Effaith Cymeriant Uchel Halen Ar Ecosystem Perfedd Naturiol Mewn Llygod Gwylltion
Oct 30, 2023
Haniaethol: Mae'r holobiont mamalaidd yn gartref i gymuned bacteriol perfedd cydfuddiannol gymhleth a rhyngddibynnol. Mae'n hysbys bod newidiadau yng nghyfansoddiad y consortiwm bacteriol hwn yn elfen allweddol o iechyd gwesteiwr, imiwnedd ac afiechyd. Ymhlith llawer o rai eraill, mae arferion dietegol yn yrwyr dylanwadol ar gyfer tarfu posibl ar y rhyngweithio cydfuddiannol rhwng bacteria a lletywr. Yn y cyd-destun hwn, gwnaethom ddangos yn flaenorol bod diet â llawer o halen (HSD) yn arwain at gyflwr dysbiotig o ficrobiota perfedd murine, a nodweddir gan leihad neu ddisbyddiad bacteria adnabyddus sy'n hybu iechyd yn y perfedd. Fodd bynnag, oherwydd amgylchedd rheoledig a glanweithdra, mae llygod labordy confensiynol (CLM) yn meddu ar ficrobiota perfedd llai amrywiol o gymharu â llygod gwyllt, gan arwain at ganlyniadau trosiadol gwael ar gyfer astudiaethau microbiome perfedd, oherwydd gallai llai o amrywiaeth microbiota perfedd fethu â darlunio'r cyd-ddibynnol cymhleth. rhwydweithiau o'r microbiome. Yma, gwnaethom werthuso'r effaith HSD ar ficrobiota perfedd yn CLM o'i gymharu â llygod gwyllt, sy'n cynnal ecosystem perfedd naturiol sy'n dynwared y sefyllfa mewn bodau dynol yn agosach. Roedd llygod yn cael eu trin â naill ai bwyd rheoli neu HSD a phroffiliwyd microbiota perfedd gan ddefnyddio dulliau seiliedig ar amplicon sy'n targedu'r genyn ribosomaidd 16S. Yn unol â chanfyddiadau blaenorol, datgelodd ein canlyniadau fod HSD wedi achosi colled sylweddol o amrywiaeth alffa a modiwleiddio helaeth o gyfansoddiad microbiota perfedd yn CLM, a nodweddir gan y gostyngiad mewn bacteria a allai fod yn fuddiol o Firmicutes ffylum megis y genera Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, Anaerovorax a cynnydd mewn Akkermansia a Parasutterella. Fodd bynnag, ni ddangosodd llygod gwyllt wedi'u trin â HSD yr un newidiadau o ran amrywiaeth alffa a cholli bacteria Firmicutes â CLM, ac yn fwy cyffredinol, dim ond mân newidiadau a ddangosodd gwylltion yng nghyfansoddiad microbiota'r perfedd ar HSD. Yn unol â hyn, awgrymodd y dadansoddiad swyddogaethol seiliedig ar 16S dim ond newidiadau mawr o swyddogaethau ecolegol microbiota perfedd yn CLM o gymharu â llygod gwylltio ar HSD. Mae ein canfyddiadau'n dangos bod microbiota perfedd cyfoethocach sy'n deillio o wyllt yn fwy ymwrthol i ymyriadau dietegol fel HSD, o'i gymharu â microbiota perfedd CLM, a allai fod â goblygiadau pwysig ar gyfer ymchwil microbiome trosiadol yn y dyfodol.
cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd
Geiriau allweddol: microbiome; diet uchel mewn halen; imiwnedd; gwylltio
1. Rhagymadrodd
Mae perfedd mamaliaid yn cael ei gytrefu gan gymuned bacteriol gymhleth ac amrywiol, sydd ynghyd â'r gwesteiwr yn creu perthynas symbiotig cain [1,2]. Mae'r gymuned facteriol hon yn cyflawni llawer o swyddogaethau sy'n ddefnyddiol i'r gwesteiwr, gan gynnwys swyddogaethau metabolaidd, imiwnofodwlaidd a throffig [3-7] a gallai cyfansoddiad microbiota'r perfedd newid yn ystod bywyd, yn unol ag anghenion penodol a ffisioleg y gwesteiwr [1,8, 9]. Mae llawer o swyddogaethau buddiol bacteria sy'n hybu iechyd y perfedd yn cael eu cyfryngu gan fetabolion anaerobig sy'n deillio o eplesu [10-13] a gallai cyflyrau dysbiotig effeithio'n sylweddol ar iechyd gwesteiwr [2,11,14,15]. Mae'r pryder cynyddol am effaith ffordd o fyw ar iechyd wedi arwain at fwy o ddiddordeb gwyddonol mewn cyfranogiad microbiota perfedd a'i oblygiadau trosiadol [16,17]. Yn wir, mae microbiota'r perfedd yn cael ei siapio gan ffactorau anghynhenid (ee, ffordd o fyw, diet, a thriniaethau meddygol) a ffactorau cynhenid (ee, geneteg lletyol, rheoliadau imiwnedd a metabolaidd) [8,18-20]. Cydnabyddir yn gyffredinol y gallai elfennau anghynhenid gael effeithiau sy'n cael effaith, gyda diet yn un o'r prif ffactorau sy'n cyfrannu at effeithio ar gyfansoddiad a swyddogaeth microbiota'r perfedd [1,2,21]. Mae'n hysbys bod cydrannau dietegol y gorllewin, fel cymeriant halen uchel, yn brifo homeostasis gwesteiwr trwy effeithio ar y system imiwnedd a newid microbiota'r perfedd a'r afiechyd [18,22-37]. Mewn microbiota perfedd murine, mae diet â llawer o halen (HSD) yn gysylltiedig â lleihau bacteria sy'n hybu iechyd a elwir yn enwog fel cynhyrchwyr asidau brasterog cadwyn fer (SCFA) fel Lactobacillus spp., Bifidobacterium, Blautia a Faecalibaculum [28, 29,38-41], ochr yn ochr â chynnydd yn y doreth o Akkermansia, cynhyrchydd SCFA manteisgar arall y dangoswyd ei fod yn effeithio ar imiwnedd gwesteiwr ac afiechyd mewn systemau model gwahanol [42,43]. Defnyddir modelau anifeiliaid murine yn aml i astudio sut y gallai ffactorau dietegol siapio microbiota'r perfedd, y system imiwnedd, a chlefyd [29,44-46]. Er bod defnyddio llygod labordy confensiynol (CLM) yn dal i fod yn opsiwn dilys ar gyfer llawer o astudiaethau, weithiau mae'n methu â chyfieithu cymwysiadau sy'n canolbwyntio ar ficrobiota perfedd yn iawn [47-49]. Er enghraifft, dangoswyd bod ymchwil imiwnolegol a metabolomeg mewn modelau murine o glefyd y coluddyn llid (IBD) a gordewdra yn rhagfynegi canlyniadau trosiadol astudiaethau microbiota perfedd yn wael [50]. Gallai hyn fod oherwydd llawer o wahaniaethau cynhenid yn y systemau model hyn, megis gwahanol anatomeg perfedd, geneteg, a ffisioleg [16,50]. Fodd bynnag, problem arall o ddefnyddio CLM ar gyfer astudio rhyngweithiadau microbiota-imiwn yw dofi cyfansoddiad bacteriol perfedd yn CLM, sy'n cael ei adlewyrchu yn y gostyngiad yng nghymhlethdod a gwytnwch microbiota perfedd CLM o'i gymharu â llygod gwyllt [51]. Mae'r angen am amgylcheddau glanweithiol a rheoledig yn wynebu llai o bresenoldeb pathogenau a pharasitiaid posibl, y credir o ganlyniad i hynny arwain at system imiwnedd lai "addysgedig" yn CLM o'i gymharu â llygod gwyllt [51-53]. Er mwyn mynd i'r afael â'r broblem hon, datblygwyd y model gwylltio murine gan C57BL/6 trosglwyddiad embryo sy'n deillio o lygod i lygod gwyllt i gael microbiota perfedd sy'n deillio o wyllt, i oresgyn mater trosiadol astudiaethau microbiota perfedd imiwnolegol [54]. Dangosodd astudiaethau diweddar yn cynnwys y model llygoden hwn ganlyniadau gwell wrth ragweld gwerth trosiadol imiwnotherapïau arbrofol o'i gymharu â CLM [54,55]. Ar ben hynny, roedd microbiota perfedd gwylltio yn fwy ymwrthol a gwydn i driniaeth gwrthfiotigau a diet braster uchel o'i gymharu â CLM, sy'n debyg i'r sefyllfa fwy cymhleth mewn bodau dynol [54,55]. Fodd bynnag, er gwaethaf effeithiau sefydledig HSD ar ficrobiota perfedd, y system imiwnedd, a modelau clefyd amrywiol yn CLM, nid yw effeithiau cymeriant halen uchel ar ficrobiota perfedd naturiol sy'n deillio o wyllt yn hysbys. Yn yr astudiaeth hon, fe wnaethom werthuso effaith HSD ar wahanol gyfansoddiadau ecosystem bacteriol perfedd a swyddogaethau rhagfynegol CLM o gymharu â llygod gwyllt.
2. Defnyddiau a Dulliau
2.1. Anifeiliaid a Diet
Prynwyd llygod math C57BL/6 gwyllt (merched 7–8 wythnos oed, n=20) oddi wrth Charles River a’u cadw yng nghyfleuster anifeiliaid Prifysgol Hasselt o dan amodau safonol. Cafodd llygod gwylltion (cefndir genetig C57BL/6, gwrywod n=12 a benywod n=11) [54] eu cadw yng nghyfleuster anifeiliaid UHasselt o dan amodau safonol. Cymeradwywyd astudiaethau anifeiliaid gan y Pwyllgor Moesegol ar Arbrofion Anifeiliaid (ECAE) ym Mhrifysgol Hasselt (ID201618A4V1, ID202235). Roedd llygod yn cael eu cadw dan do (4 llygod/cawell) mewn ystafell a reolir gan dymheredd (21–23 ◦C) gyda chylchred golau/tywyll 12:12 h. Prynwyd y dietau puredig canlynol gan Ssniff (Soest, yr Almaen): 0.5% NaCl/deiet rheoli (E15430-04), a 4% NaCl/HSD (E15431-34). Ar gyfer HSD, cafodd anifeiliaid eu bwydo â 1% NaCl yn y dŵr yfed yn ogystal ag E15431-34, fel y disgrifir yn [28]. Roedd llygod CLM wedi'u dosbarthu'n gyfartal rhwng y grŵp rheoli (n=10) a HSD (n=10). Ar gyfer y llygod gwylltio, roedd unigolion gwrywaidd a benywaidd hefyd wedi'u dosbarthu'n gyfartal mewn grwpiau dietegol rheoli a HSD (6 gwryw ar gyfer rheolaeth, 6 gwryw ar gyfer HSD, 5 benyw ar gyfer rheolaeth, a 6 benyw ar gyfer HSD).
system imiwnedd sy'n cynyddu planhigion cistanche
2.2. Echdynnu DNA
Perfformiwyd echdynnu DNA microbaidd fel y disgrifir yn [28], trwy ddefnyddio protocol wedi'i addasu o'r QIAmp Fast DNA Stool Mini Kit (Qiagen, Hilden, yr Almaen). Yn gryno, ychwanegwyd pelenni fecal at 2-mL Eppendorf sy'n cynnwys 0.5 mm o gleiniau gwydr a 1.5 ml o glustogfa lysis (ASL) (Qiagen, Hilden, yr Almaen). Defnyddiwyd curo gleiniau i berfformio homogeneiddio mecanyddol y pelenni. Perfformiwyd echdynnu llawn yn unol â phrotocol y gwneuthurwr gyda mân addasiadau (estyn amser deori proteinas K i 2 h ar 70 ◦C). Gwerthuswyd crynodiadau DNA gan ddefnyddio sbectrophotometer NanoDrop ND-1000 (NanoDrop Technologies, Wilmington, DE, UDA) a'u storio ar −20 ◦C cyn mwyhad genyn rRNA 16S.
2.3. 16S rRNA Helaethiad Genynnau a Dilyniant
Ymhelaethwyd ar ddilyniant genynnau rRNA 16S trwy ddefnyddio paent preimio penodol ar gyfer y rhanbarth V4 (F515 / R806), fel y disgrifiwyd yn flaenorol [56]. Yn gryno, defnyddiwyd 25 ng o DNA fesul adwaith PCR (30 µL) (KAPA HiFi HotStart ReadyMix, Roche, Basel, CH, UDA) o ddadnatureiddio cychwynnol ar gyfer 30 s ar 98 ◦C, ac yna 25 cylch (10 s yn 98 ◦ C, 20 s ar 55 ◦C, a 20 s ar 72 ◦C). Perfformiwyd adweithiau mewn triphlyg, wedi'u cronni fesul sampl, a'u puro gan system glanhau gleiniau magnetig (Agencourt AMPure XP, Beckman Coulter, Brea, CA, UDA). Perfformiwyd paratoadau'r llyfrgell gan PCR cylch cyfyngedig i gael y llyfrgell fynegeiedig gan ddefnyddio technoleg Nextera (Kit Mynegai Nextera XT, Illumina, San Diego, CA, UDA), ac yna ail gam glanhau gleiniau magnetig AMPure XP. Yna cafodd samplau wedi'u mynegeio eu normaleiddio i'r un crynodiad o 4nM, eu cronni a'u dilyniannu ar lwyfan Illumina MiSeq PE300 gyda phrotocol diwedd pâr 2 × 300 bp yn unol â phrotocol y cwmni (Illumina, Inc., San Diego, CA, UDA).
cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd
Cliciwch yma i weld cynhyrchion Gwella Imiwnedd Cistanche
【Gofyn am fwy】 E-bost:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
2.4. Prosesu a Dadansoddiad Ystadegol o Ddata Dilyniannu Genynnau rRNA 16S
Proseswyd dilyniannau crai gan ddefnyddio piblinell QIIME 2 [57]. Ar ôl hidlo hyd ac ansawdd (paramedrau diofyn), cafodd darlleniadau eu hidlo a'u neilltuo i unedau tacsonomig gweithredol (OTUs) gan ddefnyddio DADA2 [58]. Perfformiwyd aseiniad tacsonomig gan yr algorithm VSEARCH (https://github.com/torognes/vsearch; cyrchwyd ar 9 Tachwedd 2{022) a chronfa ddata Silva v128 ( https://www.arb-silva.de /; cyrchwyd ar 9 Tachwedd 2{{40}}22). Yna cafodd y tabl ASV ei normaleiddio gan rarefaction ar ddyfnder 6.147 fel bod pob sampl yn cyrraedd y llwyfandir ar ddiwedd y gromlin rarefaction. Aseswyd alffa-amrywiaeth gan ddefnyddio dau fetrig gwahanol: mynegeion ecolegol cyfoeth OTUs (Arsylwyd), Chao1, Shannon, Simpson, Inverse Simpson (InvSimpson). Ar gyfer amrywiaeth beta, cyfrifwyd a phlotiwyd annhebygrwydd Bray-Curtis, tebygrwydd Jaccard, a metrigau UniFrac Pwysoledig ac Amhwysol [59] gan Ddadansoddiad o Gyfesurynnau Egwyddor (PCoA) i ddelweddu'r pellter gwirioneddol rhwng samplau. I normaleiddio'r tabl cyfrif OTU, perfformiwyd rarefaction ar ddyfnder o 6305 dilyniant fesul sampl 100 gwaith. Defnyddiwyd yr allbwn a gafwyd o aseiniad tacsonomeg yr OTU, fel tabl tacsonomeg, i gwympo'r tabl OTU normaleiddio yn dablau ar gyfer y lefelau tacsonomeg L2 (Phylum), L5 (Teulu), ac L6 (Genus). Perfformiwyd dadansoddiadau ystadegol gan ddefnyddio R (https://www.R-project.org/; cyrchwyd ar 25 Tachwedd 2022; Fersiwn 4.2.0). Defnyddiwyd y pecyn R "fegan" (Fersiwn 2.6-4) [60] i gynhyrchu metrigau beta-amrywiaeth i gymharu gwahaniaethau cyfansoddiadol grwpiau yn ôl PCoA neu yn ôl dadansoddiad prif gydrannau (PCA). Profwyd pecynnau a gwahanu data trwy brawf permutation gyda chymarebau ffug-F (swyddogaeth "Adonis" yn "fegan"). Profwyd gwahaniad o ran amrywiaeth beta rhwng grwpiau gan Ddadansoddiad Amnewidyn Amnewidiol o Amrywedd gan Ddefnyddio Matricsau Pellter (PERMANOVA, swyddogaeth "Adonis" yn "fegan"), tra profwyd gwahaniaethau ar gyfer gwasgariad o fewn grwpiau gan brawf gwasgariadau grwpiau homogenedd Aml-amrywedd (PERMDISP). , swyddogaeth "betadisper" yn "fegan"). Cafodd tacsa nad oedd yn bresennol mewn o leiaf 4 sampl eu heithrio o'r dadansoddiad. Gwerthuswyd gwahaniaethau o ran cyflenwadau cymharol tacsa yn gyntaf gyda'r prawf Kruskal-Wallis rhagarweiniol rhwng 4 grŵp ac yna gwerthuswyd ymhellach gyda'r prawf Wilcoxon rhwng y parau cymhariaeth a ganlyn: CLM Control vs CLM HSD, wildling Control vs wildling HSD, CLM Control vs rheoli gwylltio, CLM HSD vs wildling HSD. Ar gyfer gwerthuso gwahaniaethau tacsonomig rhwng gwylltio a CLM, defnyddiwyd Maint Effaith Dadansoddiad Gwahaniaethol Llinol (LEfSe: https://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/; cyrchwyd ar 25 Tachwedd 2022) i wahaniaethu rhwng y prif nodweddion ar lefel genws [ 61]. Yna dangoswyd canlyniadau LEfSe fel graff bar, gyda throthwy sgôr Dadansoddiad Gwahaniaethol Llinol (LDA) yn uwch na 1.0. Lle bo angen, addaswyd gwerthoedd-p cymariaethau lluosog gan y dull Benjamini-Hochberg. Roedd cyfradd darganfod ffug (FDR) Llai na neu'n hafal i 0.05 yn cael ei hystyried yn ystadegol arwyddocaol: * p Llai na neu'n hafal i 0.05; ** p Llai na neu'n hafal i 0.01; ***p Llai na neu'n hafal i 0.001. Dadansoddwyd gwahaniaethau swyddogaethol rhwng microbiomau o wahanol gynnwys NaCl yn y bwyd (0.5% a 4% o gynnwys bwyd NaCl) gan PICRUSt2, pecyn meddalwedd biowybodeg i ragfynegi cynnwys swyddogaethol metagenome o ddata dilyniannu genynnau 16s rDNA (https://huttenhower.sph. harvard.edu/picrust/; cyrchwyd ar 29 Tachwedd 2022; PICRUSt2 2.4.1) [62]. Cymhwyswyd piblinell PICRUSt2 i ddilyniannau cynrychioliadol a’u tabl helaethrwydd o DADA2 trwy ddefnyddio paramedrau safonol ( https://github.com/ picrust/picrust2/wiki/Full-pipeline-script; cyrchwyd ar 29 Tachwedd 2022). O'r allbwn piblinell llawn, adeiladwyd rhagfynegiad metagenomig ar gyfer llwybrau Ortholeg a MetaCyc KEGG fel tablau, gyda swyddogaethau rhagfynegol fel rhesi a samplau fel colofnau, a'u defnyddio i gymharu swyddogaethau microbiota perfedd mewn gwylltio a CLM ar gyfundrefn HSD. Dewiswyd swyddogaethau rhagfynegol cymunedol microbaidd a gyfrannodd fwyaf at yr amrywiad rhwng gwylltio a CLM yn ôl y cyntaf (PC1), yr ail (PC2), a'r drydedd brif gydran (PC3) i'w dadansoddi ymhellach ar y defnydd o HSD yn y ddau fodel. Yna cafodd y matrics gyda'r cyflenwadau swyddogaeth ragfynegol ei normaleiddio, ei drawsnewid mewn gwerthoedd Cymhareb Log Ganolog (CLR), a chyfrifwyd y gymhareb log2 gymedrig (HSD/Control) ar gyfer gwylltio a CLM. Yn olaf, cymharwyd y cymarebau log2cymedr rhwng grwpiau gan Wilcoxon-test a'u plotio fel plot cuneiform. Cymharwyd gwahaniaethau rhwng grwpiau yn ystadegol mewn meddalwedd R gan ddefnyddio swyddogaethau prawf Wilcoxon-test a Kruskal-Wallis a gwerthoedd p wedi'u haddasu gan ddull Holm neu Benjamini-Hochberg.
3. Canlyniadau
3.1. HSD yn Effeithio ar Amrywiaeth a Chyfansoddiad CLM a Wildling Gut Microbiota
Er mwyn ymchwilio i effaith HSD ar ecosystem microbaidd perfedd sy'n deillio'n wyllt mewn llygod, fe wnaethom fwydo HSD neu reoli diet i lygod gwylltion a CLM. Cadwyd llygod ar gyfundrefnau dietegol am bythefnos ac ymchwiliwyd i gyfansoddiad microbiota perfedd fecal wedyn trwy ddilyniannu genynnau RNA 16S o belenni fecal a gasglwyd ar ddiwrnod 14 (Ffigur 1A). Yn unol ag adroddiad blaenorol, ni chanfuwyd unrhyw wahaniaethau cryf o ran pwysau corff rhwng rheolaeth a grwpiau HSD o CLM a llygod gwyllt [29]. Er mwyn asesu'r gwahanol ficrobiota perfedd rhwng y ddau fodel CLM a llygod gwylltion ar y gwaelodlin, gwnaethom amcangyfrif amrywiaeth alffa (mynegai Arsylwyd neu Gyfoeth, Chao1, Shannon, Simpson, ac Inverse Simpson), amrywiaeth beta (annhebygrwydd Bray-Curtis), a'r prif rai. gwahaniaethau tacsonomaidd. Yn unol ag astudiaethau blaenorol [54], nodweddwyd microbiota perfedd gwylltio gan fwy o gyfoeth microbaidd (Ffigur 1B, pob mynegai amrywiaeth alffa), yn ogystal â chyfansoddiad microbaidd gwahanol a mwy heterogenaidd na CLM (Ffigur 1C, PERMANOVA p {{9}). }.001 & PERDISP p=0.0009, gwylltio vs CLM; a Ffigur S1). O ran llofnodion microbaidd, nodweddwyd CLM a microbiota perfedd llygod gwyllt gan wahanol dacsa bacteriol (Ffigur S1). Yn unol â Rosshart et al. [54], mae tacsa bacteriol o lygod gwylltion yn perthyn i Intestinomonas, Desulfovibrio, Tuzzerella, Oscillobacter, Orodibacter, a'r genws pathogenig Helicobacter, a nodweddodd broffil annomestig y model hwn sy'n deillio o wyllt (Ffigur S1).
Ffigur 1. Effaith HSD ar gyfansoddiad bacteriol CLM (n=10/group) a llygod gwylltio (n=11 ar gyfer gwylltio Ctrl ac n=12 ar gyfer gwylltio HSD). (A) Dyluniad arbrofol. C57BL/6 CLM neu lygod gwylltion yn cael eu bwydo ar 0.5% NaCl (rheolaeth, Ctrl) neu halen uchel 4% NaCl (HSD) a perfedd cymuned bacteriol perfedd a nodweddir gan ddilyniannu amplicon genyn rRNA 16S. (B) Mynegeion ar gyfer amrywiaeth alffa microbiota perfedd fecal o CLM a gwylltio; o'r chwith i'r dde, dangosir y mynegeion canlynol: Arsylwyd (cyfoeth ALLAN), Chao1, Shannon, Simpson, Simpson (Inverse Simpson). Mae gwahaniaethau rhwng grwpiau yn cael eu gwerthuso'n ystadegol gan brawf Wilcoxon. (C) Prif cydgysylltu plot dadansoddiad o ordeinio amrywiaeth beta o Bray-Curtis annhebygrwydd metrig rhwng CLM vs gwylltio (top), rheolaeth CLM vs CLM HSD (gwaelod chwith), a rheolaeth gwylltio vs wildling HSD (gwaelod dde); cyfrifwyd gwahaniad a homogenedd rhwng grwpiau gan brofion PERMANOVA a PERMDISP yn y drefn honno. * p Llai na neu'n hafal i 0.05; ** p Llai na neu'n hafal i 0.01; ****p Llai na neu'n hafal i 0.0001. Ffigur 1. Effaith HSD ar gyfansoddiad bacteriol CLM (n=10/group) a llygod gwylltio (n=11 ar gyfer gwylltio Ctrl ac n=12 ar gyfer gwylltio HSD). (A) Dyluniad arbrofol. C57BL/6 CLM neu lygod gwylltion yn cael eu bwydo ar 0.5% NaCl (rheolaeth, Ctrl) neu halen uchel 4% NaCl (HSD) a perfedd cymuned bacteriol perfedd a nodweddir gan ddilyniannu amplicon genyn rRNA 16S. (B) Mynegeion ar gyfer amrywiaeth alffa microbiota perfedd fecal o CLM a gwylltio; o'r chwith i'r dde, dangosir y mynegeion canlynol: Arsylwyd (cyfoeth ALLAN), Chao1, Shannon, Simpson, Simpson (Inverse Simpson). Caiff gwahaniaethau rhwng grwpiau eu gwerthuso'n ystadegol gan brawf Wilcoxon. (C) Prif cydgysylltu plot dadansoddiad o ordeinio amrywiaeth beta o Bray-Curtis annhebygrwydd metrig rhwng CLM vs gwylltio (top), rheolaeth CLM vs CLM HSD (gwaelod chwith), a rheolaeth gwylltio vs wildling HSD (gwaelod dde); cyfrifwyd gwahaniad a homogenedd rhwng grwpiau gan brofion PERMANOVA a PERMDISP yn y drefn honno. * p Llai na neu'n hafal i 0.05; ** p Llai na neu'n hafal i 0.01; ****p Llai na neu'n hafal i 0.0001.
Arweiniodd HSD at ostyngiad sylweddol mewn amrywiaeth bacteriol (Ffigur 1B, pob mynegai amrywiaeth alffa) yn ogystal â newid microbaidd sylweddol yng nghyfansoddiad CLM (Ffigur 1C, PERMANOVA p=0.001, PERMDISP p=0 .1, CLM Ctrl vs CLM HSD). Mewn cyferbyniad, nodweddwyd microbiota perfedd llygod gwyllt gan amrywiaeth uwch ar HSD (Ffigur 1B, mynegeion Arsylwyd ac Chao1), yn wahanol i CLM, ac fe'u nodweddwyd hefyd gan symudiad cyfansoddiad microbaidd llai amlwg ar HSD o'i gymharu â CLM (Ffigur 1C, PERMANOVA p=0.001, PERMDISP p=0.5, gwylltio Ctrl vs. gwylltio HSD).
3.2. Mae Cyfansoddiad Microbaidd Perfedd Llygod Gwyllt yn Fwy Gwrthiannol i HSD na CLM
Roedd gwahaniaethau cyfansoddiadol bacteriol rhwng gwylltio a CLM yn cael eu nodweddu ymhellach yn dacsonomaidd. Ar lefel ffylwm, y ffyla mwyaf toreithiog o ran digonedd cymharol oedd: Firmicutes (CLM: 52 ± 12%, gwylltio: 32 ± 34%), Bacteroidota (CLM: 24 ± 23%, gwylltio: 57 ± 19%), Actinobacteriota (CLM: 1{{10}} ± 7%, gwylltio: 0.7 ± 1.3%) a Verrucomicrobiota (CLM: 24 ± 23%, gwylltio: 0%/heb ei ganfod) (Ffigur 2). Roedd proffil microbaidd y perfedd yn dangos digonedd gwahanol pellach ar gyfer yr holl ffyla a ganfuwyd mewn samplau fecal rhwng llygod gwylltio a CLM (Ffigur 2). Yn arbennig, roedd microbiota craidd Firmicutes phyla, Bacteroidota, a Verrucomicrobiota yn sylweddol wahanol rhwng y ddau fodel (Ffigur 2). Yn fwy penodol, ar lefel y teulu, gwelwyd cyfraniad gwahanol mewn gwylltio vs CLM microbiota perfedd ar gyfer y rhan fwyaf o'r bacteria a adroddwyd yn flaenorol fel HSD sensitif [28], gan gynnwys Lactobacillaceae, Clostridiaceae, Peptostreptococcaceae, ac Akkermansiaceae (Ffigur 3). Yn unol â hyn, cadarnhawyd tueddiadau tebyg ar lefel y genws rhwng gwylltio a samplau CLM ar gyfer prif aelodau'r teuluoedd a grybwyllwyd; ymhlith y rhain, y rhai mwyaf cynrychioliadol oedd Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, Faecalibaculum ac Akkermansia (Ffigurau S1 a 4). I nodweddu ymhellach effaith HSD ar gyfansoddiadau CLM a microbiota perfedd gwyllt, fe wnaethom hefyd ddadansoddi effaith y regimen deietegol ar wahanol lefelau dosbarthu. Ar lefel ffylwm, nodweddwyd microbiota perfedd CLM a driniwyd gan HSD gan ddisbyddiad sylweddol o Firmicutes a chyfoethogi Verrucomicrobiota (Ffigur 2), ond ni effeithiwyd ar unrhyw un o'r ffyla mawr gan HSD mewn samplau gwylltio (Ffigur 2). Ar lefel y teulu, nodweddwyd microbiota perfedd CLM gan ddisbyddiad sylweddol o facteria sy'n cynhyrchu asid lactig fel Lactobacillaceae, yn ogystal â chynhyrchwyr SCFA fel Peptostreptococcaceae a Clostridiaceae (Ffigur 3). Yn ogystal, mewn CLM sy'n cael ei fwydo gan HSD, gwelsom gynnydd mewn Akkermansiaceae, Sutterellaceae, Defluvitaleaceae, ac Eggerthellaceae (Ffigur 3). Mewn cyferbyniad, effeithiodd HSD ar wahanol deuluoedd bacteriol mewn microbiota perfedd gwylltio, yn eu plith y ddau niferus iawn Muribaculaceae a Prevotellaceae, a chynyddwyd y ddau ohonynt ar HSD (Ffigur 3). Roedd y modiwleiddio bacteriol a gyfrannodd fwyaf at effaith HSD yn CLM yn cynnwys cynnydd mewn genera Akkermansia, Parasutterella, ac Enterorhabdus, yn ogystal â gostyngiad yn y grŵp Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, (Eubacterium), oxidoreducens, Muribaculum ac Anaerovorax (Ffigur 4). Ac eithrio Roseburia, ni effeithiwyd ar unrhyw un o'r genera uchod gan HSD mewn microbiota perfedd gwylltio, tra bod y genws Anaerovorax yn dangos tueddiad croes i un CLM (Ffigur 4).
Ffigur 2. Effaith HSD ar ffyla bacteriol o ficrobiota perfedd CLM (n=10/group) a llygod gwylltio (n=11 ar gyfer gwylltio Ctrl ac n=12 ar gyfer gwylltio HSD). Mae cyfanswm y cyfansoddiad o ran digonedd cymharol ffyla yn cael ei ddangos gan blot bar fesul unigolyn (brig) a bocsplot ar gyfer ffyla penodol (gwaelod); perfformiwyd cymariaethau ystadegol rhwng grwpiau gan Wilcoxon-test. * p Llai na neu'n hafal i 0.05; **p Llai na neu'n hafal i {{10}}.01; *** p Llai na neu'n hafal i 0.001; ****p Llai na neu'n hafal i 0.0001.
Ffigur 3. Effaith bwyta llawer o halen ar deuluoedd bacteriol CLM (n=10/group) a llygod gwylltio (n=11 ar gyfer gwylltio Ctrl ac n=12 ar gyfer gwylltio HSD). Cynrychiolir cyfanswm y cyfansoddiad ar lefel teulu gan blot bar ar gyfer pob unigolyn (ar ben) a blwch blwch ar gyfer teuluoedd penodol (gwaelod); perfformiwyd cymariaethau ystadegol rhwng grwpiau gan Wilcoxon-test. * p Llai na neu'n hafal i 0.05; **p Llai na neu'n hafal i {{10}}.01; *** p Llai na neu'n hafal i 0.001; ****p Llai na neu'n hafal i 0.0001.
Ffigur 4. Newidiadau mewn genera bacteriol mewn CLM (n=10/group) a llygod gwylltio (n=11 ar gyfer gwylltio Ctrl ac n=12 ar gyfer gwylltio HSD). Mae cyfraniad helaethrwydd cymharol cyffredinol ar lefel y genws yn cael ei blotio fel plot bar crwn i bob unigolyn (ar ben) a blwch blwch ar gyfer genera penodol (gwaelod); perfformiwyd cymariaethau ystadegol rhwng grwpiau gan Wilcoxon-test. * p Llai na neu'n hafal i 0.05; ** p Llai na neu'n hafal i 0.01; *** p Llai na neu'n hafal i 0.001; ****p Llai na neu'n hafal i 0.0001.
3.3. Mae HSD yn Effeithio ar Swyddogaethau Microbaidd Rhagfynegol mewn CLM ond nid mewn llygod gwyllt
Ni chanfu allbwn PICRUSt 2 unrhyw wahaniaeth arwyddocaol rhwng swyddogaethau microbaidd cymunedol gwylltio HSD a llygod gwylltio heb eu trin ar gyfer anodiadau llwybr Ortholeg KEGG a MetaCyc, gyda'r unig eithriad o swyddogaeth uwch a achosir gan HSD ar enyn recG ar gyfer hofrennydd ATP-ddibynnol o Ortholeg KEGG (Ffigur 5A). Nodweddwyd effaith HSD ar CLM gan ostyngiad sylweddol mewn swyddogaethau rhagfynegol ar gyfer Ortholeg KEGG, yn eu plith y genyn spp (swcros-6-phosphatase) a pfkA (phosphofructokinase 1), y ddau yn ymwneud â metabolaeth startsh a swcros, sy'n cyd-fynd gyda chanfyddiadau blaenorol [28] (Ffigur 5A). Yn ogystal, nodweddwyd microbiota perfedd CLM sy'n cael ei fwydo â HSD gan lai o swyddogaethau rhagfynegol gan enynnau sy'n ymwneud â chludo pilenni (feoB ar gyfer cludo haearn, protein permease AB 2P AB 2, protein rhwymo AB 2A AB 2 ATP), biosynthesis glutamine (glnA) , rheolydd trawsgrifio teulu LacI (lacI, galR) a transketolase (tktA, tktB) (Ffigur 5A). Ar gyfer llwybrau MetaCyc, cyfoethogodd HSD y microbiota perfedd CLM yn sylweddol o swyddogaethau rhagfynegol sy'n gysylltiedig â lleihau nitrad (llwybr dadnitreiddio), diraddio galactos (diraddio D-galactarad, llwybr super diraddio D-glwcarad a D-galactarad), diraddio ffenyl-propanoad, brasterog arbediad asid, diraddiad succinate i asid butanoic a diraddiad asid amino (diraddio amin aromatig, diraddio L-leucine) (Ffigur 5B). Ar ben hynny, yn unol â chanfyddiadau blaenorol [28], collodd microbiota perfedd HSD mewn CLM swyddogaethau rhagfynegol ar gyfer biosynthesis asid amino (llwybr super biosynthesis L-alanine, biosynthesis L-lysin), eplesu asid cymysg, gyda llofnod newydd ychwanegol wedi'i golli fel N- diraddiad asetylglucosamine/N-acetyl-mannosamine/N-acetylneuraminate a diraddiad deoxyribonwclosidau (diraddio pyrimidin a phurin, biosynthesis inosine5ffosffad III) (Ffigur 5B).
Ffigur 5. Parhad.
Ffigur 5. Effaith HSD ar swyddogaethau metagenomig rhagfynegol perfedd yn CLM (n=10/group) a gwylltio (n=11 ar gyfer gwylltio Ctrl ac n=12 ar gyfer gwylltio HSD) microbiota perfedd. Allbwn PICRUSt2 wedi'i blotio fel plot cuneiform ar gyfer anodi Ortholeg KEGG (A) a llwybrau MetaCyc (B) wedi'i fynegi fel cymhareb gymedrig log2 o'r ffwythiannau rhagfynegol yn cyfrif rhwng samplau HSD vs Ctrl. Perfformiwyd yr holl gymariaethau ystadegol rhwng grwpiau Ctrl vs HSD gan Wilcoxon-test.
4. Trafodaeth
Mae'n hysbys bod microbiota perfedd gwylltio cymhleth ac amrywiol yn fwy gwydn i rai modelau clefyd [51] a chyfundrefnau dietegol, megis cymeriant braster uchel [54,55]. Fodd bynnag, nid oes unrhyw astudiaeth flaenorol wedi gwerthuso effeithiau cymeriant sodiwm uchel ar ficrobiota coludd murine sy'n deillio o wyllt. Yma, fe wnaethom ymchwilio am y tro cyntaf i sut mae HSD yn effeithio ar ficrobiota perfedd gwyllt o'i gymharu â CLM. Yn ddiddorol, dangosodd ein canlyniadau, o'i gymharu â CLM, fod y microbiome gwylltio yn fwy ymwrthol i aflonyddwch HSD ar lefelau swyddogaethol cyfansoddiadol a rhagfynegol. Mae wedi'i hen sefydlu y gallai cymeriant halen uchel waethygu'r risg o glefydau amrywiol, megis clefydau cardiofasgwlaidd neu awtoimiwn, trwy newid cyfansoddiad microbiome'r perfedd a homeostasis imiwn [25,29,31,34,63-65]. Yn unol ag adroddiadau blaenorol, nodweddwyd sifftiau a achosir gan HSD mewn microbiota perfedd yn CLM gan newidiadau sylweddol mewn amrywiaeth microbaidd, cyfansoddiad, a swyddogaethau rhagfynegol [28]. Gostyngodd bacteria sy'n hybu iechyd fel y teulu Peptostreptococcaceae a genera Lactobacillus, Roseburia, a Tuzzerella o ran digonedd cymharol mewn CLM, tra cynyddodd Akkermansia yn sylweddol mewn grwpiau HSDfed. Fe wnaethom hefyd ganfod digonedd cymharol uwch o HSD yn Defluvitaleaceae, Enterorhabdus, a Parasutterella. Yn ddiddorol, mae'r genws Parasutterella yn elfen graidd o ficrobiota perfedd CLM a bodau dynol, lle mae'n ymddwyn fel asaccharolytig a chynhyrchydd succinate [66]. Mae'n hysbys bod Enterorhabdus o'r teulu Eggerthellaceae a Parasutterella o'r teulu Sutterellaceae wedi'u cyfoethogi mewn cleifion ag IBD [67,68], gan nodi ymhellach sut y gall HSD effeithio ar ddatblygiad afiechyd. Fodd bynnag, yn ddiddorol, ni ddangosodd llygod gwyllt endid tebyg o sifftiau microbaidd a achosir gan HSD, fel CLM. Er gwaethaf hyn, cynyddodd amrywiaeth gwyllt yn sylweddol ar HSD ar gyfer metrigau OTUs a Chao1 a arsylwyd, a dim ond ychydig o dacsa oedd yn ymwneud ag aflonyddwch HSD ar ficrobiota perfedd gwyllt, yn eu plith cynnydd o Anaerovorax, ynghyd â gostyngiad o Erysipelatoclostridium, Roseburia, a Lachnospiracae. Genws UCG-004. Roseburia oedd yr unig lofnod bacteriol a rennir yn gyffredin rhwng grwpiau HSD o'i gymharu â'r rheolaethau cyfatebol, er bod CLM sy'n cael ei fwydo gan HSD yn dal i gael ei nodweddu gan doreth uwch o'r bacteria hwn o'i gymharu â llygod gwyllt sy'n cael eu bwydo gan HSD. O bwys, dangoswyd bod gan facteria sy'n cynhyrchu butyrate fel Roseburia ddigonedd cymharol is mewn cleifion â colitis briwiol [69] a gwelwyd bod y gostyngiad hwn hefyd yn gysylltiedig â risg genetig IBD o bynciau dynol [70]. Mae hyn yn unol â chanfyddiadau blaenorol, lle canfuwyd bod newidiadau mewn genera bacteriol fel Roseburia neu Lactobacillus yn gysylltiedig â risg o orbwysedd, a hyrwyddwyd o bosibl gan ddiet y Gorllewin [71]. Mae cyfansoddiad bacteriol y perfedd hefyd yn gysylltiedig â symudoldeb perfedd a ffisioleg [72].
manteision cistanche ar gyfer dynion-cryfhau system imiwnedd
Mae'r genws Anaerovorax wedi'i arsylwi o'r blaen mewn llygod â ffisioleg coluddion annormal a symudedd llai [73]; fodd bynnag, gall cyfoethogi Anaerovorax mewn HSD ar gyfer llygod gwylltio arwain at rôl wahanol i'r tacsa hwn yng nghyd-destun homeostasis perfedd a swyddogaeth briodol. Yn unol â chanfyddiadau blaenorol, gwelsom gynnydd yn y genws Akkermansia yn y grŵp HSD o CLM [28], tra bod microbiota perfedd llygod gwyllt yn disbyddu o'r genws hwn, sydd hefyd yn gyson ag astudiaethau cynharach ar y model hwn [51, 53–55]. Er bod y genws Akkermansia yn probiotig posibl oherwydd ei effaith gadarnhaol ar wella proffiliau imiwnolegol a metabolaidd gwesteiwr (ee, mewn gordewdra a diabetes math 2) [42,74-77], mae rôl y genws hwn yn dal yn aneglur oherwydd ei negyddol. cydberthynas â chanlyniadau clinigol mewn canser colorectol [78], clefyd Parkinson [79,80] a chleifion sglerosis ymledol [81]. Yn gyson â'n canlyniadau blaenorol a gafwyd gyda llwybrau MetaCyc [28], dangosodd CLM ar HSD lai o swyddogaethau microbaidd rhagfynegol sy'n gysylltiedig â metaboledd startsh a swcros ar gyfer ortholeg KEGG. Fodd bynnag, methodd y mân newidiadau yng nghyfansoddiad bacteriol perfedd llygod gwyllt sy’n cael eu bwydo â HSD achosi unrhyw amrywiadau sylweddol mewn swyddogaethau bacteriol rhagfynegol, gan ddangos bod microbiota perfedd sy’n deillio o wylltineb a rhwydweithiau metabolaidd/ecolegol yn llawer mwy sefydlog ac y gallent addasu’n llawer haws i Amrywiadau dietegol a achosir gan HSD o gymharu ag ecosystemau perfedd CLM, sy'n haeddu ymchwiliad pellach. Mae'n werth sôn hefyd am ddylanwad posibl cymuned ffwngaidd y perfedd ar rwydwaith bacteriol y perfedd ar gyfundrefnau dietegol gwahaniaethol. Mae astudiaethau cynharach eisoes wedi awgrymu sut mae rhyngweithiadau posibl rhwng bacteria a ffyngau yn gysylltiedig â homeostasis system imiwnedd lletyol a datblygiad afiechyd [82-85]. Yn y cyd-destun hwn, mae CLM wedi'i gyfyngu ymhellach gan eu cymhlethdod bacteriol is o'i gymharu â llygod gwyllt, a allai rwystro sefydlu mycobiota perfedd amrywiol [54]. Bydd astudiaethau yn y dyfodol yn gallu pennu cyfraniad cymunedau ffwngaidd y perfedd mewn lleoliadau microbiota perfedd ac imiwnedd gwesteiwr trwy ddefnyddio'r model gwylltio. I grynhoi, mae ein hastudiaeth yn darparu data ar sut mae cymeriant sodiwm uchel yn effeithio ar ecosystem ficrobaidd perfedd naturiol sy'n deillio o'r perfedd o'i gymharu â chymuned bacteriol coludd domestig CLM. Dangosodd ein hastudiaeth nad yw HSD yn effeithio ar dacsa bacteriol a microbiota perfedd mewn llygod gwylltio yn yr un ffordd ag y mae ar gyfer microbiota perfedd domestig gan CLM. Mae'r gwahaniaeth hwn, fel y nodwyd yn flaenorol ar gyfer cyfundrefnau neu gyflyrau dietegol eraill fel dietau braster uchel [54,55], yn dangos bod angen ymchwil yn y dyfodol mewn systemau model murine naturiol i ailadrodd ac amcangyfrif effaith ymyriadau dietegol ar ecosystemau perfedd mwy cymhleth, fel mewn bodau dynol.
cistanche tubulosa-gwella system imiwnedd
Cyfeiriadau
1. Candela, M. ; Biagi, E. ; Turroni, S.; Maccaferri, A.S.; Figini, P.; Brigidi, P. Effeithlonrwydd deinamig y microbiota berfeddol dynol. Crit. Microbiol Parch. 2015, 41, 165–171. [CrossRef] [PubMed]
2. Candela, M.; Biagi, E. ; Maccaferri, A.S.; Turroni, S.; Brigidi, P. Mae microbiota berfeddol yn ffactor plastig sy'n ymateb i newidiadau amgylcheddol. Tueddiadau Microbiol. 2012, 20, 385–391. [CrossRef] [PubMed]
3. Boets, E. ; Gomand, SV; Deroover, L. ; Preston, T. ; Vermeulen, K.; De Preter, V. ; Hamer, HM; Van den Mooter, G.; De Vuyst, L.; Courtin, CM Argaeledd systemig a metaboledd asidau brasterog cadwyn fer sy'n deillio o golonig mewn pynciau iach: Astudiaeth isotop sefydlog. J. Physiol. 2017, 595, 541–555. [CrossRef] [PubMed] 4. Tan, J.; McKenzie, A.C.; Potamitis, M.; Thorburn, AN; Mackay, CR; Macia, L. Rôl asidau brasterog cadwyn fer mewn iechyd ac afiechyd. Adv. Imiwnol. 2014, 121, 91–119. [PubMed]
5. Kumar, J. ; Rani, K.; Datt, C. Cysylltiad moleciwlaidd rhwng ffibr dietegol, microbiota'r perfedd, ac iechyd. Mol. Biol. Sylw 2020, 47, 6229–6237. [CrossRef] [PubMed]
6. Bilota, AJ; Cong, Y. Rheoliad metabolyn microbiota perfedd amddiffynfeydd gwesteiwr ar arwynebau mwcosaidd: Goblygiad mewn meddygaeth fanwl. Manwl. Clin. Med. 2019, 2, 110–119. [CrossRef]
7. Rooks, MG; Garrett, microbiota perfedd WS, metabolion, ac imiwnedd gwesteiwr. Nat. Parch Immunol. 2016, 16, 341–352. [CrossRef]
8. Rodríguez, JM; Murphy, K.; Stanton, C.; Ross, RP; Kober, OI; Juge, N.; Avershina, E.; Rudi, K.; Narbad, A. ; Jenmalm, MC Cyfansoddiad microbiota'r perfedd gydol oes, gyda phwyslais ar fywyd cynnar. Microb. Ecol. Iechyd Dis. 2015, 26, 26050. [CrossRef]
9. Arrieta, M.-C.; Stiemsma, LT; Amenyogbe, N.; Brown, EM; Finlay, B. Y microbiome berfeddol mewn bywyd cynnar: Iechyd ac afiechyd. Blaen. Imiwnol. 2014, 5, 427. [CrossRef]
10. Chung, WSF; Walker, AW; Louis, P.; Parkhill, J. ; Vermeiren, J.; Bosscher, D.; Duncan, SH; Fflint, HJ Mae modiwleiddio microbiota'r perfedd dynol gan ffibrau dietegol yn digwydd ar lefel rhywogaeth. BMC Biol. 2016, 14, 3. [CrossRef]
11. Danneskiold-Samsøe, DS; Barros, HDdFQ; Santos, R.; Bicas, JL; Cazarin, CBB; Madsen, L.; Kristiansen, K.; Pastore, GM; Brix, S.; Júnior, MRM Cydadwaith rhwng bwyd a microbiota perfedd mewn iechyd ac afiechyd. Bwyd Res. Int. 2019, 115, 23–31. [CrossRef] 12. Scott, KP; Duncan, SH; Y Fflint, HJ Ffibr dietegol a microbiota'r perfedd. Nutr. Tarw. 2008, 33, 201–211. [CrossRef]
13. Donohoe, DR; Garge, N.; Zhang, X. ; Haul, W. ; O'Connell, TM; Bunger, MK; Bultman, SJ Mae'r microbiom a'r bwtyrad yn rheoleiddio metaboledd egni ac awtophagi yn y colon mamalaidd. Cell Metab. 2011, 13, 517–526. [CrossRef]
14. Gomaa, EZ Microbiota/microbiome perfedd dynol mewn iechyd a chlefydau: Adolygiad. Antonie Van Leeuwenhoek 2020, 113, 2019–2040. [CrossRef]
15. Requena, T.; Martínez-Cuesta, MC; Peláez, C. Deiet a microbiota yn gysylltiedig ag iechyd ac afiechyd. Swyddogaeth Bwyd. 2018, 9, 688–704. [CrossRef] [PubMed]
16. Ericsson, AC; Franklin, CL Microbiome perfedd llygod labordy: Ystyriaethau ac arferion gorau ar gyfer ymchwil trosiadol. Mamm. Genom 2021, 32, 239–250. [CrossRef] [PubMed]
17. Beresford-Jones, BS; Forster, SC; Stares, MD; Notley, G.; Viciani, E.; Browne, HP; Boehmler, DJ; Soderholm, AT; Kumar, N.; Vervier, K. Mae'r Catalog Bacteria Gastroberfeddol Llygoden yn galluogi cyfieithu rhwng y llygoden a microbiotas perfedd dynol trwy fapio swyddogaethol. Microb Host Cell 2022, 30, 124–138.e8. [CrossRef]
18. Fava, F. ; Rizzetto, L.; Tuohy, K. microbiota perfedd ac iechyd: Cysylltu actorion ar draws y system metabolig. Proc. Nutr. Soc. 2019, 78, 177–188. [CrossRef]
19. Dafydd, ALl; Materna, AC; Friedman, J.; Campos-Baptista, MI; Blackburn, MC; Perrotta, A. ; Erdman, De-ddwyrain; Mae ffordd o fyw Alm, EJ Host yn effeithio ar ficrobiota dynol ar amserlenni dyddiol. Genom Biol. 2014, 15, R89. [CrossRef]
20. Tanaka, M.; Nakayama, J. Datblygiad microbiota'r perfedd mewn babandod a'i effaith ar iechyd yn ddiweddarach mewn bywyd. Alergol. Int. 2017, 66, 515–522. [CrossRef]
21. Dafydd, Ll.A.; Maurice, CF; Carmody, RN; Gootenberg, DB; Botwm, JE; Wolfe, BE; Ling, AV; Devlin, AS; Varma, Y.; Fischbach, MA Mae diet yn newid microbiome'r perfedd dynol yn gyflym ac yn atgynhyrchadwy. Natur 2014, 505, 559–563. [CrossRef] [PubMed]
22. García-Montero, C.; Fraile-Martínez, O.; Gómez-Lahoz, AC; Pekarek, L.; Castellanos, AJ; Noguerales-Fraguas, F.; Coca, S.; Guijarro, LG; García-Honduvilla, N.; Asúnsolo, A. Cydrannau maethol yn neiet y Gorllewin yn erbyn diet Môr y Canoldir yn y cydadwaith system imiwnedd microbiota-perfedd. Goblygiadau i iechyd ac afiechyd. Maetholion 2021, 13, 699. [CrossRef] [PubMed]
23. Soverini, M. ; Rampelli, S.; Turroni, S.; Schnorr, SL; Quercia, S.; Castagnetti, A. ; Biagi, E. ; Brigidi, P.; Candela, M. Amrywiadau ym mhroffil metagenome coludd dynol ôl-ddiddyfnu o ganlyniad i gaffael Bifidobacterium yn y microbiome gorllewinol. Blaen. Microbiol. 2016, 7, 1058. [CrossRef] [PubMed]
24. Manzel, A. ; Muller, DN; Hafler, DA; Erdman, De-ddwyrain; Linker, RA; Kleinewietfeld, M. Rôl "diet gorllewinol" mewn clefydau awtoimiwn llidiol. Curr. Cynrychiolydd Alergedd Asthma 2014, 14, 404. [CrossRef] [PubMed]
25. Kleinewietfeld, M.; Manzel, A. ; Titze, J.; Kvakan, H.; Yosef, N. ; Linker, RA; Muller, DN; Hafler, DA Mae sodiwm clorid yn gyrru clefyd hunanimiwn trwy sefydlu celloedd pathogenig TH17. Natur 2013, 496, 518–522. [CrossRef] [PubMed]
26. Haase, S.; Wilck, N.; Kleinewietfeld, M.; Müller, DN; Linker, RA Mae sodiwm clorid yn sbarduno hunanimiwnedd cyfryngol Th17. J. Neuroimmunol. 2019, 329, 9–13. [CrossRef] [PubMed]
27. Hernandez, AL; Kitz, A. ; Wu, C. ; Lowther, DE; Rodriguez, DM; Vudatu, N.; Deng, S.; Herold, KC; Kuchroo, VK; Kleinewietfeld, M. Mae sodiwm clorid yn atal swyddogaeth ataliol celloedd T rheoleiddiol FOXP3+. J. Clin. Ymchwilio. 2015, 125, 4212–4222. [CrossRef]
28. Hamad, I. ; Cardilli, A. ; Corte-Real, BF; Dyczko, A.; Vangronsveld, J.; Kleinewietfeld, M. Deiet Halen Uchel yn Cymell Dihysbyddiad Bacteria sy'n Cynhyrchu Asid Lactig mewn Perfedd Murine. Maetholion 2022, 14, 1171. [CrossRef]
29. Wilck, N.; Matus, MG; Kearney, SM; Olesen, De-orllewin; Forslund, K. ; Bartolomaeus, H.; Haase, S.; Mähler, A. ; Balogh, A. ; Markó, L. Mae cymesuredd perfedd sy'n ymateb i halen yn modylu echelin TH 17 a chlefyd. Natur 2017, 551, 585–589. [CrossRef]
30. Wei, Y. ; Lu, C. ; Chen, J.; Cui, G. ; Wang, L.; Yu, T.; Yang, Y.; Wu, W. ; Ding, Y. ; Li, L. Mae diet halen uchel yn ysgogi ymateb Th17 perfedd ac yn gwaethygu colitis a achosir gan TNBS mewn llygod. Oncotarget 2017, 8, 70. [CrossRef]
31. Ef, FJ; Li, J. ; MacGregor, GA Effaith gostyngiad cymedrol mewn halen yn y tymor hwy ar bwysedd gwaed. System Cronfa Ddata Cochrane. Parch 2013, 346, f1325. [CrossRef] [PubMed]
32. Hu, L. ; Zhu, S.; Peng, X. ; Li, K. ; Peng, W. ; Zhong, Y.; Kang, C. ; Cao, X. ; Liu, Z. ; Zhao, B. Mae halen uchel yn achosi llid yr ymennydd a chamweithrediad gwybyddol, ynghyd â newidiadau ym microbiota'r perfedd a llai o gynhyrchu SCFA. J. Alzheimer's Dis. 2020, 77, 629–640. [CrossRef]
33. Tubbs, AL; Liu, B. ; Rogers, TD; Sartor, RB; Miao, EA Mae halen dietegol yn gwaethygu colitis arbrofol. J. Immunol. 2017, 199, 1051–1059. [CrossRef]
34. Muller, DN; Wilck, N.; Haase, S.; Kleinewietfeld, M.; Linker, RA Mae sodiwm yn y microamgylchedd yn rheoleiddio ymatebion imiwn a homeostasis meinwe. Nat. Parch Immunol. 2019, 19, 243–254. [CrossRef] [PubMed]
35. Burr, AH; Bhattacharjee, A.; Llaw, TW Modiwleiddio maethol o'r microbiome ac ymateb imiwn. J. Immunol. 2020, 205, 1479–1487. [CrossRef] [PubMed]
36. Roca-Saavedra, P.; Mendez-Vilabrille, V.; Miranda, JM; Nebot, C. ; Cardelle-Cobas, A.; Franco, CM; Cepeda, A. Ychwanegion bwyd, halogion, a mân gydrannau eraill: Effeithiau ar ficrobiota perfedd dynol - Adolygiad. J. Physiol. Biocemeg. 2018, 74, 69–83. [CrossRef]
37. Côrte-Real, BF; Hamad, I. ; Hornero, RA; Geisberger, A.S.; Roels, J.; Van Zeebroeck, L.; Dyczko, A.; van Gisbergen, MW; Kurniawan, H.; Wagner, A. Mae sodiwm yn amharu ar resbiradaeth mitocondriaidd ac yn achosi Tregs camweithredol. Cell Metab. 2023, 35, 299–315.e298. [CrossRef] [PubMed]
38. Zagato, E. ; Pozzi, C. ; Bertocchi, A.; Schioppa, T.; Saccheri, F.; Guglietta, A.S.; Fosso, B. ; Melocchi, L.; Nizzoli, G.; Troisi, J. Mewndarddol murine microbiota aelod Faecalibaculum rodentium a'i homolog dynol amddiffyn rhag tyfiant tiwmor berfeddol. Nat. Microbiol. 2020, 5, 511–524. [CrossRef] [PubMed]
39. Mao, G. ; Li, S.; Orfila, C. ; Shen, X. ; Zhou, S.; Linhardt, RJ; Ye, X.; Chen, S. Depolymerized RG-I-gyfoethogi pectin o pilenni segment sitrws modiwleiddio microbiota perfedd, cynyddu cynhyrchu SCFA, ac yn hyrwyddo twf Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp. a Faecalibaculum spp. Swyddogaeth Bwyd. 2019, 10, 7828–7843. [CrossRef]
40. Miranda, PM; De Palma, G.; Serkis, V. ; Lu, J. ; Louis-Auguste, AS; McCarville, JL; Verdu, EF; Collins, SM; Bercik, P. Mae diet halen uchel yn gwaethygu colitis mewn llygod trwy ostwng lefelau Lactobacillus a chynhyrchiad butyrate. Microbiome 2018, 6, 57. [CrossRef]
41. Chen, L. ; Ef, FJ; Dong, Y.; Huang, Y.; Wang, C. ; Harshfield, GA; Zhu, H. Gostyngiad sodiwm cymedrol yn cynyddu cylchredeg asidau brasterog cadwyn fer mewn gorbwysedd gwaed uchel heb ei drin: Treial ar hap, dwbl-ddall, a reolir gan blasebo. Gorbwysedd 2020, 76, 73–79. [CrossRef] [PubMed]
42. Lukovac, A.S.; Belzer, C. ; Pellis, L. ; Keijser, BJ; de Vos, WM; Montijn, RC; Roeselers, G. Modiwleiddio gwahaniaethol gan Akkermansia muciniphila a Faecalibacterium prausnitzii o fetaboledd lipid ymylol lletyol ac asetyleiddiad histone mewn organoidau perfedd llygoden. MBio 2014, 5, e01438-14. [CrossRef] [PubMed]
43. Dao, MC; Everard, A. ; Aron-Wisnewsky, J.; Sokolovska, N.; Prifti, E. ; Verger, EO; Kayser, BD; Levenez, F.; Chilloux, J. ; Hoyles, L. Akkermansia mucinophila a gwell iechyd metabolig yn ystod ymyriad dietegol mewn gordewdra: Perthynas â chyfoeth microbiome perfedd ac ecoleg. Perfedd 2016, 65, 426–436. [CrossRef] [PubMed]
44. Llewellyn, SR; Britton, GJ; Contijoch, EJ; Vennaro, OH; Mortha, A. ; Colombel, J.-F.; Grinspan, A. ; Clemente, JC; Merad, M.; Ffydd, JJ Mae rhyngweithiadau rhwng diet a'r microbiota berfeddol yn newid athreiddedd berfeddol a difrifoldeb colitis mewn llygod. Gastroenteroleg 2018, 154, 1037–1046.e1032. [CrossRef]
45. Berber, K. ; Gerdes, ALl; Cekanaviciute, E.; Jia, X. ; Xiao, L.; Xia, Z. ; Liu, C. ; Klotz, L.; Stauffer, U. ; Baranzini, SE microbiota perfedd o gleifion sglerosis ymledol yn galluogi enseffalomyelitis hunanimiwn digymell mewn llygod. Proc. Natl. Acad. Sci. UDA 2017, 114, 10719–10724. [CrossRef]
46. Sanchez, JMS; DePaula-Silva, AB; Libbey, JE; Fujinami, RS Rôl diet wrth reoleiddio microbiota'r perfedd a sglerosis ymledol. Clin. Imiwnol. 2022, 235, 108379. [CrossRef]
47. Mak, IW; Evaniew, N.; Ghert, M. Ar goll mewn cyfieithiad: Modelau anifeiliaid a threialon clinigol mewn triniaeth canser. Yn. J. Cyfieithiad. Res. 2014, 6, 114.
48. Payne, KJ; Crooks, GM Ymrwymiad i linach celloedd imiwnedd: Cyfieithu o lygod i fodau dynol. Imiwnedd 2007, 26, 674–677. [CrossRef]
49. Seok, J. ; Warren, HS; Cuenca, AG; Mindrinos, MN; Pobydd, HV; Xu, W. ; Richards, DR; McDonald-Smith, Meddyg Teulu; Gao, H.; Hennessy, L. Mae ymatebion genomig mewn modelau llygoden yn dynwared afiechydon llidiol dynol yn wael. Proc. Natl. Acad. Sci. UDA 2013, 110, 3507–3512. [CrossRef] [PubMed]
50. Nguyen, TLA; Vieira-Silva, S.; Liston, A. ; Raes, J. Pa mor addysgiadol yw'r llygoden ar gyfer ymchwil i ficrobiota perfedd dynol? Dis. Model. Mech. 2015, 8, 1–16. [CrossRef]
51. Rosshart, SP; Vassallo, BG; Angeletti, D.; Hutchinson, DS; Morgan, AP; Takeda, K. ; Hickman, HD; McCulloch, JA; Moch Daear, JH; Ajami, NJ Mae microbiota perfedd llygoden gwyllt yn hyrwyddo ffitrwydd gwesteiwr ac yn gwella ymwrthedd i glefydau. Cell 2017, 171, 1015–1028.e1013. [CrossRef] [PubMed]
52. Suzuki, TA; Phifer-Rixey, M.A.; Mack, KL; Sheehan, MJ; Lin, D.; Bi, K. ; Nachman, MW Host penderfynyddion genetig microbiota perfedd llygod gwyllt. Mol. Ecol. 2019, 28, 3197–3207. [CrossRef] [PubMed]
53. Maurice, CF; CL Knowles, S.; Ladau, J. ; Pollard, KS; Fenton, A.; Pedersen, AB; Turnbaugh, PJ Amrywiad tymhorol amlwg ym microbiota perfedd y llygoden wyllt. ISME J. 2015, 9, 2423–2434. [CrossRef] [PubMed]
54. Rosshart, SP; Herz, J.; Vassallo, BG; Hunter, A.; Wal, MK; Moch Daear, JH; McCulloch, JA; Anastasia, DG; Sarshad, AA; Leonardi, I. Mae gan lygod labordy a aned i lygod gwyllt ficrobiota naturiol ac maent yn modelu ymatebion imiwn dynol. Gwyddoniaeth 2019, 365, eaaw4361. [CrossRef] [PubMed]
55. Hild, B. ; Dreier, Llsgr; O, JH; McCulloch, JA; Moch Daear, JH; Guo, J. ; Thefaine, CE; Umarova, R.; Hall, KD; Gavrilova, O. Mae amlygiad newyddenedigol i ficrobiome sy'n deillio o wyllt yn amddiffyn llygod rhag gordewdra a achosir gan ddeiet. Nat. Metab. 2021, 3, 1042–1057. [CrossRef] [PubMed]
56. Caporaso, JG; Lauber, CL; Walters, WA; Berg- Lyons, D.; Lozupon, CA; Turnbaugh, PJ; Fierer, N.; Knight, R. Patrymau byd-eang o amrywiaeth rRNA 16S ar ddyfnder o filiynau o ddilyniannau fesul sampl. Proc. Natl. Acad. Sci. UDA 2011, 108, 4516–4522. [CrossRef] [PubMed]
57. Bolyen, E. ; Rideout, JR; Dillon, MR; Bokulich, NA; Abnet, CC; Al-Ghalith, GA; Alexander, H.; Alm, EJ; Arumugam, M.A.; Asnicar, F. Gwyddor data microbiome atgynhyrchadwy, rhyngweithiol, graddadwy ac estynadwy gan ddefnyddio QIIME 2. Nat. Biotechnol. 2019, 37, 852–857. [CrossRef]
58. Callahan, BJ; McMurdie, PJ; Rosen, MJ; Han, AW; Johnson, AJA; Holmes, SP DADA2: Casgliad sampl cydraniad uchel o ddata amplicon Illumina. Nat. Dulliau 2016, 13, 581–583. [CrossRef]
59. Lozupone, C. ; Lladser, ME; Marchogion, D.; Stombaugh, J. ; Knight, R. UniFrac: Mesur pellter effeithiol ar gyfer cymhariaeth gymunedol microbaidd. ISME J. 2011, 5, 169–172. [CrossRef]
60. Oksanen, J. ; Simpson, G. ; Blanchet, F. ; Kindt, R. ; Legendre, P.; Minchin, P.; O'Hara, R.; Solymos, P.; Stevens, M.A.; Szoecs, E.; et al. Fegan: Pecyn Ecoleg Cymunedol. Fersiwn 2.6-4. 11 Hydref 2022. Ar gael ar-lein: https://CRAN.R-project.org/package= fegan (cyrchwyd ar 26 Tachwedd 2022).
61. Segata, N. ; Izard, J. ; Waldron, L.; Gevers, D.; Miropolsky, L.; Garrett, WS; Huttenhower, C. Darganfod biofarciwr metagenomig ac esboniad. Genom Biol. 2011, 12, R60. [CrossRef]
62. Douglas, GM; Maffei, VJ; Zaneveld, JR; Yurgel, SN; Brown, JR; Taylor, CM; Huttenhower, C.; Langille, MG PICRUSt2 ar gyfer rhagfynegi ffwythiannau metagenom. Nat. Biotechnol. 2020, 38, 685–688. [CrossRef]
63. Neal, B. ; Wu, Y. ; Feng, X. ; Zhang, R.; Zhang, Y.; Shi, J.; Zhang, J.; Tian, M.; Huang, L.; Li, Z. Effaith amnewid halen ar ddigwyddiadau cardiofasgwlaidd a marwolaeth. N. Saesneg. J. Med. 2021, 385, 1067–1077. [CrossRef]
64. Arroyo Hornero, R.; Hamad, I. ; Côrte-Real, B.; Kleinewietfeld, M. Effaith cydrannau dietegol ar gelloedd T rheoleiddiol ac afiechyd. Blaen. Imiwnol. 2020, 11, 253. [CrossRef] [PubMed]
65. Wu, GD; Chen, J.; Hoffmann, C.; Bittinger, K. ; Chen, YY; Keilbaugh, SA; Bewtra, M. ; Marchogion, D.; Walters, WA; Marchog, R. ; et al. Cysylltu patrymau dietegol hirdymor ag enteroteipiau microbaidd y perfedd. Gwyddoniaeth 2011, 334, 105–108. [CrossRef] [PubMed]
66. Ju, T. ; Kong, JY; Stothard, P. ; Yn fodlon, BP Diffinio rôl Parasutterella, aelod annodweddiadol o'r microbiota perfedd craidd yn flaenorol. ISME J. 2019, 13, 1520–1534. [CrossRef] [PubMed]