA HCoV-NL63, a SARS-CoV-2 yn Rhannu Epitopau Cydnabyddedig gan yr Ymateb Humoral mewn Sera o Bobl a Gasglwyd Cyn ac yn ystod CoV-2 Pandemig. Micro-organebau 2020, 8, 1993. [CrossRef]
76. Chan, KH; Cheng, VCC; Wao, PCY; Lau, SKP; Poon, LLM; Guan, Y. ; Seto, WH; Yuen, KY; Peiris, Ymatebion Serolegol JSM mewn Cleifion â Heintiad Coronafeirws Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol a Thraws-adweithedd â Choronafeirws Dynol 229E, OC43, a NL63. Clin. Imiwnol Brechlyn. 2005, 12, 1317–1321. [CrossRef]
77. Lin, H.-X. ; Feng, Y. ; Tu, X. ; Zhao, X. ; Hsieh, C.-H.; Griffin, L.; Junop, M.; Zhang, C. Nodweddu Protein Spike Coronafeirws Dynol NL63 mewn Rhwymo Derbynnydd a Mynediad Feirws Ffug-deip. Firws Res. 2011, 160, 283–293. [CrossRef]
78. Heinz, FX; Stiasny, K. Nodweddion Gwahaniaethol Brechlynnau COVID Presennol-19: Hysbys ac Anhysbys o Gyflwyniad Antigen a Dulliau Gweithredu. npj Brechlynnau 2021, 6, 1–13. [CrossRef]
79. Martínez-Flores, D.; Zepeda-Cervantes, J.; Cruz-Reséndiz, A.; Aguirre-Samperi, A.S.; Sampieri, A.; Vaca, L. SARS-CoV-2 Brechlynnau Seiliedig ar Glycoprotein Spike a Goblygiadau Amrywiadau Feirysol Newydd. Blaen. Imiwnol. 2021, 12. [CrossRef]
80. Dolgin, E. Piblinell Brechlyn Pan-Coronafeirws ar Ffurf. Nat. Parch. Drug Disov. 2022, 21, 324–326. [CrossRef]
