Amrywiad Fframiau Newydd yn y Genyn PCNT sy'n Gysylltiedig â Chorrach Primordial Osteodysplastig Microseffalaidd (MOPD) Math II Ac Arennau Bach

Haniaethol

Cefndir:Cyflwr enciliol awtosomaidd sy'n cwmpasu grŵp heterogenaidd o anhwylderau sy'n cael eu nodweddu gan Dwarfsm Osteodysplastig Microseffalaidd (MOPD) yw Math II.arafiad twf cymesuryn arwain at gorrachedd, microseffali, ac ystod o gymhlethdodau meddygol lluosog gan gynnwysafiechydon niwrofasgwlaidd. Amrywiadau pathogenig bialeligyn y genyn pericentrin (PCNT) wedi'u cysylltu â'i pathogenesis.

Cyflwyniad achos:Fe wnaethom berfformio dilyniannu exome cyfan i ganfod diagnosis bachgen 2 oed a 6 mis oed a gyflwynodd fethiant difrifol i ffynnu, microseffali, a ystumiad wyneb yn awgrymu MOPD Math II a oedd yn cynnwys nodweddion megisretrognathia, clustiau bach,gwreiddyn trwynol amlwg gyda thrwyn mawr, microdontia, gwallt tenau croen y pen, dwyochrog pumed bys clinodactyly. Roedd ganddo ddiffyg septwm atrïaidd ostium secundum bach ac arennau bach dwyochrog. Cadarnhawyd Math II Osteodysplastig Microseffalaidd Corrach Primordial Osteodysplastig (MOPD) yn seiliedig ar amrywiad ffrâm shifft heterosygaidd cyfansawdd pathogenig yn y genyn PCNT c.5059_5060delAA|p. Asn1687fs (amrywiad nofel) a c.9535dup (t. Val3179fs). Canfuwyd bod ei rieni yn gludwyr heterosygaidd ar gyfer yr amrywiadau.

Casgliad:Rydym yn adrodd ar amrywiad ffrâmshift newydd yn y genyn PCNT a ffenoteip nas adroddwyd o'r blaen ar gyfer Corachedd Primordial Microcephalic Osteodysplastic (MOPD) Math II

CISTANCHE EXTRACT WITH 25% ECHINACOSIDE AND 9% ACTEOSIDE FOR KIDNEY

Cefndir

Mae Microcephalic Osteodysplastic Primordial Dwarfsm (MOPD) Math II (OMIM #210720) yn grŵp clinigol heterogenaidd a nodweddir gan arafwch twf cyn ac ar ôl geni ynghyd â microseffali. Disgrifiwyd y cyflwr hwn gyntaf yn 1982 gan Majewski Ranke, a Schinzel [1]. Fe'i disgrifir o dan ymbarél corrach Primordial (PD) sy'n cynnwys nifer o isdeipiau: syndrom Seckel, syndrom Russell Silver, syndrom Meier-Gorlin, a Majewski Osteodysplastic Dwarfsm Primordial (MOPD) I/III a III. Ar hyn o bryd, gwyddys mai MOPD Math II yw'r isdeip mwyaf cyffredin. Mae'n cael ei etifeddu fel anhwylder enciliol awtosomaidd a achosir gan fwtaniadau colli swyddogaeth bialelig yn y genyn pericentrin (PCNT) [2, 3]. Mae gan unigolion sy'n dioddef o'r cyflwr hwn wynebau nodweddiadol sy'n cynnwys trwyn amlwg a nodweddion anghymesur, dysplasia ysgerbydol, tyfiant diffygiol yn parhau trwy gydol y cyfnod ôl-enedigol gan gyrraedd maint crebachlyd oedolyn (uchder cyfartalog o 40 cm ar ôl y glasoed ac uchder oedolyn o lai na 100 cm ), deintiad annormal a gwrthiant inswlin [4, 5]. Mae gofal y cleifion hyn bellach wedi symud ymlaen oherwydd hygyrchedd cynyddol technolegau dilyniannu trwybwn uchel megis Dilyniannu'r Genhedlaeth Nesaf. Gellir cymryd ymagwedd fwy rhagweithiol i fynd i'r afael â'u hamlygiadau orthopedig, ymwrthedd inswlin, annormaleddau hematolegol, a thueddiad i glefydau niwrofasgwlaidd gan gynnwys gorbwysedd systemig a chymhlethdodau arennol. Felly, dylid eu hannog i gael eu sgrinio'n rheolaidd i atal clefyd serebro-fasgwlaidd a monitro twf [2, 6]. Er bod MOPD Math II yn gysylltiedig â meintiau ymennydd llai na'r cyfartaledd, mae eu IQ bron yn normal [7]. Mae'r genyn pericentrin (PCNT) sydd wedi'i leoli ar gromosom 21q22.3 yn gysylltiedig â ffurfio gwerthyd mitotig a gwahanu cromosomaidd [8]. Mae'r protein pericentrin (~370 kD), sydd wedi'i amgodio gan y genyn hwn, yn brotein angori sy'n clymu i calmodulin a fynegir mewn centrosomau. Yn ogystal, mae'n rheolydd cylchred celloedd. Mae'r protein yn cynnwys cyfres o barthau torchog sydd wedi'u cadw'n helaeth. Hyd yn hyn adroddir am 41 o amrywiadau pathogenig a 3 amrywiad pathogenig tebygol yn Clinvar [9]. Yn yr astudiaeth hon, rydym yn disgrifio amrywiad heterosygaidd cyfansawdd newydd mewn genyn PCNT c.9535dup (t. Val3179fs), c.5059_5060delAA (t. Asn1687fs) sy'n arwain at ffenoteip newydd mewn baban o darddiad Sri Lankan.

Cyflwyniad achos

Dyn 2 flwydd a 6 mis oed yw'r proband. Ef yw'r unig blentyn i rieni anghydsyniol iach o darddiad Sri Lankan. Cafodd ei eni pan oedd ei fam yn 24 oed, yn 35 wythnos o feichiogrwydd trwy doriad cesaraidd segment is brys oherwydd oligohydramnios difrifol a chyfyngiad twf ffetws amlwg. Nid oedd unrhyw hanes o waedu cyn geni, arafiadau ffetws, nac unrhyw gamesgoriadau cyn y beichiogrwydd hwn. Ei sgoriau Apgar ar 1 munud a 5 munud oedd 8 ac 10 yn y drefn honno. Ar enedigaeth, roedd ei baramedrau anthropometrig fel a ganlyn; pwysau geni - 1080 g, hyd geni - 30 cm, a chylchedd blaen yr wythïen - 24 cm. Roedd yr holl baramedrau ymhell islaw—3SD yn siartiau twf safonol Sefydliad Iechyd y Byd. Derbyniwyd ef i'r Uned Gofal Arbennig Babanod yn ystod wythnos 1af ei fywyd oherwydd pwysau geni isel iawn. O enedigaeth i 6 mis, roedd wedi cael ei werthuso'n helaeth ar gyfer ennill pwysau gwael. Roedd yr holl ymchwiliadau biocemegol a gofnodwyd o fewn yr ystod arferol. Fodd bynnag, ni chynhaliwyd asesiadau endocrin yn ymwneud â thwf oherwydd cyfyngiadau ariannol. Dangosir ei baramedrau twf presennol yn Ffig. 1A–C sydd hefyd yn is—3SD. Arhosodd ei gerrig milltir datblygiadol yn briodol i'w hoedran ers ei eni ac nid oes unrhyw symptomau'n awgrymu unrhyw anoddefiadau bwyd, syndromau metabolig neu ddiffyg amsugno. Er gwaethaf y cymeriant calorïau gorau posibl, mae ei gyflymder twf yn gyson. Wrth archwilio, nodwyd y dysmorphisms canlynol retrognathia, clustiau bach, gwreiddyn trwynol amlwg gyda thrwyn mawr, microdontia, a gwallt tenau croen y pen (Ffig. 2A, B). Mae ganddo hefyd lais tra uchel nodweddiadol. Nodwyd clytiau hypobig yn yr aelodau uchaf, ond nid oeddent yn dilyn llinellau Blaschko. Datgelodd archwiliad braich dwyochrog bumed bys clinodactyly. Yn ystod sgrinio systemau eraill, datgelodd ecocardiograffeg ddiffyg septwm atrïaidd ostium secundum bach. Datgelodd sgan uwchsain o'r abdomen fod gan y proband arennau a oedd yn gweithredu'n arferol yn llawer llai. Roedd ei arennau dde a chwith yn mesur 4.5 cm a 3.8 cm yn y drefn honno. Yr amrediad arferol yw 7.1 (6.8-7.4) cm ar gyfer yr aren dde a 7.0 (6.7-7.2) cm ar gyfer yr aren chwith [9]. Felly, mae aren y proband yn is na'r canradd 1af ar gyfer hyd yr aren mewn cm yn ôl oedran. Roedd y graff radio clun yn dangos pelfis cul wedi'i ffurfio'n wael gydag acetabulum braster.

CISTANCHE EXTRACT WITH 25% ECHINACOSIDE AND 9% ACTEOSIDE FOR KIDNEY

Dilyniant exome cyfan a dadansoddi biowybodeg

Cyn perfformio Dilyniannu Exome Cyfan cawsom ganiatâd gwybodus ysgrifenedig gan rieni'r proband o dan brotocol a gymeradwywyd gan Bwyllgor Adolygu Moeseg y Gyfadran Meddygaeth Prifysgol Colombo. Echdynnu'r DNA genomig o'r leukocytes gwaed gan ddefnyddio Pecyn Bach DNA QIAamp yn unol â phrotocol y gwneuthurwr. Defnyddiwyd pecyn Sure SelectXT® Human(Mouse) Exon V6 5190-886 yn Illumina® NovaSeq® 6000 Next Generation Sequencer ar gyfer Dilyniannu Exome Cyfan. Defnyddiwyd piblinell biowybodeg fewnol i ddadansoddi'r data a gynhyrchwyd. Perfformiwyd alinio'r data dilyniant pen pâr â genom cyfeirio dynol GrCh37 a galw amrywiad gan ddefnyddio algorithm BWA-mem a Phecyn Offer Dadansoddi Genom (GATK). Perfformiwyd anodi'r ffeil fformat galw amrywiadau a gynhyrchwyd gan ddefnyddio SNP-ef gyda chymorth cronfeydd data Refseq, clinigol ac amlder poblogaeth. Defnyddiwyd deg panel genynnau rhithwir yn cynnwys genynnau y gwyddys eu bod yn achosi dysplasia ysgerbydol (Tabl 1) i hidlo'r amrywiadau sy'n berthnasol i ffenoteip y proband. Yn ôl canllawiau safonol ACMG (https://www.acgs.uk.com/media/ 11631/uk-practice-guidelines-for-variant-classifcation v4-01-2020.pdf), cafodd amrywiadau anfalaen eu hidlo allan. Yn silico defnyddiwyd offer rhagfynegi swyddogaethol (Mutation Taster, SIFT, PolyPhen2, a Provean) i ragfynegi arwyddocâd swyddogaethol yr amrywiadau a ganfuwyd. Defnyddiwyd effaith swyddogaethol ar strwythur protein a chadwraeth yr ardal breswyl i graffu ymhellach ar yr amrywiadau. Ar ôl hidlo, datgelodd y canlyniadau amrywiad ffrâmshift heterosygaidd cyfansawdd pathogenig yn y genyn PCNT c.5059_5060delAA|p. Asn1687fs (amrywiad nofel) a c.9535dup (t. Val3179fs). Wrth sgrinio ei rieni, canfuwyd bod ei fam a'i dad yn heterosygaidd ar gyfer yr amrywiadau (Ffig. 3).

Dadansoddiad in-silico

Ar gyfer dadansoddiad genomig o'r achos presennol, lawrlwythwyd dilyniant FASTA o'r homo sapiens pericentrin B (PCNT2) mRNA, cds cyflawn gyda GenBank ID: AF515282.1 o 10020 bp o gronfa ddata niwcleotid NCBI (https://www.ncbi. nlm.nih.gov/nuccore/ AF515282). Yn y dilyniant math gwyllt, roedd dau niwcleotid adenin yn safleoedd cDNA 5059 a 5060. Cafodd y pâr niwcleotid hwn ei ddileu â llaw i gynhyrchu'r amrywiad sy'n cyfateb i'r proband c.5059_5060delAA. Cyflwynwyd y ddau ddilyniant mRNA i'r offeryn ORF i asesu'r gwahaniaethau yn yr asidau amino codio. Gwelsom newid yn y dilyniant asid amino oherwydd newid yn y ffrâm ddarllen. Felly, yn y protein treigledig ar safle 1687 asparagine asid amino "N" ei ddisodli gan glutamine "Q". Ymhellach, roedd ymddangosiad TGA (hy, codon terfynu) yn olynu 10 codon tripled ar ôl y newid asid amino cychwynnol. Arweiniodd hyn at derfynu cynamserol synthesis protein. Roedd gan ddilyniant FASTA o'r protein math gwyllt a lawrlwythwyd (UniProtKB ID-O95613, PCNT_HUMAN) 3336 o weddillion asid amino a chynhaliwyd modelu 3D gan ddefnyddio meddalwedd ofine SPDBV. Gwnaethpwyd modelu o'r math gwyllt a PCNT treigledig trwy ddull homoleg trwy gymryd 1JQN fel strwythur templed. Yn ôl modelau 3D y ddau brotein, y niferoedd asid amino oedd 643 a 615 yn y drefn honno. Cymharwyd nifer y gweddillion di-glycin a di-proline sef 600 a 576 yn y drefn honno. Sylwyd hefyd bod un asid amino yn y protein wedi'i dreiglo wedi'i ganfod yn y rhanbarth nas caniatawyd gan gyfrannu at strwythur trydyddol ansefydlog (Ffig. 4). Roedd cynnydd hefyd yn nifer y ceudodau o 4 yn y math gwyllt i 5 yn y protein mutant gyda chyfluniadau asid amino wedi'u newid o amgylch y ceudodau hyn (Ffig. 5).

CISTANCHE EXTRACT WITH 25% ECHINACOSIDE AND 9% ACTEOSIDE FOR KIDNEY