Mecanweithiau Effeithiau tebyg i estrogen Cistanche Deserticola Glycosidau: Mewnwelediadau o ffarmacoleg rhwydwaith a thrawsgrifiadomeg

3. Canlyniadau Arbrofol

3.1 Canlyniadau dadansoddiad ffarmacoleg rhwydwaith

3.1.1 Dadansoddiad rhwydwaith o effeithiau tebyg i estrogen cydrannau gweithredol GCS

Dadansoddwyd cyfanswm o 40 cyfansoddyn mewn GC (Tabl 1) gan ddefnyddio'rTcmsp, SYMPAP, ETCM, Bwytha ’, aQsarcronfeydd data. Ar ôl cael gwared ar ddyblygiadau, casglwyd 183 o dargedau. O'rGenecardiauaOmimDefnyddiwyd cronfeydd data, "diffyg estrogen" neu "lefelau estrogen isel" fel geiriau allweddol i adfer targedau sy'n gysylltiedig â chlefydau. Arweiniodd cyfuno'r targedau o'r ddwy ffynonellau a chael gwared ar ddyblygiadau at 1,712 o dargedau afiechydon.

NisgrifiCytoscape v3.9.1, delweddwyd rhwydwaith "cyfansawdd - targed" (CT) (Ffigur 1). Roedd y rhwydwaith yn cynnwys 223 o nodau: 40 nod yn cynrychioli cydrannau gweithredol GCs a 183 nod yn cynrychioli'r targedau, wedi'u cysylltu gan 253 o ymylon. Gan ddefnyddio platfform ar-lein Diagram Venn, esgorodd croestoriad y 40 genyn targed penodol i GC a genynnau targed tebyg i estrogen 72 o enynnau targed "tebyg i GCS-estrogen" sy'n gorgyffwrdd (Ffigur 2).

 

Atchwanegiadau cistanche ar gyfer camweithrediad rhywiol gwrywaidd

Whatsapp ni am ragor o fanylion

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 Sgrinio Targedau Craidd a Dadansoddiad Rhwydwaith PPI

Dadansoddwyd paramedrau topolegol y rhwydwaith (gradd, canologrwydd rhwng, a chanologrwydd agosrwydd). Defnyddiwyd gwerthoedd canolrif y paramedrau hyn fel trothwyon. Dewiswyd y targedau sy'n cwrdd â'r tri maen prawf trothwy fel targedau craidd ar gyfer effeithiau tebyg i estrogen GC. Nodwyd cyfanswm o 24 targed craidd. NisgrifiCytoscape v3.9.1, delweddwyd rhwydwaith "cyfansawdd - targed craidd - tebyg i estrogen" (Ffigur 3). Yn ogystal, adeiladwyd rhwydwaith PPI o'r targedau craidd (Ffigur 4).

 

3.1.3 GO Dadansoddiad Cyfoethogi Llwybr Swyddogaethol a KEGG

O'r dadansoddiad swyddogaethol GO, nodwyd 35 o gofnodion arwyddocaol. Yn seiliedig ar werthoedd-p wedi'u cywiro, dewiswyd yr 20 llwybr uchaf (Ffigur 6). Roedd y rhain yn cynnwys swyddogaethau moleciwlaidd yn bennaf fel rhwymo derbynnydd cytocin, rhwymo derbynnydd estrogen, rhwymo derbynnydd ffactor twf, a gweithgaredd derbynnydd niwclear.

Nododd dadansoddiad cyfoethogi llwybr KEGG 83 o lwybrau signalau sylweddol. Delweddwyd yr 20 llwybr uchaf, wedi'u graddio gan werthoedd p wedi'u cywiro (Ffigur 7). Roedd llwybrau allweddol sy'n gysylltiedig ag estrogen yn cynnwys:

Llwybr Signalau Ffactor Necrosis Tiwmor (TNF)

Interleukin -17 (il -17) llwybr signalau

Ffactor Hypoxia-Inducible -1 (Hif -1) Llwybr Signalau

Llwybr signalau estrogen

Mae'r llwybrau hyn yn chwarae rolau hanfodol yn effeithiau tebyg i estrogen GC.

3.2 Integreiddio â data trawsgrifiadomig

3.2.1 Dadansoddiad cydberthynas rhwng targedau a ragwelir a data trawsgrifiadomig

Gan ddefnyddio'rHGNCCronfa ddata, troswyd y 24 genyn targed craidd a ragfynegwyd gan ffarmacoleg rhwydwaith yn enynnau llygod mawr homologaidd, gan arwain at 31 genyn. Ar ôl tynnu dyblygu, arhosodd 29 genyn. Trwy gymharu â data trawsgrifiadomig, pob un o'r 29 targed craidd (ac eithrioMcl1aGCG) yn dangos newidiadau mynegiant genynnau. Dangosir y canlyniadau yn Nhabl 2.

3.2.2 Dadansoddiad Cydberthynas rhwng Llwybrau KEGG o Ffarmacoleg Rhwydwaith a Thrawsgrifiadomeg

Ar ôl trosi'r genynnau targed craidd yn enynnau llygod mawr homologaidd, cynhaliwyd dadansoddiad cyfoethogi llwybr KEGG. Nodwyd cyfanswm o lwybr 1 0 8 (gyda padjust <0. 05) ar gyfer y genynnau targed craidd. Nododd dadansoddiad cyfoethogi KEGG o ddata dilyniannu trawsgrifiadomig 107 o lwybrau (gyda padjust <0.05). Dangosir canlyniadau'r dadansoddiad cydberthynas rhwng ffarmacoleg rhwydwaith a thrawsgrifiadomeg yn Ffigur 8.

Roedd 68 o lwybrau gorgyffwrdd, gan gynnwys:

Llwybr signalau estrogen

llwybr signalau gwersyll

Llwybr signalau tnf

Roedd y llwybrau sy'n gorgyffwrdd yn cyfrif am fwy na 60% o gyfanswm y llwybrau.