Rhan 2: Llofnodiadau Genetig Unigryw O Ranbarthau Cortical Ac Isgortigol sy'n Gysylltiedig  Chof Dynol
Mar 21, 2022
Cyswllt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-bost:audrey.hu@wecistanche.com
Adolygiad llenyddiaeth o lofnodion genetig
I feintioli nifer y "trawiadau" genyn ymgeisydd ar gyfer ycofdadansoddiad, cynhaliwyd adolygiad llenyddiaeth ar gyfer pob rhestr genynnau CL a chyfrif nifer y genynnau-cof(hy, gwir gadarnhaol) neu gymdeithasau swyddogaeth genynnau-modur (hy, positifau ffug; Ffig. 1F). Gwnaethpwyd hyn trwy adolygu llenyddiaeth arbrofol ar Google Scholar, trwy ymholiad chwilio: ["enw genynnol" AND ("cof" NEU "amnesia" NEU "Alzheimer's" NEU "dementia")] a [ "enw genyn" AND ("modur swyddogaeth" NEU "cydlynu modur" NEU "locomotor" NEU "ataxia" NEU "dysgu modur" NEU "Parkin- son's" NEU "Huntington's")], yn y drefn honno. Ailadroddwyd yr un peth ar gyfer y dadansoddiad modur ar gyfer y gwir gadarnhaol a'r positifau ffug. Dewiswyd yr anhwylderau ar gyfer chwiliad allweddair oherwydd eu bod yn amlwg yn cynnwys diffygion yn y cof a gweithrediad modur. Roedd tystiolaeth gref yn cynnwys astudiaethau a ddefnyddiodd drin genynnau vivo, mutants ac ymyriadau ffarmacolegol, tra bod tystiolaeth wan yn cynnwys cysylltiadau genynnau cyfrifiadol, astudiaethau in vitro, astudiaethau mynegiant genynnau gwahaniaethol ac astudiaethau achos dynol. Dim ond os oedd yn ymwneud â'r ardal ymennydd cyfatebol, hy cortigol neu isgortigol, y cyfrifwyd tystiolaeth llenyddiaeth fel dilysiad. O'r herwydd, ni chafodd tystiolaeth o rôl genyn penodol yn rhanbarth yr ymennydd heb ei ddadansoddi yn unig ei gyfrif. Er enghraifft, pe bai papur yn dangos bod sgil-effaith genyn A yn yr isgortecs yn unig yn arwain at ddiffygion cof, ni fyddai'n cyfrif fel tystiolaeth ar gyfer dadansoddi cof cortigol.
Gwahaniaeth cydberthynas mewn dadansoddiadau cof a modur
Os yw'r dull yn ddilys, dylai genynnau cof gael gwerth cydberthynas uwch ar gyfartaledd o'rcofdadansoddiad o'i gymharu â'r dadansoddiad echddygol, ac i'r gwrthwyneb ar gyfer genynnau modur a gwerth r dadansoddiad modur. Ar gyfer pob genyn, cyfrifwyd hyn trwy dynnu gwerth ei swyddogaeth echddygol r o'r gwerth r cof, gyda gwahaniaeth cadarnhaol yn cyfrif tuag at effeithiolrwydd y dull (Ffig. 1 G). Sylwch, ar gyfer y gwerthoedd cof r o'r rhestrau genynnau negyddol (ee, cof cortical -), rydym yn lluosi'r gwahaniaeth gwerth r gyda -1 i fynegi'r gwahaniaeth hwn fel gwerth positif, yn gyson â'r rhestrau genynnau cof positif. Yna byddwn yn cymryd cyfartaledd yr holl enynnau ar gyfer pob set S sy'n bodloni FDR q 0.05 (yr un trothwy â delweddu map cyfoethogi) i gael saith gwerth o'r fath. Gan fod nifer y genynnau fesul set S yn wahanol, fe wnaethom roi hwb i nifer y gwerthoedd gwahaniaeth cydberthynas a ddefnyddir i gyfrifo gwerth gwahaniaeth cydberthynas cyfartalog fesul set. Gwnaethpwyd hyn ar wahân ar gyfer y dadansoddiadau cof a modur trwy is-samplu'r gwahaniaethau cydberthynas (10, 000 iteriadau) dro ar ôl tro i'r nifer lleiaf o enynnau yn y cof (n 231) a setiau modur (n 146), yn y drefn honno. Fe wnaethom ddelweddu hwn fel plot bocs ar gyfer pob un o'r saith set, gyda'r cymedr bootstrapped a 95ed canradd (chwisgers) ar gyfer dadansoddiadau cof a modur. Os nad yw'r waelodlin yn disgyn o fewn y dosbarthiad canradd 95 (hy, nid yw wisgers yn gorgyffwrdd â'r llinell sylfaen o sero) tybir bod y sgôr yn sylweddol wahanol i'r llinell sylfaen (t 0.05).
Asesu effeithiolrwydd dulliau wrth adnabod genynnau ymgeisydd
Fe wnaethom fesur effeithiolrwydd dull yn seiliedig ar yr adolygiad blaenorol o lenyddiaeth (Ffig. 1 G). I wneud hynny, fe wnaethom gyfrifo’r tebygolrwydd siawns o gael Ncofgenynnau fesul rhestr genynnau. Gwneir hyn trwy ddewis Ncofgenynnau (heb amnewid) o'r gronfa o gof hysbys neucof-genynnau anhwylder cysylltiedig (n 644) allan o bob un o'r 15,625 o enynnau a ddadansoddwyd. Er enghraifft, os yw 10 o bob 10 genyn yn y rhestr genynnau yn enynnau cof, y tebygolrwydd y bydd hyn yn digwydd yw 1.32 10 14. Gwnaed yr un peth yn unol â hynny ar gyfer swyddogaeth modur a genynnau swyddogaeth modur (n 104). Rhaincofcasglwyd genynnau o dair ffynhonnell: (1) yr adolygiad llenyddiaeth uchod; (2) y genyn swyddogaeth fiolegol yn gosod "GO:0007611 Dysgu neu gof," o gronfa ddata AmiGO2 (Carbon et al., 2009; fersiwn 2.4.26, dyddiad rhyddhau 2016-08); a (3)van Cauwenberghe et al. (2016). Cafwyd y genynnau sy'n gysylltiedig â modur (anhwylder modur neu modur) o (1) yr adolygiad llenyddiaeth uchod, (2) y setiau genynnau swyddogaeth fiolegol "GO: 0061743 motor learning" a "GO: 0061744 motor behavior" o gronfa ddata AmiGO2 (Carbon et al., 2009), a (3) Lin a Farrer (2014).
Y sgôr manwl ar gyfer dadansoddiadau cof a modur
Gofynasom, o a givencofrhestr genynnau gyda genynnau wedi'u labelu felcofgenynnau, faint o'r rhain sy'n perthyn mewn gwirioneddcof. Fe wnaethom fesur hyn trwy gyfrifo sgôr fanwl (Ffig. 1G). Yn gyntaf, fe wnaethom bennu'r gwir gadarnhaol (hy, genynnau sy'n gysylltiedig â chof o'r adolygiad llenyddiaeth) a chadarnhaol ffug (hy, genynnau sy'n gysylltiedig â gweithrediad modur). Cafodd tystiolaeth y llenyddiaeth ei phwysoli fel bod tystiolaeth gref a thystiolaeth wan (a ddiffinnir uchod) wedi derbyn pwynt llawn a hanner pwynt yn y drefn honno ar gyfer pethau cadarnhaol. Ar gyfer pob rhestr genynnau, fe wnaethom wedyn bennu sgôr fanwl y dull trwy rannu "gwir bositif" â swm y gwir bositif a'r positifau ffug (Eqs. 1,2). Os yw'r dull yn fanwl gywir, ar gyfer dadansoddiadau cof, dylai'r sgorau trachywiredd cof fod yn uwch na 0.5 a sgôr modur yn is na 0.5, ac i'r gwrthwyneb. Fe wnaethom blotio'r sgorau cof a manwl gywirdeb modur ar gyfer pob rhestr genynnau (yn amrywio o 0 i 1), a'r gwahaniaeth rhwng y sgorau hyn (yn amrywio o –1 i 1). Yn ddelfrydol, dylai'r gwahaniaeth fod yn fwy na sero. Yn y hafaliadau canlynol, Atgofion nifer o enynnau gyda thystiolaeth gref dros ei gysylltiad â chof; Cof nifer y genynnau â thystiolaeth wan ar gyfer ei gysylltiad â chof; Motors nifer o enynnau gyda thystiolaeth gref ar gyfer ei gysylltiad â swyddogaeth modur; a nifer y genynnau Motorw â thystiolaeth wan ar gyfer ei gysylltiad â gweithrediad modur.
Datganiad argaeledd data
Mae'r holl ddata genetig a niwroddelweddu a ddefnyddir ar gael gan yr AHBA ( https://human.brain-map.org ) a Neu-rosynth ( https://www.neurosynth.org ). Mae'r sgriptiau ar gyfer rhag-brosesu'r trawsgrifiad ar gael yn https://github.com/BMHLab/AHBAprocessing. Mae'r sgriptiau cydberthynas a'r data mewnbwn ar gael at ddefnydd anfasnachol yn Data Estynedig 1 ac yn https://github.com/PK-HQ/ geneCognitionDiscovery.
Canlyniadau
Mapiau AHBA a Neurosynth
Ar gyfer adnabod dynol oedolyn llawn-ymennyddcofgenynnau, yn gyntaf roedd angen i ni gynnal y dadansoddiad gofodol cydberthynas rhwng niwroddelweddu 3D cydraniad uchel a mapiau trawsgrifio o ymennydd dynol oedolion. O'r herwydd, defnyddiwyd trawsgrifiad AHBA yr ymennydd dynol cyfan, dwysedd uchel, a'r Neurosynthcofmap cysylltiad o gysylltiad pob voxel â chof yn gyffredinol fel setiau data mewnbwn (Yarkoni et al., 2011).
Roedd yr AHBA yn deillio o chwe ymennydd rhoddwr ac mae'n cynnwys mynegiant genynnau ymennydd dynol genom cyfan yn y rhanbarthau cortigol ac isgortigol chwith (N 6; Ffig. 1A; gweler delweddu enghreifftiol yn Ffig Data Estynedig 1-1; Hawrylycz et al. , 2012). Y NeurosynthcofMae map cysylltiad yn fap meta-astudiaeth (N 2744) sy'n cynrychioli perthnasedd pob voxel ymennydd ar gyfercof(yn hytrach na swyddogaethau gwybyddol eraill), a nodir gan sgoriau cadarnhaol z (Ffig. 1A; gweler delweddiad o fapiau swyddogaeth cof a modur yn Ffig Data Estynedig. 1-2; Yarkoni et al., 2011). Sylwch fod y defnydd ocofyma yn cyfeirio at y cof yn gyffredinol, gan fod y map wedi'i adeiladu o astudiaethau niwroddelweddu sy'n gysylltiedig â'r cof sy'n defnyddio sawl math o dasgau cof (Yarkoni et al., 2011). Cydgofrestrwyd y ddau fap gennym mewn gofod cyffredin MNI152. Defnyddiwyd yr ardaloedd cof yn y map cysylltiad cof i ddiffinio'r samplau AHBA defnyddiadwy ar gyfer y dadansoddiad cydberthynas gofodol dilynol.
Dadansoddiad tebygrwydd gofodol
Gan ddefnyddio’r setiau data hyn, ceisiwyd ynysu’r genynnau â gwerthoedd cydberthynas gofodol uchel rhwng mynegiant eu genynnau acofmapiau termau ar gyfer camau dadansoddi dilynol, gan eu bod yn fwyaf tebygol o ymwneud â chof (Fox et al., 2014). Cynhaliwyd y dadansoddiad tebygrwydd gofodol rhwng mapiau cymdeithas AHBA a Neurosynth ar wahân ar gyfer rhanbarthau cortigol ac isgortigol oherwydd eu gwahaniaethau amlwg (gweler y Cyflwyniad; mae'r rhestr o ranbarthau cortigol ac isgortigol ar gael yn Extended DataFig. 1-3), ac ar gyfer cof a swyddogaeth modur (gweler enghraifft o gydberthynas ofodol yn Ffig. 2). Mae pob dadansoddiad esgor ar restr L, a oedd yn cynnwys y gwerthoedd cymedrig cydberthynas o 15,625 genynnau a ddefnyddir ar gyfer graddio dilynol ( Ffig. 1 B ).
Yn dilyn hynny fe wnaethom osod pob rhestr yn L. Mae cydberthynas gadarnhaol yn dynodi mynegiant genynnau uwch mewn meysydd sy'n berthnasol ar gyfercof, ac mae cydberthynas negyddol yn awgrymu mynegiant is mewn meysydd sy'n berthnasol i'r cof. Dangosir y genynnau -10 uchaf sy'n cydberthyn yn gadarnhaol ac yn negyddol ar gyfer y dadansoddiadau cortigol ac isgortigol cof yn Nhabl 1 (gweler gwerth cydberthynas gofodol yr holl enynnau yn Nhabl Data Estynedig 1-1). Roedd mwy o enynnau â chydberthynas negyddol yn fwy na genynnau â chydberthynas gadarnhaol ar gyfer dadansoddiadau cortigol ac isgortigol o gof (Tabl Data Estynedig 1-1). Canfuom 8383 yn bositif a 7243 o enynnau cydberthynol negyddol ar gyfer yr ardaloedd cortigol, a 7642 yn bositif a 7984 o enynnau negyddol ar gyfer yr ardaloedd isgortigol.
Proffiliau mynegiant genynnau unigryw sy'n gysylltiedig â chof cortigol ac isgortigol
Yn dilyn y dadansoddiadau cydberthynas gofodol, anelwyd at ddiffinio'r proffiliau mynegiant genynnau sy'n gysylltiedig â cortigol ac isgortigolcofmewn modd cynhwysfawr. Er mwyn nodi a nodweddu setiau o enynnau sy'n gweithio tuag at swyddogaeth fiolegol gyffredin (hy setiau genynnau), rydym yn dadansoddi pob un o'r rhestrau cortical a subcortical L gyda GSEA cyn-ranked ( Ffig. 1 C ). Arweiniodd hyn at setiau genynnau a oedd yn sgorio'n gadarnhaol ac yn cael sgôr negyddol, yn deillio o'r genynnau L, sy'n cydberthyn yn gadarnhaol ac yn negyddol. Yna cafodd y setiau genynnau hyn eu grwpio i glystyrau swyddogaethol a’u hanodi’n awtomatig â themâu biolegol (Cline et al., 2007; Merico et al., 2010; Oesper et al., 2011).
Yn gyffredinol, roedd gan y cortecs a'r isgortecs themâu biolegol gwahanol a ganfuwyd yn flaenorol yn gysylltiedig â'r cof. Ar gyfer corticalcof, Datgelodd GSEA 28 o bethau cadarnhaol a 29 o setiau genynnau a gyfoethogwyd yn sylweddol negyddol. Dangosodd delweddu'r rhwydwaith cyfoethogi fod y setiau genynnau hyn wedi'u grwpio'n bum clwstwr gwahanol (Ffig. 3; mae canlyniadau cyflawn GSEA yn Ffig Data Estynedig 3-1), gyda setiau genynnau o fewn pob clwstwr yn rhannu genynnau cyfoethog. Canfuwyd bod y setiau genynnau hyn yn gysylltiedig â'r cof. Roedd y clwstwr cadarnhaol P1 yn cynnwys setiau genynnau sy'n gysylltiedig ag ymateb imiwn a signalau derbynnydd Fc (Fernandez-Vizarra et al., 2012; Marin a Kipnis, 2013). Roedd P2 yn gysylltiedig â signalau interferon-gama (Litteljohn et al., 2014), P3 mewn trafnidiaeth ïon calsiwm trawsbilen a P4 mewn cydosod ffilament actin (Krucker et al., 2000; Lamprecht, 2011). Roedd y clwstwr negyddol N2 yn cynnwys setiau genynnau yn ymwneud â dynameg cromatin, rheoleiddio epigenetig, a gwahaniaethu celloedd imiwnedd (Kim a Kaang, 2017).
Ar gyfer subcorticalcof, Datgelodd GSEA 50 o bethau cadarnhaol a 14 set genynnau wedi'u cyfoethogi'n sylweddol negyddol. Dangosodd delweddu'r rhwydwaith cyfoethogi fod y setiau genynnau hyn wedi'u grwpio'n dri chlwstwr gwahanol (Ffig. 4; mae canlyniadau cyflawn GSEA yn Ffig Data Estynedig 4-1). Yn yr un modd, canfuwyd bod y setiau genynnau hyn yn gysylltiedig âcof. Mae'r clwstwr positif P1 yn gysylltiedig â thrawsyriant synaptig a phlastigrwydd synaptig. Roedd hefyd yn cynnwys setiau genynnau sy'n ymwneud â endocytosis ac ecsocytosis, secretiad niwrodrosglwyddydd, potentiation hirdymor (Stuchlik, 2014), signalau derbynnydd glwtamad, a morffogenesis rhagamcaniad niwronau (Kasai et al., 2010). Mae'r clwstwr negyddol N1 yn gysylltiedig â phrosesau trawsgrifio a chyfieithu (Jarome a Helmstetter, 2014; Alberini a Kandel, 2015), a chlwstwr N2 i wahaniaethu cell glial ac oligodendrocyte (Hertz a Chen, 2016; Pepper et al., 2018).
Ffigur 2. Enghraifft o allbwn dadansoddi tebygrwydd gofodol. Mae lefelau mynegiant y genyn cortigol cydberthynol uchaf, GRB14, yn cael ei ddelweddu fel swyddogaeth o berthnasedd voxel-wise map Neurosynth icofswyddogaeth (z sgôr). Mynegiant genyn wedi'i normaleiddio (echel-y) wedi'i blotio yn erbyn sgorau map niwroddelweddu z (echelin-x). Mae pob llinell atchweliad lliw yn cynrychioli'r llinell ffit orau ar gyfer pob un o chwe rhoddwr (lliwiau); mae'r band tryloyw o amgylch pob llinell yn cynrychioli amcangyfrif cyfwng hyder 95 y cant.
Er mwyn nodi gwahaniaethau a gorgyffwrdd yn y proffiliau genetig cortigol ac isgortigol, fe wnaethom nodi a nodweddu'r prosesau biolegol gwahanol a rennir (1) fel y dangosir yn y mapiau cyfoethogi, a (2)cofgenynnau (hy, pob genyn a geir mewn 1 set genynnau wedi'i gyfoethogi; Ffig. 1D). Canfuom orgyffwrdd isel o 2.5 y cant o setiau genynnau (N 3) a 9.6 y cant o enynnau (N 135) rhwng rhanbarthau cortigol ac isgortigol (Ffig. 5; mae'r rhestr gyflawn o enynnau gwahanol a gorgyffwrdd yn DataFig Estynedig. {{9) }}). Roedd y genynnau sy’n gorgyffwrdd yn ymwneud â phrosesau sy’n ymwneud â chof o gludo protein, rheoleiddio trawsgrifio, plastigrwydd synaptig a signalau derbynyddion glwtamad (Peng et al., 2011; Rosenberg et al., 2014; Alberini a Kandel, 2015; Tabl 2; allbwn llawn o setiau genynnau a genynnau o Top- pGene yn Extended DataTable 2-1). Mae'r rhain yn cynnwys genynnau sy'n ymwneud â chyfadeilad Arp2/3, sianeli ïon â gatiau ligand GABA ac AMPA sy'n hanfodol ar gyfer swyddogaeth cof (Gasbarri a Pompili, 2014; Basu et al., 2016; Takemoto et al., 2017; Tabl Data Estynedig { {23}}). Roedd genynnau cortecs-benodol yn ymwneud â phrosesau sy'n gysylltiedig â chof megis atgyweirio DNA, rheoleiddio epigenetig, imiwnedd a signalau IFN (Marin a Kipnis, 2013; Litteljohn et al., 2014; Kim a Kaang, 2017; Hou et al., 2018 ; Extended DataTable 2-1). Mae genynnau subcortex-benodol yn ymwneud â niwrogenesis, morffogenesis dendrite, gwahaniaethu celloedd glial a myelination (Hertz a Chen, 2016; Kao et al.,
Ffigur 3. Delweddu map cyfoethogi ar gyfer corticalcof. Mae clystyrau wedi'u labelu â P ar gyfer positif, N ar gyfer negyddol. Canfuwyd bod clystyrau set genynnau yn gysylltiedig âcof. Roedd clystyrau cadarnhaol yn gysylltiedig â signalau imiwnedd, cludo calsiwm, a chynulliad ffilament actin. Roedd y clwstwr negyddol yn cynnwys setiau genynnau sy'n ymwneud â dynameg cromatin a rheoleiddio epigenetig. Gweler Ffigur Data Estynedig 3-1 am yr allbwn llawn o GSEA Pre-ranked.
2018; Pepper et al., 2018; Tabl Data Estynedig 2-1). Sylwch y gall yr un set genynnau ymddangos yn y prosesau biolegol cortical-benodol ac isgortigol-benodol. Er enghraifft, mae'rcofmae setiau genynnau yn cael eu cyfoethogi yn y ddau ranbarth, ond ym mhob achos, mae'r cyfoethogi set genynnau yn cael ei yrru gan enynnau gwahanol (Extended DataTable 2-1). Mae hyn oherwydd y gall genynnau gwahanol fod yn berthnasol ar gyfer, ac felly cynyddu cyfoethogiad ar gyfer yr un set genynnau proses fiolegol.
Genynnau craidd wedi'u mynegi'n wahaniaethol sy'n gysylltiedig â cortigol ac isgortigolcof
I adnabod y -10 uchafcofgenynnau sydd fwyaf tebygol o gysylltu â dynolcofswyddogaethar gyfer ymchwiliad arbrofol yn y dyfodol, fe wnaethom nodi genynnau sy'n berthnasol ar gyfer setiau genynnau lluosog a gafwyd uchod gyda'r AALl (Ffig. 1E; Subramanian et al., 2005; Darby et al., 2016; Fleming a Miller, 2016). Mae gwaith blaenorol wedi dangos bod genynnau o'r fath sy'n gyrru cyfoethogi setiau genynnau lluosog yn fwy tebygol o fod yn gysylltiedig â'r ffenoteip a ddadansoddwyd, hy, swyddogaeth cof yn yr achos hwn (Subramanian et al., 2005; Darby et al., 2016; Fleming a Miller, 2016). Roedd y cyfuniad o GSEA ac AALl yn effeithiol yn flaenorol wrth nodi llofnodion genetig swyddogaethau gwybyddol (Thomassen et al., 2008; Ersland et al., 2012; Lee et al., 2013), gan gynnwys cof episodig a gweithredol (Heck et al., 2014;
Linksys et al., 2015). Cymhwyswyd AALl i'r setiau genynnau â sgôr cadarnhaol a negyddol uchod, ac yna dewiswyd y -10 genynnau uchaf sy'n ymddangos amlaf ar draws is-setiau blaengar y setiau genynnau. Yna cafodd y genynnau hyn eu dilysu gyda llenyddiaeth model anifeiliaid, a ddosbarthwyd fel tystiolaeth gref neu wan yn cefnogi'r cysylltiad rhwng y genyn a'r swyddogaeth cof (Ffig. 1 F). Roedd tystiolaeth gref yn cynnwys trin genynnau neu astudiaethau trin cyffuriau, ee sgil-genyn yn arwain at newid cof. Roedd tystiolaeth wan yn cynnwys astudiaethau cydberthynol neu gyfrifiadol, megis dadreoleiddio genynnau a oedd yn cyfateb i astudiaethau uwchcofperfformiad.
Ar gyfer corticalcof, roedd naw o bob 10 genyn â chydberthynas gadarnhaol yn gysylltiedig â nhw yn flaenorolcofswyddogaeth(Tabl 3; rhestr lawn o enynnau cof cortigol ac adolygiad llenyddiaeth Extended DataTable 3-1, allbwn AALl cyflawn yn y Tabl Data Estynedig 3-2). Genes PRKCD (Etcheberriga- ray et al., 2004; Conboy et al., 2009), RAC1 (Haditsch et al., 2009; Oh et al., 2010), LIMK1 (Todorovski et al., 20415), a CDC Roedd gan Kim et al., 2014; Zhang et al., 2016) gysylltiadau cryf â'r cof. Ar gyfer y genynnau ymgeisydd cyfatebol â chydberthynas negyddol, roedd gan bob un o'r 10 genyn dystiolaeth gref i gefnogi eu rôl yn y cof. Roedd y rhain i gyd yn enynnau amgodio'r protein histone H4, a oedd yn gysylltiedig â pherfformiad cof (Peleg et al., 2010). Roedd dadreoleiddio asetyleiddiad histone H4 mewn llygod oedrannus yn gysylltiedig â nam ar y cof, ac roedd ailosod y rheoliad hwn yn gwella eu cof.
Ffigur 4. Delweddu map cyfoethogi ar gyfer cof subcortical. Mae clystyrau wedi'u labelu â P ar gyfer positif, N ar gyfer negyddol. Canfuwyd bod clystyrau set genynnau yn gysylltiedig â chof. Roedd clystyrau cadarnhaol yn gysylltiedig â thrawsyriant synaptig, plastigrwydd hirdymor, signalau glwtamad, a morffogenesis niwrit. Roedd clystyrau negyddol yn cynnwys setiau genynnau sy'n ymwneud â thrawsgrifio a chyfieithu a gwahaniaethu celloedd glial. Gweler Ffigur Data Estynedig 4-1 am yr allbwn llawn o GSEA Pre-ranked.
Ar gyfer cof isgortigol, roedd pob un o'r 10 genyn â chydberthynas gadarnhaol wedi'u cysylltu'n flaenorol â swyddogaeth cof (Tabl 4; rhestr lawn o enynnau cof isgortigol ac adolygiad llenyddiaeth yn Nhabl Data Estynedig 4-1; canlyniadau AALl yn Extended DataTable 4-2). Roedd cysylltiad cryf rhwng genynnau CDK5, NLGN1, RAB3A, STX1A, SNCA, SYT1, ac UNC13A â’r cof (Fujiwara et al., 2006; Yang et al., 2007; Liu et al., 2009; Guan et al., 2011; et al., 2012; Bie et al., 2014; Mishiba et al., 2014; Böhme et al., 2019). Roedd gan saith o bob 10 genyn ymgeisydd â chydberthynas negyddol dystiolaeth wan yn eu cysylltu yn y cof. Roedd y rhain yn enynnau amgodio is-unedau ribosomaidd, a fynegwyd yn wahanol mewn cnofilod sy'n arddangos yn wellcofperfformiad (Wang et al., 2003; Kong et al., 2009; Winbush et al., 2012; Katz a Lamprecht, 2015; Oka et al., 2016; Zhang et al., 2018).
