Rhan Ⅱ Dealltwriaeth Fetabolaidd O'r Dadreoleiddiad Genetig ym MicroAmgylchedd Tiwmor Carsinoma Celloedd Clir yr Arennau

Canlyniad

1. Adnabod Genynnau Metabolaidd a Fynegwyd yn Wahanol yn KIRC.

Er mwyn archwilio'r dadreoleiddio metabolig yn KIRC, fe wnaethom archwilio'r data TCGA sydd ar gael i gael mewnwelediad dwfn i therapiwteg wedi'i dargedu â metaboledd yn y clinig. At y diben hwn, fe wnaethom ddewis set o 1916 o enynnau metabolaidd a oedd wedi'u croestorri o ddwy set ddata wahanol [16, 17] a sgrinio 1100 o enynnau a fynegwyd yn wahaniaethol mewn tiwmor yn erbyn meinweoedd arferol (Tabl Atodol 2). Cafodd y genynnau metabolaidd hyn a fynegwyd yn wahaniaethol eu plotio mewn llosgfynyddoedd a mapiau gwres (Ffigurau 1(a) ac 1(b)). Allan o 1100 o enynnau metabolaidd a fynegwyd yn wahaniaethol, cafodd 78 o enynnau eu huwchreoleiddio a chafodd 163 o enynnau eu isreoleiddio. Ar ben hynny, roedd 859 o enynnau yn ddigyfnewid. Mae'r map gwres yn cynrychioli mynegai mynegiant unigol y genynnau metabolaidd gwahaniaethol hynny mewn samplau tiwmor a normal (Ffigur 1(b)). Nesaf, fe wnaethom nodi'r 10 genyn metabolig uchaf a fynegwyd yn wahaniaethol; yn eu plith, cafodd ENPP3, NNMT, CYP2J2, SCD, a HK2 eu huwchreoleiddio a chafodd HSD11B2, HMGCS2, HPD, HS6ST2, ac ALDOB eu isreoleiddio. Dangosir plotiau blwch y DEmGs hyn yn Ffigur 1(c). Ymhlith y genynnau wedi'u huwchreoleiddio, mae ENPP3 yn ~{7-plyg a fynegir mewn tiwmorau. Fel arall, mae'r genyn ALDOB ~5-plyg wedi'i isreoli mewn samplau tiwmor a ddadansoddwyd.

Yn ogystal, gwnaethom werthuso llwybr KEGG a dadansoddiadau GO o DEmGs. Datgelodd dadansoddiad llwybr KEGG fod y genynnau wedi'u huwchreoleiddio wedi'u cyfoethogi'n sylweddol mewn metaboledd carbon, signalau HIF1, a glycolysis / gluconeogenesis gyda chymhareb genynnau uwch (8-9 nifer o enynnau ym mhob llwybr) (Ffigur 1 (d)). Yn yr un modd, ymhlith DEmGs sydd wedi'u dadreoleiddio, canfuom mai metaboledd carbon a diraddiad valine, leucine, ac isoleucine oedd y prif lwybrau yr effeithiwyd arnynt gan enynnau sy'n weithredol yn fetabolaidd (Ffigur 1(e)). Roedd y llwybrau sy'n ymwneud ag organelle perocsisome hefyd wedi'u cyfoethogi'n sylweddol mewn grŵp o samplau tiwmor genynnol sydd wedi'u dadreoleiddio. Mae'n werth nodi, o gymharu â'r rhai yn y genynnau sydd wedi'u huwchreoleiddio, mae gan y llwybrau sy'n gysylltiedig â genynnau sydd wedi'u hisreoleiddio werthoedd p arwyddocaol uwch. Mae'n werth nodi bod y rhan fwyaf o'r llwybrau KEGG a gyfoethogwyd mewn categorïau genyn wedi'u is-reoleiddio yn gysylltiedig â metaboledd asid amino. Er mwyn dyrannu ymhellach gyfranogiad DEmG mewn tumorigenesis, cynhaliwyd dadansoddiadau swyddogaethol GO o enynnau wedi'u huwchreoleiddio a'u his-reoleiddio. Rhannwyd ontoleg GO yn dri grŵp isontoleg swyddogaethol, BP (proses fiolegol), CC (elfen gellog), a MF (swyddogaeth foleciwlaidd) (Ffigurau 1(f) ac 1(g)). Yn ogystal, datgelodd dadansoddiad GSEA gynnydd sylweddol yn y cyfoethogi genynnau sy'n gysylltiedig â BENPORATH_MYC_TARGETS_WITH_EBOX_EBOX mewn tiwmorau, tra BROWN{{11} } MYELOID_CELL_DATBLYGIAD_UP, KEGG_ALPHA_ LINOLENIC_ACID_METABOLISM, a KEGG{ Canfuwyd bod {19}}ETHER_ LIPID_METABOLISM wedi'i gyfoethogi'n negyddol. Yn y cam nesaf, fe wnaethom adeiladu rhwydwaith PPI rhyngweithio protein-protein gyda DEmGs i fyny ac wedi'u his-reoli. Roedd nifer o'r genynnau yn dangos rhyngweithio â'i gilydd. Trwy ryngweithiadau'r genynnau hyn, fe wnaethom ynysu genynnau both. Mae pob nod ar wahân i'r llall yn seiliedig ar werth gradd; ymhellach, fe wnaethom ynysu'r 7 genyn canolbwynt uchaf ar gyfer PPI. Fe wnaethom hefyd archwilio'r gydberthynas rhwng y mynegiant genynnau canolbwynt hwn a nodweddion clinigopatholegol KIRC mewn setiau data TCGA.

Cliciwch yma i wybodbeth yw manteision y Cistanche.

2. Mae Dadansoddiad Rhwydwaith yn Datgelu Newidiadau Metabolaidd Sylfaenol mewn Amrywiol Ontolegau Tiwmor.

Nesaf, dewiswyd data mynegiant DEmGs a'u defnyddio fel y data mewnbwn ar gyfer WGCNA, a nododd 6 modiwl cydfynegiant gwahanol yn cynnwys nifer wahanol o enynnau ar gyfer pob modiwl (Ffigur 2(a)). Gwnaethom gydberthynas rhwng genynnau gwahaniaethol a nodweddion allanol a nodi'r modiwlau a oedd yn gysylltiedig yn sylweddol â nodweddion clinigol (Ffigur 2(b)). Yn seiliedig ar y cyfernod cydberthynas, canfuom fod cydberthynas negyddol rhwng modiwlau MEturquoise a'r statws goroesi. Perfformiwyd dadansoddiadau cyfoethogi llwybr GO a KEGG gan ddefnyddio genynnau o'r modiwlau hyn (Ffigurau 2(c) a 2(d)). Y llwybrau KEGG mwyaf cyfoethog oedd valine, leucine, a diraddiad isoleucine; metaboledd carbon; metaboledd propanoate; metaboledd asid brasterog; diraddio asid brasterog; metabolaeth peroxisome a butanoad; metaboledd glyoxylate a dicarboxylate; a metaboledd tryptoffan (Ffigur 2(c)). Roedd y genynnau sy'n gysylltiedig â thermau BP yn cael eu cyfoethogi'n bennaf mewn prosesau moleciwlaidd bach, asid carbocsilig, ac asid organig catabolaidd. Roedd y genynnau sy'n gysylltiedig â thermau CC yn cael eu cyfoethogi'n bennaf yn y matrics mitocondriaidd. Roedd y genynnau a fynegwyd yn wahaniaethol sy'n gysylltiedig ag MF wedi'u cyfoethogi'n bennaf mewn rhwymiad coenzyme (Ffigur 2(d)). Yn ogystal, gwnaethom ddadansoddiad goroesi o 8 genyn yn y modiwl goroesi. Roedd gan gleifion â mynegiant uwch ACADSB, PANK1, SLC25A4, PCCA, HADH, AUH, ACAT1, ac ALDH6A1 gyfradd goroesi hirach na'r rhai â mynegiant is o'r genynnau hyn (p=0) (Ffigurau 2(e)–2( l)).

3. Clystyru Cleifion KIRC.

Dewiswyd DEmGs gorau ar gyfer dadansoddi clystyrau; grwpiwyd cleifion KIRC yn dri chlwstwr yn seiliedig ar fynegiant gwahaniaethol genynnau metabolig. Mae Ffigur 3(a) yn dangos mapiau gwres DEmGs yn y cleifion KIRC. Mae'r raddfa liw yn dynodi'r gwerth mynegiant (mae glas golau yn dynodi gwerth mynegiant is; mae glas tywyllach yn dynodi gwerthoedd mynegiant genynnau uwch).

Cafodd cromliniau KM eu plotio i gymharu goroesiad cyffredinol y tri chlwstwr ar gyfer cleifion KIRC. Roedd y cyfraddau goroesi cyffredinol yn amrywio'n sylweddol ar draws y tri chlwstwr (p < {{0}}:01 Ffigur 3(b)). Dangosodd Clwstwr 1 gyfradd oroesi waeth o gymharu â Chlwstwr 2 a Chlwstwr 3. Roedd cyfradd goroesi PFS hefyd yn amrywio’n sylweddol ymhlith y 3 chlwstwr (p < 0:001, Ffigur 3(c)), ac roedd clwstwr 1 yn arddangos cyfradd goroesi PFS waeth o’i gymharu gyda chlwstwr 2 a chlwstwr 3.

Mae gwahanol liwiau yn ein model yn cynrychioli paramedrau clinigol a chamau patholegol sylfaenol (Ffigur 3(d)). Mae gan Glwstwr 3 gymarebau Mo is a gwerth M1 uwch o gymharu â chlystyrau 1 a 2 sy'n awgrymu metastasis canser uwch a chyfnod mwy datblygedig o diwmorau yng nghlwstwr 3 na chlystyrau 1 a 2. Yn yr un modd, yng nghlwstwr 3, mae canser wedi lledaenu'n fwy i'r nodau lymff (N1 uwch) o gymharu â'r rhai yng nghlystyrau 1 a 2. Cafodd y rhan fwyaf o gleifion KIRC ddiagnosis yng nghamau III a IV (Ffigurau 3(e) a 3(f)), sy'n awgrymu tiwmorau mwy neu ehangedig, yn ogystal â symud drwodd y gwaed neu'r system lymffatig i ranbarth pell yn y corff.

4. Statws Imiwnedd Tri Chlwstwr.

Fe wnaethom ddefnyddio'r algorithm ESTIMATE i amcangyfrif sgoriau stromal ac imiwn cyfres o feinweoedd KIRC yn seiliedig ar eu proffiliau trawsgrifio metabolig (Ffigur 4(a)). Yn ddiweddarach, cymerwyd y sgorau hyn i ystyriaeth i ddatblygu llofnod genynnau metabolig stromal-imiwn yn seiliedig ar sgôr ar gyfer haenu prognosis yn KIRC. Fel y dangosir yn Ffigur 4(a), cafodd tri grŵp clwstwr (C1, C2, a C3) eu haenu mewn plotiau blwch yn seiliedig ar eu sgôr imiwnedd stromal. Ymhlith y tri chlwstwr, dangosodd C1 sgôr arwyddocaol uwch mewn dosbarthiadau stromal ac imiwnedd.

Ymhellach, dadansoddwyd tri chlwstwr gan CIBERSORT gyda gwerth-p < 0.1 (Ffigur 4(b)). Dangosir purdeb tiwmor, sgôr imiwnedd, a sgôr stromal ynghyd â chamau patholegol 3 chlwstwr ar frig y map gwres. Yn y dadansoddiad hwn, canfuom yn bennaf fod celloedd T rheoleiddiol (Tregs) wedi'u cyfoethogi yng nghlwstwr C1 a bod cleifion yn C1 yn bennaf ar gamau patholegol III a IV. Ar ben hynny, mae'r celloedd NK actifedig, celloedd CD8 ynghyd â T, celloedd cynorthwyydd ffoliglaidd T, a macroffagau M0 yn y clwstwr C1; CD8 plws celloedd T a chelloedd cymorth ffoliglaidd T yn y clwstwr C2; a celloedd mast gorffwys, macroffagau M2, cof gorffwys CD4 celloedd T, monocytes, celloedd B naïf, a macroffagau M1 yn y clwstwr C3 eu canfod hefyd (Ffigur 4 (b)).

Ar wahân i CIBERSORT, fe wnaethom gyflogi pecynnau algorithmig eraill i wirio statws ymdreiddiad imiwn. Dangosir y map gwres hierarchaidd o ddadansoddiad MCP yn Ffigur 4(c). Canfyddiadau allweddol dadansoddiad MCP oedd ymdreiddiad neutrophil ac ymdreiddiad celloedd endothelaidd yng nghlwstwr C3 a oedd ar goll yng nghlwstwr C1. Datgelodd y dadansoddiad hwn hefyd gell NK, llinach monocytig, ac ymdreiddiad celloedd dendritig myeloid yng nghlwstwr C3. Roedd poblogaethau celloedd imiwnedd eraill yn gymysg mewn tri chlwstwr a ddadansoddwyd (Ffigur 4(c)).

I ategu dadansoddiadau CIBERSORT a MCP, gwnaethom gymhwyso ssGSEA i fesur lefelau ymdreiddiad ar gyfer mathau o gelloedd imiwnedd a weithredwyd ym mhecyn R GSVA. Cafodd data tri chlwstwr eu bwydo i becyn ssGSEA a chael cyfoeth o 28 o gelloedd a mathau cysylltiedig ag imiwnedd mewn samplau KIRC. Datgelodd y canlyniadau fod gan C1 a C2 fwy o ymdreiddiad imiwn; roedd rhai celloedd imiwnedd cynhenid, gan gynnwys NK, neutrophils, ac eosinoffiliau, wedi'u cymysgu mewn 3 chlwstwr (Ffigur 4(d)).

5. Llunio a Dilysu'r Model Rhagweld yn Seiliedig ar DEmGs.

Yn olaf, fe wnaethom lunio a dilysu'r model rhagfynegi yn seiliedig ar fynegiant gwahaniaethol y genynnau metabolig. Fe wnaethom gyfrifo sgôr risg cysylltiedig â imiwnedd DEmGs yn seiliedig ar oroesiad cyffredinol. At y diben hwn, fe wnaethom ddyfeisio dau grŵp ar gyfer gwerthuso cydberthynas y sgôr risg; mae un ar gyfer y garfan hyfforddi, a'r llall ar gyfer y garfan brofi. Canfuom fod goroesiad cyffredinol yn isel ac yn wasgaredig ar draws y sgôr risg (Ffigurau 5(a) a 5(b)). Nesaf, yn seiliedig ar y sgôr risg ganolrifol, fe wnaethom neilltuo cleifion KIRC i grwpiau risg uchel ac isel i'w gwerthuso ymhellach. Yna fe wnaethom gynnal dadansoddiad goroesiad o'r ddau grŵp risg hyn mewn carfannau hyfforddi a phrofi. Yn ôl y disgwyl, canfuwyd bod gan y grwpiau risg uchel gyfradd oroesi isel o gymharu â'r grwpiau risg isel (Ffigurau 5(c) a 5(d)). At hynny, perfformiwyd dadansoddiad cromlin ROC ar gyfer carfannau hyfforddi a phrofi. Gwelsom sgôr ROC o 0.68 ar 5 mlynedd mewn carfannau profi, sy'n dangos perfformiad da wrth ragweld prognosis KIRC (Ffigurau 5(e) a 5(f)). Yn ogystal â dadansoddiad cromlin ROC, fe wnaethom hefyd weithredu model atchweliad LASSO COX i ddilysu ein model prognostig fel y nodir gan wyredd tebygolrwydd rhannol (Ffigur Atodol 5(a)) a chyfernod atchweliad y DEmGs (Ffigur Atodol 5(b)). Yn olaf, rhagwelwyd y byddai pum genyn (ABCG1, CRYL1, FDX1, PANK1, a SLC44A) yn ffactorau prognostig posibl gydag HR <1 (Ffigur Atodol 5(c)).

6. Mecanweithiau Sylfaenol Dilyniant KIRC.

Er mwyn ymchwilio ymhellach i'r mecanwaith sylfaenol ar gyfer dilyniant KIRC, fe wnaethom gynnal dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol ymhlith yr holl glystyrau a defnyddio plot map gwres i ddelweddu'r canlyniadau (Ffigur 6(a)). Er mwyn nodi llwybrau signalau'r DEmGs, gwnaethom gynnal dadansoddiadau cyfoethogi KEGG a GO o'r DEGs mewn tri chlwstwr. Yn fyr, datgelodd y canlyniadau hyn fod DEGs o dri chlwstwr wedi'u cyfoethogi'n bennaf mewn adlyniad ffocal, llwybr signalau Foxo, a llwybr signalau Apelin ar gyfer clwstwr C3 ac amsugno mwynau, ffurfio trap allgellog neutrophil, a haint staphylococcus aureus ar gyfer clwstwr C2 (Ffigur 6 (b)). Yn ogystal, datgelodd dadansoddiad swyddogaethol GO o DEGs ontolegau cysylltiedig â MF-, CC-, a BP a ddangosir yn Ffigur 6(c). Yn ddiddorol, datgelodd y dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol ymddygiad annormal o reoleiddio genynnau mewn tri chlwstwr. Yn bennaf, mynegwyd NUDT1 yn uchel yn C1, a oedd â'r goroesiad gwaethaf. Datgelodd ymchwiliad pellach fod mynegiant NUDT1 wedi'i isreoleiddio'n sylweddol trwy'r dilyniant o C1 i C3 (Ffigur 6(d)). Ar ben hynny, canfuwyd bod yr NUDT1 wedi'i uwchreoleiddio mewn samplau tiwmor KIRC (Ffigur 6(e)). Nesaf, fe wnaethom dynnu sylw at fynegiant NUDT1 yng nghamau pob tiwmor (Ffigur 6(f)). Perfformiwyd dadansoddiad goroesi cyffredinol hefyd gan y plotiwr Kaplan-Meier, a chanfuom fod gan gleifion â mynegiant uwch o NUDT1 gyfraddau goroesi cyffredinol gwaeth (AD=1:82 (1.34–2.48), log-rank p {{27} }:00012) (Ffigur 6(g)).

Yn olaf, gwnaethom gynnal dadansoddiadau cyfoethogi swyddogaethol KEGG a GO ar gyfer genynnau sy'n rhyngweithio â NUDT1. Rhannwyd y genynnau yn ddau grŵp - cydberthynas gadarnhaol â NUDT1 a chydberthynas negyddol â NUDT1. Dangosodd dadansoddiad llwybr KEGG fod genynnau â chydberthynas gadarnhaol yn cael eu cyfoethogi'n bennaf yn y llwybr ribosomaidd, clefyd Huntington, sglerosis ochrol amyotroffig, a chlefyd Alzheimer. Ar y llaw arall, cyfoethogwyd y genynnau â chydberthynas negyddol yn bennaf mewn signalau hepatitis B a Foxo (Ffigur 6(h)). At hynny, dangoswyd ontoleg GO tri grŵp gwahanol MF, CC, a BP ar gyfer genynnau â chydberthynas gadarnhaol a negyddol yn Ffigur 6(i). Yn ogystal, canfuom fod cydberthynas uchel rhwng mynegiant NUDT1 ac ymdreiddiad celloedd imiwn (Ffigur Atodol 6) a gwahanol nodweddion clinigol cleifion KIRC (Tabl 1).

Atchwanegiadau Cistanche

7. Mae colli NUDT1 yn Atal Ymlediad ac Ymfudiad Celloedd Canser Arennol.

Nesaf, gwnaethom gymharu lefel mynegiant NUDTI mewn meinweoedd KIRC a'u meinweoedd arferol cysylltiedig, a ddatgelodd fod NUDT1 wedi'i fynegi'n fawr mewn meinweoedd KIRC (Ffigur 7 (a)). At hynny, fe wnaethom bennu effeithiau colled NUDT1 ar linellau celloedd canser arennol trwy ddefnyddio ataliad cyfryngol siRNA. Targedwyd NUDT1 ar gyfer dymchwel siRNA mewn dwy linell gell 786-O ac ACHN a rhwystrwyd lefelau mRNA NUDT1 yn llwyddiannus fel y dangosir gan ddadansoddiad qPCR (Ffigur 7(b)). Yn dilyn dymchweliad siRNA-gyfryngol o NUDT1, dangosodd y assay hyfywedd celloedd llai o hyfywedd celloedd yn y ddwy linell gell (Ffigurau 7 (c) a 7 (d)). Wedi hynny, dangosodd asesiad mudo celloedd ar ddymchwel NUDT1 ymfudiad celloedd yn sylweddol is mewn NUDT1-wedi disbyddu 786-O ac ACHN celloedd (Ffigurau 7(e) a 7(f)). Gostyngwyd cynhwysedd mudo 786-O gelloedd i tua 50 y cant , a gwelwyd gostyngiad o 70 y cant mewn celloedd ACHN ar ôl dymchwel NUDT1 (Ffigur 7(f)). Cafodd y goresgyniad cell hefyd ei atal yn y ddwy linell gell pan gafodd y genyn NUDT1 ei fwrw i lawr (Ffigurau 7(g) a 7(h)). I gyd-fynd â'r mudo, fe wnaethom hefyd berfformio assay gwella clwyfau pan ddisbyddwyd NUDT1 o linellau cell 786-O ac ACHN a gwelsom ganlyniadau tebyg o allu gwella clwyfau llai yn y ddwy linell gell heb NUDT1 (Ffigurau 7(l) - 7(n)). Yn seiliedig ar y canlyniadau hyn, gwnaethom ragdybio y gallai colli NUDT1 arwain at apoptosis mewn celloedd canser arennol. Felly, fe wnaethom fesur canran y celloedd apoptotig wrth dawelu NUDT1. Yn ddiddorol, fe wnaethom ddarganfod bod canran y celloedd apoptotig wedi cynyddu'n sylweddol mewn celloedd NUDT wedi'u disbyddu (Ffigurau 7(i)-7(k)).

Trafodaeth

Mae carsinoma celloedd clir arennol yr arennau (KIRC) yn un o'r canserau mwyaf cyffredin sy'n digwydd ledled y byd, fel arfer nid yw'n dangos unrhyw symptomau cynnar nes bod y tiwmor yn ddigon mawr; felly, mae'r gyfradd marwolaethau yn gymharol uchel [18–20]. Felly, mae angen ymchwilio i garcinogenesis KIRC a nodi biomarcwyr defnyddiol ar gyfer ei ddiagnosis cynnar. Fodd bynnag, prin yw'r wybodaeth sydd wedi'i sefydlu hyd yma am bathogenesis a charcinogenesis KIRC. Yn ogystal, nid oes llawer o farcwyr moleciwlaidd ar gyfer ymarfer clinigol wedi'u dilysu. Mae technoleg dilyniannu trwybwn uchel uwch a biowybodeg yn ei gwneud hi'n bosibl dewis biofarcwyr effeithiol [21]. Mae data dilyniannu RNA ac anodiadau clinigol dros bum cant o achosion KIRC ar gael am ddim ar gronfa ddata TCGA. Gan fanteisio ar y data hwn sydd ar gael am ddim gan TCGA, dadansoddwyd data dilyniant RNA ar gyfer genynnau metabolaidd a fynegwyd yn wahaniaethol mewn samplau tiwmor yn erbyn meinwe arferol. Ymhlith genynnau sydd wedi'u huwchreoleiddio a'u his-reoleiddio, fe wnaethom nodi'r 10 genyn metabolig a fynegwyd yn wahaniaethol (DEmGs) uchaf. Credwn fod gan enynnau metabolaidd swyddogaethau amrywiol yn KIRC; yn dal i fod, gallai dod o hyd i farcwyr diagnostig a therapiwtig addas fod yn her o'r gronfa o enynnau â swyddogaethau amrywiol.

Yn flaenorol, mae astudiaethau wedi amcangyfrif ymdreiddiad celloedd imiwnedd ym micro-amgylchedd tiwmor sawl canser. Astudiwyd perthynas rhwng celloedd imiwnedd tiwmor ac angiogenesis mewn data samplau KIRC a gafwyd gan TCGA, a nodwyd RFX2, SOX13, a THRA fel y tri MTF uchaf wrth reoleiddio llofnod angiogenesis mewn cleifion KIRC [4]. Ar ben hynny, mae dau batrwm addasu m6A annibynnol yn rheoli swyddogaethau biolegol, nodweddion imiwnolegol, a rhagolygon KIRC [22]. Mae protein 5 sy'n gysylltiedig ag awtoffagy (ATG5) wedi'i gysylltu â dilyniant sawl math o ganser gan gynnwys KIRC [23]. Yn y dadansoddiad presennol, dangosodd rhai o'r genynnau a fynegwyd yn wahaniaethol gan gynnwys PBRM1, SET2, VHL, a BAP1 gydberthynas sylweddol â llwybrau metabolaidd yn nata KIRC. Ar gyfer ymchwiliad dwfn pellach, gwnaethom glystyru'r cleifion yn seiliedig ar y DEmGs; roedd clwstwr 1 yn dangos cyfradd goroesi gyffredinol waeth o gymharu â chlystyrau eraill; beth bynnag, mae gan gleifion KIRC yng nghlwstwr 3 gamau tiwmor uwch ac mae ganddynt nodau lymff uchel (N1 uwch) o gymharu â'r rhai yng nghlystyrau 1 a 2, sy'n dangos metastasis canser ac ehangiad tiwmorau yng nghlwstwr 3. Mae'n dangos nifer llai o enynnau metabolaidd mewn clystyrau sy'n gysylltiedig â metastasis canser.

Yn ogystal, mae sgoriau ymdreiddiad imiwn mewn gwahanol glystyrau yn dangos C1 gyda sgoriau uchel mewn dosbarthiadau stromal ac imiwnedd. Yn nodedig, mae gan gleifion C1 ar gamau patholegol III a IV ymdreiddiad uchel o gelloedd T ynghyd â chelloedd CD8 ynghyd â T, celloedd cynorthwyydd ffoliglaidd T, a macroffagau. Tra hefyd yn cael Tregs toreithiog. Mae gan y Tregs rôl hanfodol mewn goddefgarwch imiwnedd a homeostasis [24]. Mewn llawer o ganserau fel canser y colon, canser y fron, a chanser y pancreas, mae'r ganran gynyddol o Tregs yn gysylltiedig â prognosis gwael canser [25, 26]. Mae'r macrophage M0 yn cymell goresgyniad ac amlder celloedd [27], ac mae lefelau uwch o'r macrophages yn gysylltiedig â prognosis gwael yn RCC [28]. Yn yr un modd, gelwir celloedd CD8 plws T yn gelloedd antitumor allweddol a'r dewis gorau ar gyfer therapi celloedd imiwnedd wedi'i dargedu ar gyfer canserau [29]. Er bod gan C1 yr ymdreiddiad uchaf o gelloedd CD8 ynghyd â T na chlystyrau eraill, roedd ganddo'r goroesiad cyffredinol gwaethaf.

Herba Cistanche

Fe wnaethom ddefnyddio tri dull CIBERSORT, MCP, a ssGSEA i astudio ymdreiddiad celloedd imiwnedd ym micro-amgylchedd tiwmor KIRC. Y dull traddodiadol o fesur ymdreiddiad imiwn y tiwmor yw trwy histoleg ar adrannau meinwe ac is-setiau imiwnedd a gasglwyd gan imiwn-histocemeg marcwyr unigol. Fodd bynnag, mae yna nifer o gyfyngiadau lle na all imiwn-histochemistry adnabod llawer o boblogaethau imiwnedd ac mae'n perfformio'n wael wrth ddal ffenoteipiau swyddogaethol (ee, lymffocytau actifedig vs gorffwys). Felly, gwnaethom ddefnyddio CIBERSORT, dull cyfrifiadurol a ddatblygwyd gan [30] sy'n mynd i'r afael â'r heriau a wynebir gan imiwn-histocemeg. Ar wahân i CIBERSORT, fe wnaethom gyflogi pecynnau algorithmig eraill i wirio statws ymdreiddiad imiwn. Mae hyn oherwydd bod CIBERSORT yn mesur cyfrannau mewn-sampl o boblogaethau celloedd imiwnedd yn unig y gellir eu datrys gan becyn arall fel y cownter MCP a all amcangyfrif digonedd o boblogaeth y celloedd sy'n galluogi cymhariaeth rhyng-sampl o gelloedd ymdreiddio yn y micro-amgylchedd tiwmor [31]. I ategu dadansoddiadau CIBERSORT a MCP, gwnaethom gymhwyso ssGSEA i fesur lefelau ymdreiddiad ar gyfer mathau o gelloedd imiwnedd a weithredwyd ym mhecyn R GSVA [32, 33]. Mae'r GSA yn ddull sy'n seiliedig ar reng sy'n cyfrifo gorfynegiant ar gyfer rhestr o ddiddordeb genyn o'i gymharu â phob genyn arall yn y genom. Dangosodd y CIBERSORT ganlyniadau gwell o gymharu â'r ddau ddull arall; felly, cynhaliwyd dadansoddiadau pellach o ddata a gafwyd gan CIBERSORT.

Ar ben hynny, fe wnaethom ganolbwyntio ar fecanwaith sylfaenol dilyniant KIRC trwy ddadansoddiad mynegiant gwahaniaethol yn seiliedig ar ddata RNA-seq. Ar y cyfan, fe wnaethom dargedu mynegiant gwahaniaethol annormal o'r genynnau cyffredin ymhlith tri chlwstwr. Roedd y rhan fwyaf o'r genynnau wedi'u hisreoleiddio ac eithrio NUDT1 yn C1; fodd bynnag, is-reoleiddiwyd ei fynegiant yn sylweddol trwy'r dilyniant o C1 i C3. Felly, dilyswyd NUDT1 ymhellach am ei rôl yn natblygiad KIRC. Fe wnaeth yr ataliad siRNA-gyfryngol o fynegiant genynnau NUDTI mewn dwy linell gell KIRC (786-O ac ACHN) leihau hyfywedd celloedd a mudo celloedd a chynyddu apoptosis, sy'n cadarnhau ei rôl mewn dilyniant tiwmor. Yn flaenorol, adroddwyd bod lefel mynegiant NUDT1 yn cydberthyn â gradd y tiwmor, cam, maint, gwahaniaethu, gradd ymlediad fasgwlaidd, goroesiad cyffredinol (OS), a goroesiad di-glefyd (DFS) mewn cleifion HCC, hefyd wedi'i ragweld fel marciwr prognostig gyda photensial therapiwtig mewn cleifion HCC [34]. Mae gorfynegi NUDT1 mewn gorbwysedd rhydwelïol pwlmonaidd yn lleihau straen ocsideiddiol a difrod DNA, gan hyrwyddo amlhau celloedd a lleihau apoptosis [35]. Dangoswyd bod cleifion â charsinoma celloedd cennog y geg (OSCC) â mynegiant uchel o NUDT1 wedi dangos cyfradd goroesi gwael [36]. Yn seiliedig ar y ffaith nad oes digon o lenyddiaeth ar gael am rôl NUDTI mewn canserau a, hyd yn hyn, nid oes unrhyw astudiaeth erioed wedi adrodd ar ei rôl yn KIRC, felly, rydym yn adrodd am y tro cyntaf ar rôl NUDTI yn KIRC dilyniant. Roedd rhai cyfyngiadau i'r astudiaeth bresennol; er bod ein hymchwil wedi canfod y gallai'r llofnod fod yn gysylltiedig ag imiwnotherapi KIRC, ni ellid dilysu effeithiolrwydd y llofnod oherwydd diffyg data, y mecanweithiau sylfaenol posibl, a rolau swyddogaethol NUDT1 yn KIRC ac mae angen ymchwilio ymhellach i ymarfer clinigol.

Cistanche tubulosa

Casgliadau

Fe wnaethon ni sgrinio genynnau metabolig wedi'u dadreoleiddio rhwng meinweoedd normal a thiwmor ac archwilio eu swyddogaeth. Nododd dadansoddiad WGCNA grŵp o enynnau sy'n cydberthyn â statws goroesi KIRC. Roedd clystyru consensws yn seiliedig ar enynnau sy'n gysylltiedig â goroesi yn dangos tri chlwstwr gyda chyfraddau goroesi gwahanol a phatrymau ymdreiddiad imiwn. Roedd cydberthynas negyddol rhwng NUDT1 a goroesiad, a datgelodd dadansoddiadau pellach fod dymchwel NUDT1 yn atal amlhau a mudo celloedd tiwmor. O bwys, lluniwyd model rhagfynegi yn seiliedig ar enynnau sy'n gysylltiedig â goroesiad, a ddangosodd effeithlonrwydd uchel wrth ragweld goroesiad KIRC. I gloi, gwnaethom gynnal dadansoddiad cynhwysfawr o enynnau metabolig yn KIRC a nodi NUDT1 fel oncogen y gellid ei ddefnyddio fel targed therapiwtig a phrognostig.

Effaith Detholiad Cistanche ar dryloywder yr arennau

Prin yw'r dystiolaeth wyddonol am effaith Cistanche ar dryloywder yr arennau. Fodd bynnag, mae rhai astudiaethau'n awgrymu y gallai dyfyniad Cistanche gael effaith gadarnhaol ar iechyd yr arennau.

Yr arennau sy'n gyfrifol am hidlo gwastraff a thocsinau o'r corff, ac mae eu hiechyd yn hanfodol ar gyfer lles cyffredinol. Mae astudiaethau wedi dangos bod gan ddyfyniad Cistanche briodweddau gwrthocsidiol a gwrthlidiol cryf, a all helpu i amddiffyn rhag straen ocsideiddiol a llid yn yr arennau.

Mewn meddygaeth Tseiniaidd traddodiadol, defnyddir Cistanche hefyd i donify yr arennau a gwella eu swyddogaeth. Mae rhai ymarferwyr yn credu y gall bwyta detholiad Cistanche yn rheolaidd helpu i wella tryloywder yr arennau, er nad yw'r honiad hwn wedi'i gefnogi gan ymchwil glinigol gadarn.

Felly, mae angen ymchwil fwy trylwyr i ddeall yn llawn fanteision posibl dyfyniad Cistanche ar dryloywder yr arennau. Serch hynny, fel gydag unrhyw atodiad dietegol neu therapi amgen, mae'n bwysig ymgynghori â gweithiwr gofal iechyd proffesiynol cyn ymgorffori ychwanegiadau newydd yn eich diet, yn enwedig os oes gennych gyflyrau meddygol sy'n bodoli eisoes.

Cyfeiriadau

[18] RL Siegel, KD Miller, ac A. Jemal, "Ystadegau canser, 2019," CA: A Cancer Journal for Clinicians, cyf. 69, na. 1, tt. 7–34, 2019.

[19] RL Siegel, KD Miller, HE Fuchs, ac A. Jemal, "Ystadegau canser, 2021," CA: A Cancer Journal for Clinicians, cyf. 71, na. 1, tt. 7–33, 2021.

[20] JC Angulo ac O. Shapiro, "Tirwedd therapiwtig newidiol canser arennol metastatig," Cancers, cyf. 11, dim. 9, t. 1227, 2019.

[21] AK Sharma, "Tueddiadau sy'n dod i'r amlwg mewn darganfod biomarcwr: rhwyddineb prognosis a rhagfynegiad mewn canser," Seminarau mewn Bioleg Canser, cyf. 52, Rhan 1, tt iii–iv, 2018.

[22] H. Li, J. Hu, A. Yu et al., "Mae addasiad RNA o N6- methyladenosine yn rhagweld ffenoteipiau imiwnedd a chyfleoedd therapiwtig mewn carcinoma celloedd clir arennol yr arennau," Frontiers in Oncoleg, cyf. 11, erthygl 642159, 2021.

[23] C. Xu, Y. Zang, Y. Zhao, et al., "Cadarnhaodd dadansoddiad pan-ganser cynhwysfawr fod ATG5 yn hyrwyddo cynnal metaboledd tiwmor a digwyddiad dianc imiwnedd tiwmor," Frontiers in Oncology, cyf. 11, erthygl 652211, 2021.

[24] Y. Takeuchi a H. Nishikawa, "Rolau celloedd T rheoleiddiol mewn imiwnedd canser," Imiwnoleg Ryngwladol, cyf. 28, na. 8, tt 401–409, 2016.

[25] C. Zhuo, Y. Xu, M. Ying, et al., "FOXP3 plus Tregs: ffenoteipiau heterogenaidd ac effeithiau gwrthdaro ar ganlyniadau goroesi mewn cleifion â chanser colorectol," Ymchwil Imiwnolegol, cyf. 61, na. 3, tt 338–347, 2015.

[26] H. Wang, F. Franco, a PC Ho, "Rheoleiddio metabolaidd Tregs mewn canser: cyfleoedd ar gyfer imiwnotherapi," Trends Cancer, cyf. 3, dim. 8, tt 583–592, 2017.

[27] BZ Qian a JW Pollard, "Mae amrywiaeth Macrophage yn gwella dilyniant tiwmor a metastasis," Cell, cyf. 141, na. 1, tt 39–51, 2010.

[28] A. Hajiran, N. Chakiryan, AC Aydin, et al., "Rhagchwilio o heterogeneity gofodol micro-amgylchedd imiwnedd tiwmor mewn carcinoma celloedd arennol metastatig a chydberthynas ag ymateb imiwnotherapi," Imiwnoleg Clinigol ac Arbrofol, cyf. 204, na. 1, tt. 96–106, 2021.

[29] B. Farhood, M. Najafi, a K. Mortezaee, "CD8 ( plws ) lymffocytau T sytotocsig mewn imiwnotherapi canser: adolygiad," Journal of Cellular Physiology, cyf. 234, na. 6, tt. 8509–8521, 2019.

[30] AM Newman, CL Liu, MR Green, et al., "Cyfrifiad cadarn o is-setiau celloedd o broffiliau mynegiant meinwe," Nature Methods, cyf. 12, na. 5, tt 453–457, 2015.

[31] E. Becht, NA Giraldo, L. Lacroix, et al., "Amcangyfrif helaethrwydd poblogaeth poblogaethau celloedd imiwnedd a stromal sy'n ymdreiddio i feinwe gan ddefnyddio mynegiant genynnau," Genome Biology, cyf. 17, na. 1, t. 218, 2016.

[32] DA Barbie, P. Tamayo, JS Boehm, et al., "Mae ymyrraeth RNA systematig yn datgelu bod canserau oncogenig sy'n cael eu gyrru gan KRAS yn gofyn am TBK1," Nature, cyf. 462, na. 7269, tt 108–112, 2009.

[33] S. Hanzelmann, R. Castelo, a J. Guinney, "GSVA: dadansoddiad amrywiad set genynnau ar gyfer data microarray a RNA-seq," BMC Biowybodeg, cyf. 14, na. 1, 2013.

[34] C. Ou, N. Ma, Z. Yu et al., "Mae Nudix hydrolase 1 yn biomarcwr prognostig mewn carsinoma hepatogellog," Aging, cyf. 12, na. 8, tt. 7363–7379, 2020.

[35] G. Vitry, R. Paulin, Y. Grobs, et al., "Mae glanhau rhagflaenwyr DNA ocsidiedig gan NUDT1 yn cyfrannu at ailfodelu fasgwlaidd mewn gorbwysedd arterial pwlmonaidd," American Journal of Resbiradol a Meddygaeth Gofal Critigol, cyf. 203, rhif. 5, tt 614–627, 2021.

[36] Y. Shen, L. Zhang, S. Piao, et al., "NUDT1: rhagfynegydd annibynnol posibl ar gyfer prognosis cleifion â charsinoma celloedd cennog y geg," Journal of Oral Pathology & Medicine, cyf. 49, na. 3, tt. 210–218, 2020.

Junwei Xie, 1,2,3,4,5 Lingang Cui, 6 Shaokang Pan, 1,2,3,4,5 Dongwei Liu, 1,2,3,4,5 Fengxun Liu,1,2,3,4 ,5 a Zhangsuo Liu 1,2,3,4,5

1 Adran Neffroleg, Ysbyty Cysylltiedig Cyntaf Prifysgol Zhengzhou, Zhengzhou 450052, Tsieina

2 Sefydliad Ymchwil Neffroleg, Prifysgol Zhengzhou, Zhengzhou 450052, Tsieina

3 Canolfan Ymchwil ar gyfer Clefyd yr Arennau, Zhengzhou, 450052 Henan, Tsieina

4 Labordy Allweddol Diagnosis Manwl a Thriniaeth ar gyfer Clefyd Cronig yr Arennau yn Nhalaith Henan, Zhengzhou 450052, Tsieina

5 Uned Graidd Canolfan Ymchwil Feddygol Glinigol Genedlaethol Clefyd yr Arennau, Zhengzhou 450052, Tsieina

6 Adran Wroleg, Ysbyty Cysylltiedig Cyntaf Prifysgol Zhengzhou, Zhengzhou 450052, Tsieina