DNA Methylome A Thrawsgriptome Genynnau Allweddol Adnabyddir A Llwybrau Sy'n Ymwneud â Ffurfiant Cregyn Wyau Brith mewn Hen Dodwy

Haniaethol

Cefndir

Mae cysylltiad agos rhwng ansawdd plisgyn wyau dofednod a phroffidioldeb cynhyrchu wyau. Mae brycheuyn cregyn wyau yn adlewyrchu nodwedd ansawdd bwysig sy'n dylanwadu ar ymddangosiad wyau a dewis y cwsmer. Fodd bynnag, mae diffyg dealltwriaeth o hyd o fecanwaith ffurfio brycheuyn. Yn yr astudiaeth hon, buom yn cymharu mynegeion serwm imiwn a gwrthocsidiol yn systematig o ieir yn dodwy wyau brith a normal. Defnyddiwyd dadansoddiadau trawsgrifiad a methylome i egluro mecanwaith ffurfio brycheuyn plisgyn wy.

manteision cistanche ar gyfer dynion-cryfhau system imiwnedd

Cliciwch yma i weld cynhyrchion Gwella Imiwnedd Cistanche

【Gofyn am fwy】 E-bost:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Canlyniadau

Dangosodd y canlyniadau fod saith genyn a fynegwyd yn wahaniaethol (DEGs) wedi'u nodi rhwng y grwpiau normal a brychau. Datgelodd dadansoddiad cyfoethogi set genynnau (GSEA) fod y genynnau a fynegwyd yn cael eu cyfoethogi'n bennaf yn y llwybr signalau calsiwm, adlyniad ffocal, a llwybr signalau MAPK. Yn ogystal, canfuwyd 282 o enynnau methylated gwahaniaethol (DMGs), ac roedd 15 o'r rhain yn gysylltiedig â heneiddio, gan gynnwys ARNTL, CAV1, a GCLC. Dangosodd dadansoddiad llwybr fod y DMGs yn gysylltiedig ag imiwnedd cell-mediated, ymateb i straen ocsideiddiol, ac ymateb cellog i ysgogiad difrod DNA. Nododd dadansoddiad integredig o ddata trawsgrifio a methylation DNA BFSP2 fel yr unig enyn gorgyffwrdd, a fynegwyd ar lefelau isel a hypomethylated yn y grŵp brycheuyn.

Casgliadau

Yn gyffredinol, mae'r canlyniadau hyn yn dangos bod genynnau a llwybrau sy'n gysylltiedig â heneiddio ac imiwnedd yn chwarae rhan hanfodol wrth ffurfio plisgyn wyau brith, gan ddarparu gwybodaeth ddefnyddiol ar gyfer gwella ansawdd plisgyn wyau.

cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd

Geiriau allweddol

Ieir dodwy, wyau brith, Trawsgrifiad, methylation DNA, Imiwnedd

Cefndir

Wyau dofednod yw un o'r ffynonellau protein pwysicaf, ac mae eu cost gymharol isel yn eu gwneud yn boblogaidd ymhlith defnyddwyr. Dros y pedwar degawd diwethaf, mae cynhyrchiant wyau wedi gwella'n sylweddol oherwydd datblygiad bridiau wyau arbenigol a detholiad genetig, gyda'r targed o "Bwydo ieir dodwy hyd at 100 wythnos i gynhyrchu 500 o wyau" [ 1, 2]. Fodd bynnag, mae cyflawni’r targed hwn wedi’i gyfyngu gan y dirywiad graddol yn ansawdd plisgyn wyau a ffisioleg sy’n gysylltiedig â heneiddio ieir, gan arwain at gynnydd mewn pwysau plisgyn wy, lliw plisgyn wy ysgafnach, a phlisgyn wyau brith [3]. Mae'r brycheuyn coch-frown, nodwedd bwysig o ansawdd plisgyn wy, yn aml yn ymddangos ar ben blaen y plisgyn wy brown, gan effeithio'n sylweddol ar ymddangosiad wyau a dewis y cwsmer. Mae gradd y brycheuyn plisgyn wy yn cael ei werthuso gan ddefnyddio dull sgorio. Gellir sgorio brychau yn ôl dwyster pigment, dosbarthiad, a maint brycheuyn [4]. Ar ben hynny, mae etifeddiaeth plisgyn wyau brith yn amrywio o 0.15-0.2, gan ddangos penderfyniad genetig [5]. Yn ogystal, nododd astudiaeth flaenorol fod gan ieir oedrannus gyfradd uwch o blisg wyau brith nag ieir iau, gan gyrraedd 20% ar ôl 60 wythnos oed [6]. Mae'r chwarren wy yn organ ffurfio wyau sy'n chwarae rhan hanfodol yn strwythur plisgyn wy a ffurfiant lliw. Wrth ffurfio wyau, mae'r melynwy yn teithio trwy'r infundibulum, magnum, ac isthmws ac yn cyrraedd y chwarren plisgyn wy, sy'n secretu llawer iawn o galsiwm, pigment, cwtigl, a sylweddau eraill, gan ffurfio strwythur plisgyn wy cyflawn a chwtigl allanol [7-9 ]. Mae unrhyw addasiad neu ddifrod i'r chwarren plisgyn wy yn effeithio ar ffurfiant adeiledd plisgyn wy a phigmentiad [10-12]. Methyliad DNA yw un o'r llwybrau addasu cynharaf y gwyddys amdano ac mae'n cynnwys trosglwyddo grwpiau methyl i bumed safle carbon cytosin i ffurfio 5-methylcytosin [13]. Mae methylation DNA yn chwarae rhan bwysig ym mhroses heneiddio anifeiliaid, gan reoleiddio mynegiant genynnau sy'n gysylltiedig ag oedran ac etiolegau clefydau niwrolegol, imiwnolegol a metabolaidd [14-17]. Yn ogystal, gall methylation DNA ynghyd â ffactorau amgylcheddol achosi gwahanol ffenoteipiau yn ystod heneiddio [18]. Mae nifer o ffenoteipiau da byw cymhleth wedi'u cysylltu â methylation DNA [19, 20]. Yn ddiweddar, mae dilyniannu RNA (RNA-seq) wedi bod yn ddefnyddiol wrth ddatgelu'r genynnau a'r llwybrau sy'n sail i nodweddion ar y lefel drawsgrifiadol [21-24], megis datblygiad cyhyrau embryonig, effeithlonrwydd porthiant, a maint sbwriel. Dangosodd ein hastudiaeth flaenorol, er nad yw plisgyn wyau brith yn effeithio ar berfformiad ieir dodwy (data heb ei gyhoeddi), y gall brycheuyn effeithio ar ymddangosiad wyau a lleihau eu gwerth economaidd yn sylweddol. At hynny, nid yw mecanweithiau moleciwlaidd ffurfio wyau brith yn cael eu deall yn dda. Felly, nod yr astudiaeth hon oedd egluro mecanwaith ffurfio plisgyn wyau brych gan ddefnyddio technegau methylation trawsgrifomig a DNA. Gan fod plisgyn wyau brith yn etifeddadwy ac yn gysylltiedig ag oedran, defnyddiwyd cyfuniad o ddadansoddiadau trawsgrifomig a methylation DNA i archwilio'r genynnau a'r llwybrau allweddol sy'n gysylltiedig â ffurfio plisgyn wyau brith. Rhagwelir y bydd canfyddiadau'r astudiaeth hon yn gwella'r ddealltwriaeth o fecanwaith moleciwlaidd ffurfio nodweddion plisgyn wyau, a fyddai'n ddefnyddiol ar gyfer bridio anifeiliaid.

Ffig. 1 Wyau arferol a brith gan hen ieir dodwy. A Wy arferol, B Wy brith

Tabl 1 Serwm paramedrau biocemegol y grwpiau arferol a brycheuyn

Canlyniadau

Paramedrau biocemegol serwm

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) mewn paramedrau gwrthocsidiol rhwng y grwpiau normal a brycheuyn.

Proffil trawsgrifiadol o'r chwarren wy

Adeiladwyd chwe llyfrgell cDNA o'r grwpiau brycheuyn ac arferol. Ar ôl rheoli ansawdd, cafwyd cyfanswm o 615,170,158 o ddarlleniadau amrwd a 604,275,600 o ddarlleniadau glân (98.22% o'r darlleniadau amrwd). Ar ôl aliniad gan ddefnyddio meddalwedd HISAT2, y gyfradd fapio oedd 90.75–93.18%, ac roedd y gyfradd fapio unigryw ym mhob sampl yn fwy na 73.47% (Tabl Atodol S3). Dangosir lefelau mynegiant genynnau gan ddefnyddio map gwres clwstwr a dadansoddiad o'r prif gydrannau (PCA). Nid oedd unrhyw wahaniaethau arwyddocaol ym mhroffiliau mynegiant genynnau samplau o'r grwpiau brycheuyn a normal, gan nad oedd y samplau'n ffurfio clystyrau gwahanol (Ffig. 2 A, B). Nodwyd cyfanswm o saith genyn a fynegwyd yn wahaniaethol (DEGs) rhwng y grwpiau normal a brychau (t<0.05, |log2 Fold Change|>1), gan gynnwys dau enyn wedi'u huwchreoleiddio a phum genyn sydd wedi'u his-reoleiddio (Tabl 2). Dangosodd dadansoddiad cyfoethogi set genynnau (GSEA) fod pedwar llwybr wedi'u cyfoethogi'n sylweddol gan y genynnau a fynegwyd (Tabl Atodol S4). Roedd sgorau cyfoethogi normaleiddio negyddol (NES) yn nodi lefelau mynegiant is ar gyfer rhai llwybrau yn y grŵp arferol o'u cymharu â rhai'r grŵp brycheuyn, gyda'r llwybr signalau calsiwm, rhyngweithio derbynnydd ligand niwroweithredol, adlyniad ffocal, a llwybr signalau MAPK yn llwybrau gyda'r mynegiant isaf (Ffig. 2C). Dilyswyd DEGs coed (BFSP2, IQSEC, TMOD4) a nodwyd gan RNA-seq gan ddefnyddio PCR amser real meintiol (qRT-PCR). Roedd mynegiant tebyg o'r tri genyn yn amlwg gan ddefnyddio RNA-Seq a qRT-PCR, a chyrhaeddodd y cyfernod pennu (R2 ) 0.93 (Ffig. 2D), gan nodi bod y data RNA-seq yn ddibynadwy.

Tabl 2 Genynnau wedi'u mynegi'n wahaniaethol (DEGs) rhwng yr ieir sy'n dodwy wyau brycheuyn ac wyau normal

Ffig. 2 Proffil trawsgrifiad o'r chwarren wy. A Map gwres o lefelau mynegiant genynnau, B Dadansoddiad prif gydran o'r holl enynnau gan ddefnyddio gwerthoedd mynegiant normaleiddio DEseq2, C Tair set o enynnau cynrychioliadol o ganlyniadau dadansoddiad cyfoethogi set genynnau, D Canlyniadau dilysu qPCR genynnau a fynegir yn wahaniaethol

Proffil methylation DNA o'r chwarren plisgyn wy

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (Ffig. 3A). Dangosodd PCA nad oedd samplau o'r ddau grŵp yn sylweddol wahanol, gan nad oeddent yn ffurfio clystyrau ar wahân (Ffig. 3B). Nid oedd Tere unrhyw wahaniaethau sylweddol yn y lefelau methylation o CG, CHG, a CHH rhwng y ddau grŵp (Ffig. 3 C). Fodd bynnag, dangosodd y grŵp brychni lefel methylation CG uwch na'r grŵp arferol. Te ailadrodd a rhanbarthau exon arddangos y lefelau methylation CG uchaf, tra bod y rhanbarth UTR 5 'roedd y lefelau methylation CG isaf (Ffig. 3 D). Nodwyd cyfanswm o 2788 o ranbarthau methylated gwahaniaethol (DMRs) rhwng y grwpiau normal a brycheuyn. Roedd y DMRs wedi'u lleoli'n bennaf yn yr introns (47.45%), ac yna'r rhanbarth rhynggenig (36.05%), exon (8.29%), hyrwyddwr (5.95%), 3′-UTR (1.18%), a 5′-UTR ( 0.97%) rhanbarthau (Ffig. 4). Yn ogystal, nodwyd 282 o enynnau methylated gwahaniaethol (DMGs), gan gynnwys 172 o enynnau hypermethylated a 74 hypomethylated yn y rhanbarth hyrwyddwr. Ar ben hynny, canfuwyd 36 DMG yn y corff genynnau, gan gynnwys 30 o enynnau hypermethylated a chwe genyn hypomethylated. Troswyd DMGs yn eu orthologau dynol a chawsom 158 o symbolau genynnau a gafodd eu huwchlwytho yn Metascape ar gyfer anodi swyddogaethol, ontoleg genynnau (GO), a dadansoddiadau llwybr. Cyfoethogwyd y genynnau mewn prosesau biolegol 176 GO, gan gynnwys rheoleiddio ymateb cellog i ysgogiad ffactor twf ac imiwnedd cyfryngol T, ymateb i straen ocsideiddiol, ac ymateb cellog i ysgogiad difrod DNA.

Ffig. 3 Y lefelau methylation cyffredinol yn yr ieir sy'n dodwy brycheuyn ac wyau normal. Dadansoddiad cydberthynas o lefelau methylation rhwng samplau o'r ddau grŵp. B Dadansoddiad prif gydran o lefel methylation pob sampl. C Histogram o lefel methylation safle cytosin yn y ddau grŵp. D Siart llinell o lefelau methylation rhanbarthau genomig gwahanol. Rhannwyd rhanbarthau genomig pob genyn yn 20 bin; yna cyfartaleddwyd lefel methylation safle cytosin y rhanbarthau swyddogaethol cyfatebol o'r holl enynnau.

Ffig. 4 Histogram o anodi rhanbarthau methylated gwahaniaethol (DMRs) mewn rhanbarthau swyddogaethol genomig

Ffig. 5 A GO termau DMGs. B Y berthynas rhwng mynegiant genynnau a lefelau methylation DNA yn y grŵp brycheuyn. C Y berthynas rhwng mynegiant genynnau a lefelau methylation DNA mewn grŵp normal. Diagram Venn D o enynnau sy'n gorgyffwrdd rhwng DEGs a DMGs

Dangosodd dadansoddiad llwybr fod y genynnau wedi'u cyfoethogi mewn 19 llwybr Gwyddoniadur Genynnau a Genomau Kyoto (KEGG), gan gynnwys diraddio RNA, rheoleiddio cyfryngwr ymfflamychol sianeli TRP, a llwybr signalau TNF. Ar ben hynny, canfuwyd 25 set genynnau, gan gynnwys signalau gan Rho GTPases, cylchred RHO GTPase, a chylchred GTPase CDC42. Dangosir yr 20 clwstwr ontoleg cyfoethogi uchaf yn Ffig. 5A. Ymhlith y 158 o enynnau dynol homologaidd, roedd 15 yn gysylltiedig â heneiddio neu hirhoedledd (Tabl Atodol S6). Perfformiwyd dadansoddiad integreiddiol o'r dilyniant genom bisulfite cyfan (WGBS) a data RNA-seq i bennu'r berthynas rhwng methylation DNA a lefelau mynegiant genynnau (Ffig. 5 B a C). Roedd cydberthynas negyddol rhwng lefelau methylation DNA a mynegiant genynnau i fyny'r afon o'r safle cychwyn trawsgrifio (TSS) ac i lawr yr afon o'r safle terfynu trawsgrifio (TTS); fodd bynnag, nid oedd unrhyw gydberthynas rhwng methylation DNA a lefelau mynegiant genynnau yn y corff genyn. Dangosodd diagram Venn mai BFSP2 oedd yr unig enyn a oedd yn gorgyffwrdd rhwng DMGs a DEGs (Ffig. 5D).

Trafodaeth

Mae astudiaethau dros nifer o flynyddoedd wedi dangos bod ffurfio brycheuyn ar blisg wyau yn etifeddadwy, ac mae ieir dodwy oed yn cynhyrchu cyfradd uwch o blisg wyau brith nag ieir iau [6]. Mae heneiddio ieir dodwy yn aml yn cyd-fynd â llid cronig a straen ocsideiddiol [25, 26]. Mae paramedrau gwaed anifeiliaid yn adlewyrchu eu statws ffisiolegol a maethol. Mae SOD, GSH-PX, GSH, CAT, a T-AOC yn gydrannau o'r system amddiffyn gwrthocsidiol. Mae canlyniadau'r astudiaeth bresennol yn nodi nad oedd unrhyw wahaniaeth arwyddocaol yng ngallu gwrthocsidiol ieir oed rhwng y grwpiau brycheuyn a normal, sy'n groes i ganfyddiadau Moreno ac Osorno [27]. Dywedodd Moreno y gallai adar sy'n dodwy wyau â chregyn brith ddioddef straen ffisiolegol oherwydd swyddogaeth pro-ocsidydd y brif gydran brycheuyn a bod ganddynt oddefgarwch uwch o straen ocsideiddiol [28]. Gellid priodoli'r gwahaniaethau yn y canlyniadau i'r gwahanol rywogaethau a ddefnyddiwyd yn yr astudiaethau.

cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd

Mae imiwnoglobwlinau yn broteinau sy'n ymwneud â phrosesau gwrthlidiol ac yn chwarae rolau rheoleiddiol mewn adweithiau llidiol [29]. Dangosodd astudiaeth flaenorol fod adar Titw Tomos Las sy'n dodwy wyau brith yn dangos cyfanswm lefelau imiwnoglobwlin isel [30]. Yn yr un modd, dangosodd canlyniadau'r astudiaeth bresennol fod gan adar yn y grŵp brychau lefelau IgA serwm sylweddol is o gymharu â'r rhai yn y grŵp arferol, sy'n dangos y gallai fod gan ieir yn y grŵp brychau allu gwrthlidiol is, sy'n gyson â'r canfyddiadau Martínez a Merino [30]. Mae gan IgA, fel un o'r dangosyddion pwysig wrth werthuso swyddogaeth imiwnedd humoral dofednod, swyddogaethau gwrthfeirysol, gwrthfacterol ac antitocsin [31]. Mae astudiaethau wedi dangos y gall ychwanegiad dietegol burum -glwcan gynyddu'r cynnwys serwm IgA. Gall y cynnwys IgA cynyddol gynyddu gallu unigolyn i gynnal homeostasis imiwn, gan arwain at fanteision iechyd posibl [32]. Mae astudiaethau hefyd wedi dangos, wrth i ieir dodwy heneiddio, bod eu hymwrthedd i bathogenau allanol yn lleihau [33]. Pan fydd pathogenau'n mynd i mewn i gorff ieir dodwy oed, mae'n bosibl y bydd system amddiffyn mwcosaidd meinweoedd yr oviduct yn cael ei niweidio oherwydd y gostyngiad cydredol mewn imiwnedd [34]. Fodd bynnag, gall lefel uwch o IgA gynyddu gallu'r corff i gynnal homeostasis imiwn, gan atal ymlediad pathogenau i feinwe subfwcosol yr ofiduct, gan gynnal ansawdd plisgyn wyau da. At hynny, nododd dadansoddiad RNA-seq saith DEG rhwng y grwpiau brych a normal, gan gynnwys IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK, a ffugogen. Mae IQSEC3, aelod o'r teulu ffactorau cyfnewid niwcleotid guanine brefeldin ARF sy'n gwrthsefyll ARF (GEFs) [35, 36], yn hyrwyddo datblygiad synapsau ataliol trwy rwymo â geffyrin [37]. Mae IQSEC3 yn swyddogaethol bwysig ar gyfer cynnal gweithgaredd rhwydwaith in vivo. Mae dymchwel IQSEC3 yn y gyrus dentate hippocampal mewn cnofilod yn lleihau dwysedd synapsau GABAergig ac yn cynyddu'r duedd i gael trawiadau difrifol [38]. Fodd bynnag, nid oes unrhyw astudiaethau ar swyddogaeth IQSEC3 mewn dofednod.

Asid gama-aminobutyrig (GABA) yw'r prif niwrodrosglwyddydd ataliol yn y system nerfol ganolog o fertebratau [39] a gall newid strwythur y derbynnydd a athreiddedd ïon y derbynnydd cyfatebol [40]. Gall GABA weithredu'n uniongyrchol ar gelloedd cyhyrau llyfn tiwbaidd trwy GABAA-R neu GABAB-R, sydd wedi'u lleoli ar wal y tiwb ffalopaidd a chymryd rhan trwy reoleiddio contractility tiwbaidd mewn cwningod [39], bodau dynol [41], a llygod mawr [42]. Mae astudiaethau wedi dangos bod GABRA1 yn chwarae rhan bwysig mewn cynhyrchu wyau. Gall lefelau mynegiant uchel o GABRA1 atal lledaeniad celloedd granulosa, gwella apoptosis celloedd, a rhwystro synthesis a secretion progesterone, gan arwain at lai o gynhyrchiad wyau [43-45]. Mae rhythm dodwy wyau ieir dodwy yn broses niwrofodiwlaidd [46, 47]. Yn seiliedig ar y canlyniadau hyn, rydym yn dyfalu bod perthynas gynnil rhwng ffurfiant brycheuyn plisgyn wyau a'r system nerfol, er bod angen ymchwilio ymhellach i'r union gysylltiad.

Mynegir TMOD4, aelod o deulu o broteinau sy'n capio pennau pigfain ffilamentau actin [48], mewn cyhyr ysgerbydol a'r galon [49, 50]. Mae astudiaethau wedi nodi bod TMOD4 yn bresennol mewn lensys cyw iâr oedolion, erythrocytes, a ffibrau cyhyrau ysgerbydol twitch cyflym [51]. Canfuwyd bod TMOD4 yn cymryd rhan mewn cynulliad myofibril, cyfangiad cyhyrau, a gwahaniaethu [52-54]. Mae crebachiad cyhyr yr oviduct yn gwneud i'r wy gylchdroi yn y groth, gan ganiatáu i bigment gael ei ddyddodi'n gyfartal ar wyneb plisgyn yr wy. Rydym yn dyfalu y gall ffurfio wyau brith fod yn gysylltiedig â chrebachiad cyhyr yr ofidwy, ond mae angen ymchwil pellach. Defnyddiwyd GSEA i ddadansoddi swyddogaeth fiolegol yr holl enynnau a fynegwyd er mwyn osgoi colli rhai setiau genynnau diddorol trwy'r strategaeth ddi-dor. Roedd genynnau a fynegwyd gan Te wedi'u cyfoethogi'n bennaf yn y llwybr signalau calsiwm, adlyniad ffocal, llwybr signalau MAPK, a rhyngweithio ligand-derbynnydd niwroweithredol. Adroddwyd, yn y broses o fwyneiddio plisgyn wy, bod genynnau sy'n gysylltiedig â'r llwybr signalau calsiwm yn ymwneud ag amsugno ïonau calsiwm a charbonad o'r gwaed ac yn cael eu cludo i'r hylif groth trwy gelloedd epithelial yr ofiduct i gymryd rhan mewn plisgyn wyau. mwyneiddiad [46, 55]. Pan fydd yr ïonau calsiwm a charbonad yn parhau i fwynoli yn y plisgyn wyau, mae'r wy yn cylchdroi yn barhaus yn y groth, a gellir dyddodi'r pigment plisgyn wy, protoporphyrin-IX, yn unffurf ar wyneb y plisgyn wy [56]. Rydym yn dyfalu y gallai'r gwahaniaeth yn y cyflenwad o ïonau carbonad a chalsiwm rhwng y ddau grŵp fod wedi arwain at ddosbarthiad anwastad pigment yn y broses ddyddodi ar wyneb plisgyn wy, gan achosi brycheuyn plisgyn wy.

cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd

Mae adlyniadau ffocal yn strwythurau macromoleciwlaidd sy'n ffurfio cysylltiadau mecanyddol rhwng y cytoskeleton actin mewngellol a chydrannau matrics allgellog [57]. Dangoswyd bod adlyniadau ffocal yn chwarae rhan hanfodol wrth gynnal morffoleg a swyddogaeth yr oviduct mewn brogaod brown Tsieineaidd [58], tra bod adlyniadau ffocal hefyd wedi bod yn rhan o fecanwaith gwahaniaethau cynhyrchu wyau mewn ieir melyn Jinghai a Nandan-Yao ieir domestig [59, 60]. Yn yr astudiaeth gyfredol, roedd adlyniadau ffocal yn ymwneud â ffurfio brycheuyn plisgyn wyau, ond mae angen ymchwilio ymhellach i'r mecanwaith cyfranogol penodol. Mae gan y llwybr MAPK dri aelod amlwg: p38 protein kinase-activated mitogen (p38 MAPK), Jun N-terminal kinase (JNK), a kinase ymateb allgellog (ERK), sydd gyda'i gilydd yn rheoleiddio twf celloedd, gwahaniaethu, apoptosis, llid, ac eraill ymatebion ffisiolegol pwysig [61]. Dangoswyd bod llwybr ERK 1/2 MAPK yn chwarae rhan bwysig yn nhwf, datblygiad a gwahaniaethu'r oviduct a'r groth [62]. Mae Wang et al. defnyddio Vanadium i gymell twf celloedd epithelial oviduct a chanfuwyd bod aelodau'r teulu MAPK yn cael eu actifadu, gan arwain at straen ocsideiddiol yr oviduct, llai o weithgaredd celloedd, ac apoptosis celloedd [63]. Yn yr astudiaeth gyfredol, canfuom fod llwybr signal MAPK yn y grŵp brith wedi’i gyfoethogi’n sylweddol, ac felly rydym yn dyfalu y gallai’r ieir sy’n dodwy wyau brith fod wedi profi rhywfaint o straen, gyda pheth effaith ar y draphont wyau. Mae rhyngweithiadau ligand-derbynnydd niwroweithredol yn gysylltiedig â synthesis hormonau steroid yn y gonadau. Maent yn chwarae rhan hanfodol wrth reoleiddio cynhyrchu wyau a swyddogaeth ofarïaidd mewn dofednod [59, 64]. Mae'r genyn a fynegir yn wahaniaethol, GABRA2, hefyd yn perthyn i'r llwybr rhyngweithio ligand-derbynnydd niwroweithredol. Gan fod brychau plisgyn wy yn ymddangos o ganlyniad i gynhyrchu wyau, a bod cynhyrchu wyau yn broses rythmig, mae cyfoethogi sylweddol rhyngweithiadau ligand-derbynnydd niwroweithredol yn y grŵp brith yn ein harwain i ddyfalu y gall fod gwahaniaethau mewn perfformiad cynhyrchu wyau rhwng ieir sy'n dodwy wyau brith. ac ieir yn dodwy wyau arferol, ond mae angen archwilio hyn ymhellach.

Gall ffactorau amgylcheddol effeithio ar fynegiant genynnau trwy addasiadau epigenetig. Gallai'r cyfuniad o addasiadau genetig ac epigenetig fod o gymorth wrth esbonio mecanwaith ffurfio nodweddion cymhleth [19, 65]. Mae'r berthynas rhwng methylation DNA genom-eang a mynegiant genynnau wedi'i astudio ers blynyddoedd [66, 67]. Yn gyffredinol, mae methylation DNA yn atal mynegiant genynnau [68]. Mae canlyniadau'r astudiaeth bresennol yn gyson â chanfyddiadau blaenorol gan fod lefelau mynegiant genynnau uchel yn gysylltiedig â methylation DNA isel yn y rhanbarth hyrwyddwr [67, 68]. Fodd bynnag, ni welwyd unrhyw duedd amlwg yn rhanbarth y corff genynnau, a allai fod oherwydd bod patrymau mynegiant genynnau hefyd yn cael eu rheoleiddio gan ffactorau eraill [69, 70]. Datgelodd dadansoddiad cyfoethogi swyddogaethol fod DMGs wedi'u cyfoethogi'n bennaf mewn imiwnedd cyfryngol celloedd T, ymateb i straen ocsideiddiol, ac ymateb cellog i ysgogiadau difrod DNA, ac mae'r rhan fwyaf o'r llwybrau'n gysylltiedig â heneiddio [71-73]. Mae genynnau eraill sy'n gysylltiedig â heneiddio hefyd wedi'u nodi, gan gynnwys GCLC [74], CAV1 [75], a LYN [76]. Dangosodd cyfuniad o ddata trawsgrifio a methylation DNA mai BFSP2 oedd yr unig enyn a oedd yn gorgyffwrdd ac fe'i mynegwyd yn sylweddol ar lefelau methylation DNA a thrawsgrifio. Roedd BFSP2 yn hypomethylated ac roedd ei lefelau mynegiant yn isel yn y grŵp brycheuyn, gan awgrymu bod mynegiant genynnau yn cael ei reoleiddio gan ffactorau trawsgrifio eraill yn ogystal ag addasu methylation. At hynny, mae BFSP2 wedi'i nodi fel genyn ymgeisydd mewn cataractau cynhenid ​​​​awtosomaidd-dominyddol [77] a chlefyd cataract cynyddol [78]. Er y dangoswyd bod BFSP2 yn gysylltiedig â datblygiad llygaid mewn ieir [79], mae astudiaethau ar swyddogaethau eraill mewn ieir yn gyfyngedig. Felly, mae angen astudiaethau pellach i egluro ei rôl mewn ffurfio plisgyn wyau brith.

manteision cistanche ar gyfer dynion-cryfhau system imiwnedd

Casgliadau

I gloi, mae'r mynegeion imiwn serwm yn dangos bod y cynnwys IgA yn y grŵp brith yn sylweddol is na'r hyn yn y grŵp arferol, ac rydym yn dyfalu bod cydberthynas agos rhwng swyddogaeth imiwn llai a ffurfiant brycheuyn plisgyn wy. Canfu dadansoddiad trawsgrifiadol saith DEG rhwng y grwpiau brych a normal, y nodwyd IQSEC3, GABRA2, a BFSP2 ohonynt fel genynnau a allai fod yn bwysig yn gysylltiedig â ffurfio wyau brith. Nododd dadansoddiad methylation DNA DMGs sy'n gysylltiedig ag imiwnedd cell-mediated, ymateb i straen ocsideiddiol, ac ymateb cellog i ysgogiad difrod DNA. O'r 282 DMG a nodwyd, roedd 15 yn gysylltiedig â heneiddio. Datgelodd dadansoddiad integredig o drawsgrifiad a methylation DNA mai'r unig enyn gorgyffwrdd oedd BFSP2, sydd prin wedi'i astudio mewn ieir. Mae’r data a gyflwynir yma’n awgrymu y gall llwybrau imiwnedd a heneiddio ieir dodwy gyfrannu at ffurfiant plisgyn wyau brith, gan wella ein dealltwriaeth o fecanwaith cynhyrchu brycheuyn plisgyn wy.

Cyfeiriadau

1. Bain MM, Nys Y, Dunn IC. Cynyddu dyfalbarhad wrth ddodwy a sefydlogi ansawdd wyau mewn cylchoedd dodwy hirach. Beth yw'r heriau? Br Poult Sci. 2016; 57(3):330–8.

2. Pottgüter R. Bwydo ieir dodwy hyd at 100 wythnos oed. Inf. 2016; 50:18-21.

3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. Newidiadau mewn nodweddion ansawdd wyau yn ystod cam olaf y cynhyrchiad: a oes potensial ar gyfer cylch dodwy estynedig? Br Poult Sci. 2016; 57(6):842–7.

4. Gosler AG, Higham YH, James Reynolds S. Pam mae wyau adar yn frith? Ecol Lett. 2005; 8(10): 1105–13.

5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. Y berthynas rhwng lliw'r plisgyn ac amlder y brycheuyn mewn llinellau wyau brown. Yn: Proc XIIth Cynhadledd Dofednod Ewropeaidd: 2006. 2006. t. 10–4.

6. Cheng X, Fan C, Ning Z. Ansawdd wyau brychni a'i ffactorau dylanwadol. Gwydd Poult Tsieineaidd. 2019; 41(19):6–9 (Mewn Tsieinëeg).

7. Hincke MT, Nys Y, Gautron J, Mann K, Rodriguez-Navarro AB, McKee MD. Y plisgyn wy: strwythur, cyfansoddiad a mwyneiddiad. Biosci blaen (Tirnod Ed). 2012; 17(4): 1266–80.

8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. Lliw wyau mewn ieir dodwy wyau brown - adolygiad. Gwydd Poult. 2015; 94(10): 2566–75.

9. Wilson PW, Suther CS, Bain MM, Icken W, Jones A, Quinlan-Pluck F, Olori V, Gautron J, Dunn IC. Deall ffurfiant cwtigl wyau adar yn yr ofiduct: astudiaeth o'i darddiad a'i ddyddodiad. Atgynhyrchiad Biol. 2017; 97(1):39–49.

10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. Mae cadmiwm clorid dietegol yn amharu ar bio-fwynoli cragen trwy amharu ar metaboledd chwarren plisgyn wyau mewn ieir dodwy. J Anim Sci. 2020; 98(2): skaa025.

11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. Dirywiad ansawdd plisgyn wyau mewn ieir dodwy sydd wedi'u heintio'n arbrofol â firws ffliw adar H9N2. Milfeddyg Res. 2016; 47:35.

12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Epigallocatechin -3-dbigmentu plisgyn wy a achosir gan fanadiwm wedi'i ddiogelu gan galad trwy P38MAPK-Nrf2/HO-1 llwybr signalau mewn ieir dodwy. Gwydd Poult. 2018; 97(9): 3109–18.

13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. Astudiaethau ar natur gemegol y sylwedd sy'n achosi trawsnewid mathau niwmococol: sefydlu trawsnewid gan ffracsiwn asid desoxyriboniwclëig wedi'i ynysu o niwmococws math Iii. J Exp Med. 1944;79(2):137–58.

14. Kochmanski J, Marchlewicz EH, Cavalcante RG, Sartor MA, Dolinoy DC. Methyliad DNA epigenom-eang sy'n gysylltiedig ag oedran a hydroxymethylation mewn gwaed llygoden hydredol. Epigeneteg. 2018; 13(7):779–92.

15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY. Mynegiant genyn wedi'i reoleiddio gan methylation DNA mewn ffibrosis organau. Biochim Bioffys Acta Mol Sail Dis. 2017; 1863(9): 2389–97.

16. Ehrlich M. hypermethylation DNA mewn clefyd: mecanweithiau a pherthnasedd clinigol. Epigeneteg. 2019; 14(12): 1141–63.

17. Ling C, Ronn T. Epigenetics mewn Gordewdra Dynol a Diabetes Math 2. Cell Metab. 2019; 29(5): 1028–44.

18. Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. Mae defnydd ethanol mamol yn newid yr epigenoteip a ffenoteip epil mewn model llygoden. PLoS Genet. 2010; 6(1): e1000811.

19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. Canfod Genom-Eang o Genynnau Allweddol a Marcwyr Epigenetig ar gyfer Afu Brasterog Cyw Iâr. Int J Mol Sci. 2020; 21(5): 1800.

20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J, et al. Patrymau methylation DNA a mynegiant genynnau sy'n gysylltiedig â maint sbwriel ym brych mochyn Berkshire. PLoS UN. 2017; 12(9): e0184539.

21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, Cân X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B, et al. Mae dilyniannu trawsgrifiadol yn datgelu genynnau sy'n ymwneud â straen ocsideiddiol wedi'i ysgogi gan gadmiwm yn y galon ieir. Gwydd Poult. 2021; 100(3): 100932. 22. Boo SY, Tan SW, Alitheen NB, Ho CL, Omar AR, Yeap SK. Dadansoddiad trawsgrifiadol o gelloedd lladd naturiol lymffocyt intraepithelial cyw iâr sydd wedi'u heintio â firws clefyd bwrsal heintus iawn ffyrnig. Cynrychiolydd Gwyddonol 2020; 10(1):18348.

23. Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. Dadansoddiad trawsgrifiadol o ddatblygiad cyhyrau embryonig yn Cyw Iâr Mynydd Chengkou. Genomeg BMC. 2021; 22(1):431.

24. Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dan X, Shi Y, Kang X. Nodweddiad a Dadansoddiad Trawsgrifiad Duodenal o Wartheg Cig Eidion Tsieineaidd Gyda Effeithlonrwydd Porthiant Dargyfeiriol Gan Ddefnyddio RNA-Seq. Genet blaen. 2021; 12: 741878.

25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S, et al. Effaith Straen Ocsidiol ar Ofari'r Cyw Iâr: Cynnwys Ymyriadau Microbiota a Melatonin. Gwrthocsidyddion (Basel). 2021; 10(9): 1422.

26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. Lefelau Calsiwm a Cholecalciferol mewn Ieir Dodwy Cyfnod Hwyr: Effeithiau ar Nodweddion Cynhyrchiol, Ansawdd Wyau, Biocemeg Gwaed, ac Ymatebion Imiwnedd. Blaen Milfeddyg Sci. 2020; 7: 389.

27. Moreno J, Osorno JL. Lliw wyau adar a detholiad rhywiol: a yw pigmentiad plisgyn wy yn adlewyrchu cyflwr benywaidd ac ansawdd genetig? Ecol Lett. 2003; 6(9):803–6.

28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Protoporphyrin IX a straen ocsideiddiol. Rhydd Radic Res. 1999; 31(3): 161–70.

29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. Gwrthgyrff naturiol, imiwnoglobwlin mewnwythiennol a'u rôl mewn hunanimiwnedd, canser a llid. Clin Exp Immunol. 2009; 158(Cyflenwad 1):43–50.

30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. A yw smotyn plisgyn wyau a lliw dangosyddion iechyd a chyflwr mewn titw tomos las Cyanistes caerulus? J Biol Adar. 2007; 38(3):377–84.

31. Fagarasan S, Honjo T. Synthesis IgA Coluddol: rheoleiddio amddiffynfeydd corff rheng flaen. Nat Parch Immunol. 2003; 3(1):63–72.

32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. Atchwanegiad beta-glwcan burum dietegol yn gwella lliw plisgyn wyau a hatchability wyau ffrwythlon yn ogystal â gwella swyddogaethau imiwnedd yn bridiwr ieir dodwy. Int J Biol Macromol. 2020; 159:607-21.

33. Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. Modiwleiddio sy'n gysylltiedig ag oedran o'r system amddiffyn imiwnedd gynhenid ​​mwcosaidd isthmig a chroth mewn ieir dodwy. Gwydd Poult. 2019; 98(7):3022–8.

34. Li J, Qin Q, Li YX, Leng XF, Wu YJ. Mae amlygiad i ffosffad tri-ortho-cresyl yn arwain at gynhyrchiant isel o wyau ac ansawdd plisgyn wyau gwael trwy amharu ar ddatblygiad ffoliglaidd a gweithrediad chwarren cragen mewn ieir dodwy. Ecotoxicol Amgylch Saf. 2021; 225: 112771.

35. Fukaya M, Kamata A, Hara Y, Tamaki H, Katsumata O, Ito N, Takeda S, Hata Y, Suzuki T, Watanabe M, et al. Mae SynArfGEF yn ffactor cyfnewid niwcleotid guanîn ar gyfer Arf6 ac mae'n lleoleiddio'n ffafriol mewn arbenigeddau ôl-synaptig o synapsau ataliol. J Neurochem. 2011; 116(6): 1122-37.

36. Um JW. Swyddogaethau synaptig y teulu IQSEC o ffactor cyfnewid ADP-ribosylation guanin niwcleotid. Neurosci Res. 2017; 116:54-9.

37. Um JW, Choi G, Parc D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y, et al. IQ Motif a SEC7 Protein sy'n Cynnwys Parth 3 (IQSEC3) Yn rhyngweithio â Geffyrin i Hyrwyddo Ffurfiant Synapse Ataliol. J Biol Chem. 2016; 291(19): 10119–30.

38. Kim S, Kim H, Parc D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J, et al. Mae colli IQSEC3 yn Amharu ar Gynnal a Chadw Synapse GABAergig ac yn Lleihau Mynegiant Somatostatin yn yr Hippocampus. Cynrychiolydd Cell 2020; 30(6):1995-2005 e1995.

39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. GABAB symbyliad derbynnydd-gyfryngol o gyfangedd o draphont cwningen ynysig. Eur J Ffarmacol. 1984; 99(4):333–6. 40. Roth FC, Draguhn A. metaboledd a thrafnidiaeth GABA: effeithiau ar effeithiolrwydd synaptig. Plast nerfol. 2012; 2012: 805830.

41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. Dwysedd uchel o safleoedd rhwymo GABA penodol yn y tiwb ffalopaidd dynol. Neurosci Lett. 1983; 42(2): 155–60.

42. Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. Crynodiadau GABA uwch yn y tiwb ffalopaidd nag yn ymennydd y llygoden fawr. J Neurochem. 1982; 38(4): 1174–6.

43. Haul X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. Mae dadansoddiad cymharol trawsgrifiad o ffoliglau ofarïaidd yn datgelu'r genynnau allweddol a'r llwybrau signalau sy'n gysylltiedig â chynhyrchu wyau ieir. Genomeg BMC. 2021; 22(1):899.

44. Chen X, Haul X, Chimbaka IM, Qin N, Xu X, Liswaniso S, Xu R, Gonzalez JM. Mae dadansoddiad trawsgrifiadol o ffoliglau ofarïaidd yn datgelu genynnau canolog posibl sy'n gysylltiedig â chyfraddau uwch a gostyngol o gynhyrchu wyau cyw iâr. Genet blaen. 2021; 12: 622751.

45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X. Mae proffilio trawsgrifiad yn nodi genynnau a fynegir yn wahaniaethol yn ofarïau gŵydd Huoyan rhwng y cyfnod dodwy a'r cyfnod dod i ben. PLoS UN. 2014; 9(11): e113211.

46. ​​Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y, et al. Mae circadian miR-449c-5p yn rheoleiddio cludiant Ca(2+) groth yn ystod calcheiddio plisgyn wy mewn cywion ieir. Genomeg BMC. 2021; 22(1):764.

47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M, et al. Mae dadansoddiad trawsgrifiadol yn datgelu genynnau a fynegir yn wahaniaethol sy'n gysylltiedig â chyfraddau uchel o gynhyrchu wyau mewn cyw iâr echelin pituitary-ofari hypothalamig. Cynrychiolydd Gwyddonol 2020; 10(1):5976.

48. Cox PR, Siddique T, Zoghbi HY. Trefniadaeth genomig Tropomodulinau 2 a 4 a splicing rhynggenig ac intraecsonig anarferol o YL-1 a Tropomodulin 4. Genomeg BMC. 2001; 2: 7.

49. Cox PR, Zoghbi HY. Dilyniannu, dadansoddi mynegiant, a mapio tri genyn tropomodulin dynol unigryw a'u orthologau llygoden. Genomeg. 2000; 63(1):97–107.

50. Yamashiro S, Gokhin DS, Kimura S, Nowak RB, Fowler VM. Tropomodulins: proteinau capio pen pigfain sy'n rheoleiddio pensaernïaeth ffilament actin mewn mathau amrywiol o gelloedd. Cytoskeleton (Hoboken). 2012; 69(6):337–70.

51. Almenar-Queralt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Poupana L, Fowler VM. Adnabod isoform tropomodulin newydd, tropomodulin ysgerbydol, sy'n capio ffilament actin pigfain yn dod i ben mewn cyhyr ysgerbydol cyflym. J Biol Chem. 1999; 274(40): 28466-75.

52. Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X. Dilyniannu a nodweddu lncRNAs yng nghyhyr fron ieir Gushi ac Arbor Acres. Genom. 2018; 61(5):337–47.

53. Xu L, Zhao F, Ren H, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L, et al. Dadansoddiad cydfynegiant o enynnau ffetws sy'n gysylltiedig â phwysau yng nghyhyr ysgerbydol y defnyn yn ystod cyfnodau canol a hwyr datblygiad y ffetws. Int J Biol Sci. 2014; 10(9): 1039–50.

54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. Mae dadansoddiad Transcriptome yn datgelu dealltwriaeth foleciwlaidd o nicotinamid a sodiwm butyrate ar ansawdd cig brwyliaid o dan ddwysedd stocio uchel. Genomeg BMC. 2020; 21(1):412.

55. Zhang F, Yin ZT, Zhang JF, Zhu F, Hincke M, Yang N, Hou ZC. Integreiddio data transcriptome, proteome, a QTL i ddarganfod genynnau swyddogaethol bwysig ar gyfer ffurfio plisgyn wyau hwyaid ac albwmen. Genomeg. 2020; 112(5): 3687–95.

56. Nys Y, Gautron J, Garcia-Ruiz JM, Hincke MT. Mwyneiddiad plisgyn wy adar: nodweddiad biocemegol a swyddogaethol o broteinau matrics. CR Palevol. 2004; 3(6–7):549–62.

57. Chen CS, Alonso JL, Ostuni E, Whitesides GM, Ingber DE. Mae siâp cell yn darparu rheolaeth fyd-eang o gynulliad adlyniad ffocal. Biochem Biophys Res Commun. 2003; 307(2):355–61.

58 Su H, Zhang H, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. Dadansoddiad Proteomig Cymharol o Rana chensinensis Oviduct. Moleciwlau. 2018; 23(6): 1384.

59. Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. Dadansoddiad trawsgrifiadol o ofari mewn wyau cymharol fwy a llai yn cynhyrchu Jinghai Yellow Cyw Iâr. Anim Reprod Sci. 2019; 208: 106114.

60. Haul T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X. Mae dadansoddiad trawsgrifiad yn datgelu genynnau allweddol a llwybrau sy'n gysylltiedig â chynhyrchu wyau mewn cyw iâr domestig Nandan-Yao. Comp Biochem Physiol Rhan D Genomeg Proteomeg. 2021; 40: 100889.

61. Peter AT, Dhanasekaran N. Apoptosis o gelloedd granulosa: adolygiad o rôl modiwlau signalau MAPK. Reprod Domest Anim. 2003; 38(3): 209–13.

62. Mae Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. AHCYL1 yn cael ei gyfryngu gan signalau celloedd MAPK ERK1/2 a achosir gan estrogen a rheoleiddio microRNA i effeithio ar agweddau swyddogaethol y draphont adar adar. PLoS UN. 2012; 7(11): e49204.

63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. Mae effeithiau ocsideiddiol ac apoptotig Vanadate yn cael eu cyfryngu gan y llwybr MAPK-Nrf2 mewn celloedd epithelial magnum oviduct haen. Metelomeg. 2017; 9(11):1562–75.

64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. Dadansoddiad trawsgrifomig cymharol o ofarïau hwyaid uchel ac isel sy'n cynhyrchu wyau. Gwydd Poult. 2017;96(12):4378–88.

65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. Cadw Transcriptomic ac Epigenetig o Hunaniaeth Rhyw Genetig mewn Gonads Embryonig Cyw Iâr Gwryw Estrogen-benywaidd. Endocrinoleg. 2021; 162(1): bqaa208.

66. Huang YZ, Sul JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X, et al. Proffiliau methylation DNA genom-eang a'u perthynas ag mRNA a'r trawsgrifiad microRNA mewn meinwe cyhyrau buchol (Bos taurine). Cynrychiolydd Gwyddonol 2014; 4:6546.

67. Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. Dadansoddiad integredig o'r methylome a transcriptome o ieir â syndrom hemorrhagic afu brasterog. Genomeg BMC. 2021; 22(1):8.

68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M, et al. Dadansoddiad integredig o methylome, transcriptome, a miRNAome o dri brîd mochyn. Epigenomeg. 2018; 10(5):597–612.

69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. Meddwl ochrol: sut mae addasiadau histone yn rheoleiddio mynegiant genynnau. Tueddiadau Genet. 2016; 32(1):42–56.

70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. Rheoleiddio genynnau ôl-drawsysgrifol trwy addasiadau mRNA. Nat Parch Mol Cell Biol. 2017; 18(1):31–42.

71. Chakravarti B, Abraham GN. Heneiddio ac imiwnedd cell-T. Mech Heneiddio Dev. 1999; 108(3): 183-206.

72. Camougrand N, Rigoulet M. Heneiddio a straen ocsideiddiol: astudiaethau o rai genynnau sy'n ymwneud â heneiddio ac mewn ymateb i straen ocsideiddiol. Respir Physiol. 2001; 128(3):393–401.

73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. Ymatebion difrod DNA systemig mewn heneiddio a chlefydau. Biol Canser Semin. 2016;37–38:26–35.

74. Orr WC, Radyuk SN, Prabhudesai L, Toroser D, Benes JJ, Luchak JM, Mockett RJ, Rebrin I, Hubbard JG, Sohal RS. Mae gorfynegiant o glutamad-cystein ligas yn ymestyn hyd oes yn Drosophila melanogaster. J Biol Chem. 2005; 280(45):37331–8.

75. Parc DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B, et al. Mae llygod Caveolin-1 null (-/-) yn dangos gostyngiadau dramatig mewn rhychwant oes. Biocemeg. 2003; 42(51): 15124-31.

76. Parc JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH, et al. Mae polymorphism genynnau ymgeisydd ar gyfer diabetes mellitus, clefyd cardiofasgwlaidd, a chanser yn gysylltiedig â hirhoedledd yn Koreans. Exp Mol Med. 2009; 41(11):772–81.

77. Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. cataract cynhenid ​​​​awtosomaidd-dominyddol sy'n gysylltiedig â threiglad dileu yn y genyn protein ffilament gleiniog dynol BFSP2. Am J Hum Genet. 2000; 66(4): 1432–6.

78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, Weeks DE, et al. Mae locws cataract cynyddol ifanc ar gromosom 3q21-q22 yn gysylltiedig â threiglad missense yn y protein adeileddol fflamaidd gleiniog-2. Am J Hum Genet. 2000; 66(4): 1426-31.

79. Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. Cliwiau cynaeafu o ddadansoddiad trawsgrifiad genom-eang ar gyfer archwilio anomaleddau cyfryngol thalidomid yn natblygiad llygad embryo cyw: Nitrig mae ocsid yn unioni'r anomaleddau cyfryngol thalidomid trwy droi'r system yn ôl i batrwm trawsgrifio arferol. Biochimie. 2016; 121: 253-67.

80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: rhagbrosesydd cyflym iawn popeth-mewn-un FASTQ. Biowybodeg. 2018; 34(17): i884–90.

81. Kim D, Paggi JM, Parc C, Bennett C, Salzberg SL. Aliniad genom ar sail graff a genoteipio gyda genoteip HISAT2 a HISAT. Nat Biotechnol. 2019; 37(8):907–15.

82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, Prosesu Data Prosiect Genom S. Fformat Aliniad Dilyniant/Map a SAMtools. Biowybodeg. 2009; 25(16): 2078–9.

83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: mae rhaglen bwrpas cyffredinol effeithlon ar gyfer aseinio dilyniant yn darllen i nodweddion genomig. Biowybodeg. 2014; 30(7):923–30.

84. Love MI, Huber W, Anders S. Amcangyfrif cymedrol o newid plyg a gwasgariad ar gyfer data RNA-seq gyda DESeq2. Genom Biol. 2014; 15(12):550.

85. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, et al. Dadansoddiad cyfoethogi set genynnau: dull seiliedig ar wybodaeth ar gyfer dehongli proffiliau mynegiant genom-eang. Proc Natl Acad Sci US A. 2005; 102(43):15545–50.

86. Krueger F, Andrews SR. Bismark: aliniwr hyblyg a galwr methylation ar gyfer cymwysiadau Bisulfte-Seq. Biowybodeg. 2011; 27(11): 1571–2.

87. Jones PA. Swyddogaethau methylation DNA: ynysoedd, safleoedd cychwyn, cyrff genynnau, a thu hwnt. Nat Parch Genet. 2012; 13(7):484–92.

88. Akalin A, Kormaksson M, Li S, Garrett-Bakelman FE, Figueroa ME, Melnick A, Mason CE. methylKit: pecyn R cynhwysfawr ar gyfer dadansoddi prosesau methylation DNA genom-eang. Genom Biol. 2012; 13(10):R87.

89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK. Mae Metascape yn darparu adnodd sy'n canolbwyntio ar fiolegydd ar gyfer dadansoddi setiau data lefel systemau. Cymmun Nat. 2019; 10(1): 1523.