Aflonyddiadau firysau wrinol mewn Trawsblannu Arennau

Cyswllt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-bost:audrey.hu@wecistanche.com

Mae Tara K. Sigdel et al

Mae'r microbiome dynol yn bwysig i iechyd ac mae'n chwarae rhan mewn swyddogaethau metabolaidd hanfodol ac amddiffyn rhag rhai pathogenau. I'r gwrthwyneb, mae dysbiosis y microbiome i'w weld yng nghyd-destun afiechydon amrywiol. Mae astudiaethau diweddar wedi amlygu bod cymuned ficrobaidd gymhleth sy'n cynnwys cannoedd o facteria yn cytrefu'r llwybr wrinol iach, ond ychydig a wyddys am y firysau wrinol dynol mewn iechyd a chlefydau. Gwerthuso'r firws wrinol dynol yng nghyd-destunarentrawsblannu (tx), gwerthuswyd amrywiadau yng nghyfansoddiad y virome wrinol mewn samplau wrin gan wirfoddolwyr iach arferol yn ogystal â chleifion âarenclefydwedi iddynt gael aren tx. Cynhaliwyd dadansoddiad cromatograffaeth hylif - sbectrometreg màs / sbectrometreg màs ar garfan ddethol o 142arennautx cleifion a rheolyddion iach arferol, o fiofanc mwy o 770arenbiopsi yn cyfateb i samplau wrin. Yn ogystal â dadansoddiad o wrin rheoli iach arferol, mae'r garfan oarenRoedd gan gleifion tx ddosbarthiad ffenoteip wedi'i gadarnhau gan fiopsi, a oedd yn cyd-fynd â'r sampl wrin a ddadansoddwyd, impiadau sefydlog (STA), gwrthodiad acíwt, neffritis firws BK, a neffropathi alografft cronig. Nodwyd 37 o feirysau unigryw gennym, ac mae 29 ohonynt yn cael eu nodi am y tro cyntaf mewn samplau wrin dynol. Mae cyfansoddiad y virome wrinol dynol yn amrywio o ran iechyd ac anafiadau i'r arennau, a gall amlygiad IS, diet, ac amlygiad amgylcheddol, dietegol neu groenol i amrywiol bryfleiddiaid a phlaladdwyr effeithio ymhellach ar ddosbarthiad proteinau firaol yn y llwybr wrinol.

Geiriau allweddol: arentrawsblannu, virome, wrin, proteomeg, biofarcwyr

Mae Cistanche tubulosa yn atal clefyd yr arennau, cliciwch yma i gael y sampl

RHAGARWEINIAD

Mae'r microbiome dynol wedi'i astudio'n helaeth mewn biohylifau amrywiol, megis gwaed (1), wrin (2-4), poer (5, 6), hylif serebro-sbinol (7), a lavage broncoalfeolar (8, 9), am ei ddylanwad ar iechyd ac afiechyd dynol (10). Adroddwyd sawl adroddiad ar asesu microbiomau mewn gwahanol ranbarthau o'r corff dynol gan gynnwys yr ysgyfaint a'r perfedd (11-15). Fodd bynnag, ychydig yn unig sy'n hysbys am y microbiome wrinol a'i newidiadau yng nghyd-destun anaf i'r arennau ar ôl trawsblannu aren (tx) (16, 17). Mae'r rhan fwyaf o astudiaethau microbiome dynol wedi mapio rRNA 16S ar gyfer proffilio bacteriol (18), a dim ond corff bach o ddata sy'n archwilio'r virome wrin (19, 20), ac mae un astudiaeth gyhoeddedig wedi defnyddio dilyniant cenhedlaeth nesaf i fapio cydrannau genomig firaol. yn wrin cleifion trawsblaniad aren (19).

Mae dysbiosis y microbiome yn gysylltiedig â chlefydau lluosog fel clefyd llidiol y coluddyn, canser y colon, gordewdra, a chlefyd ysgyfeiniol (21-25), ond ychydig a wyddys am newidiadau i'r virome yn hylifau'r corff dynol, megis poer, lavage broncoalfeolar, ac wrin. Cydnabyddir bod gwahanol gydrannau o'r microbiome yn cyflawni swyddogaethau hanfodol gan gynnwys biosynthesis cofactorau a fitaminau, metaboledd cyfansoddion hanfodol, ac amddiffyniad rhwystr rhag pathogenau (26-28). Gellir priodoli swyddogaethau dysbiotig ac amddiffynnol tebyg i'r virome wrin hefyd; felly, mae'n bwysig canfod cyfansoddiad y fira dynol mewn iechyd ac afiechyd. At ddibenion yr astudiaeth hon, dewisom gynnal yr astudiaethau hyn mewn wrin mewn iechyd ac yng nghyd-destun amlygiad IS ar ôl tx yr arennau, yn ystod gweithrediad yr arennau sefydlog, ac yng nghyd-destun anaf tx yr arennau. Ffocws yr astudiaeth oedd gwerthuso'r repertoire o firysau fel y'u pennwyd gan y peptidau sy'n bresennol mewn wrin dynol a'u haflonyddiadau ar ôl amlygiad IS ac achosion amrywiol anaf acíwt, cronig a heintus i'r arennau.

Mae'r microbiome yn newid dros amser ac yn cydberthyn ag amrywiaeth organeb. Gellir gwahanu dadansoddiad microbiome yn ddadansoddiad strwythurol yn seiliedig ar unedau tacsonomig gweithredol yn seiliedig ar ffylogeni dilyniant, a dadansoddiad swyddogaethol yn seiliedig ar ddilyniant metagenomeg a phroteomeg (29, 30). Gellir astudio microbiota a nodwyd mewn gwahanol glefydau ymhellach trwy amaethu, metagenomeg swyddogaethol, imiwnofflworoleuedd amlblecs a hybrideiddio in situ. Mae prosiect microbiome dynol NIH wedi cyhoeddi'r microbiome dynol mewn 15 o safleoedd corff o 300 o unigolion (31).

TRIN CLEFYD YR AREN: CISTANCHE

DEUNYDDIAU A DULLIAU

Gwerthuswyd cyfanswm o 142 o samplau unigryw o fiostorfa yn cynnwys 2016 a gasglwyd gan gydsyniad gwybodus a gymeradwywyd gan yr IRB o samplau oedolion a phediatrig o'r rhaglenni tx arennau ym Mhrifysgol Stanford a Phrifysgol California, San Francisco, rhwng samplau wrin a chafodd 770 o'r rhain eu cyd-fynd ag aren cyfatebol. blwch tx gyda histoleg patholeg ganolog yn darllen a sgoriau adran gan ddefnyddio sgema Banff safonol (32) ar gyfer sgorio tx aren yn ôl anaf (Ffigur 1). Cymeradwywyd yr astudiaeth gan Raglen Diogelu Ymchwil Dynol Prifysgol California, San Francisco. Cafodd y samplau wrin eu ffenoteipio yn seiliedig ar y patholeg bx arennau cyfatebol yn bum grŵp: rheolaeth iach (HC; n=9), impiad sefydlog (STA; n=40), gwrthodiad acíwt (AR; n {{). 7}}), neffropathi alograft cronig (CAN; n=39), a neffritis firws BK (BKVN; n=17). Cafodd wrin ei allgyrchu 2,000 ×g ar 4 gradd am 20 munud i gael gwared ar waddodion wrin. Trosglwyddwyd y supernatant trwy bilen hidlo o 10 kDa i dynnu peptidau brodorol o broteinau cyfan sy'n fwy na 10 kDa mewn maint. Yna cafodd cyfanswm y protein ei dreulio'n trypsin a dadansoddwyd y peptidau tryptig dilynol gan y platfform LC-MS (Orbitrap Velos MS). Mae'r dulliau manwl o baratoi protein a dadansoddiadau yn cael eu hadrodd mewn man arall (33).

Defnyddiwyd yr algorithm MSGF ac wedi'i deilwra a gynhyrchwyd gan ein grŵp (https://omics.pnl.gov/software/ms-gf), i chwilio sbectra MS/MS yn erbyn cronfa ddata dilyniant protein dynol cyfun a chronfa ddata firaol yr NCBI. Nodwyd peptidau i ddechrau o chwilio cronfa ddata gan gymhwyso'r meini prawf canlynol: Sbectrwm MSGF E-werth (gwerth tebygolrwydd o'r peptid i sbectrwm MS/MS yn cyfateb â'r gwerth is, y tebygolrwydd uwch o fod yn gyfatebiaeth gywir) i fod<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

CANLYNIADAU

Mae ein grŵp wedi cyhoeddi dadansoddiad manwl yn flaenorol o broteinau dynol sy’n berthnasol yn fiolegol yn y samplau wrin hyn a gasglwyd oddi wrth dderbynwyr trawsblaniadau aren â ffenoteipiau anafiadau impiad gwahanol, fel y cadarnhawyd gan histopatholeg trawsblaniad aren cyfatebol ar y biopsi, a gasglwyd ar yr un pryd â’r sampl wrin; mae'r data hwn wedi'i adneuo yn y storfa proteomig MassIVE (mynediad MSV000079262) ac yn ystorfa ProteomeXchange (mynediad PXD002761) (33). Yn yr astudiaeth hon, dim ond ar adnabod a dadansoddi proteinau firaol yn yr un garfan o gleifion trawsblaniad aren y gwnaethom ganolbwyntio, gan gynnwys hefyd samplau wrin dynol rheoli iach sy'n cyfateb i oedran a rhyw i werthuso proteinau firaol mewn iechyd ac anafiadau i'r arennau. . Mae'n bwysig nodi, o gyfanswm y proteinau dynol a firaol a ddadansoddwyd mewn wrin, mai proteinau firaol yn unig sy'n ffurfio<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

Daw'r canlyniadau a gyflwynir yn y papur hwn o fapio peptid firaol, yn wahanol i ddilyniant genomig cydrannau firaol fel yr adroddwyd gan gyhoeddiadau blaenorol (19). Fel dadansoddiad cychwynnol, rydym yn canolbwyntio ar nifer yr achosion o broteinau firaol wrinol sy'n benodol i bob ffenoteip trawsblaniad aren o STA, AR, CAN, a BKVN, a'r amrywiadau a nodwyd dros y virome wrin rheoli iach. Gwerthuswyd data protein firaol wrinol ar gyfer pob sampl ar gyfer digonedd sampl o'i gymharu â lefel gymedrig y firws hwnnw yn y boblogaeth gyfan a samplwyd. Canfuwyd, ar gyfartaledd, bod 22 y cant (ystod 4-67 y cant) o gleifion trawsblaniad aren wedi canfod gwahanol broteinau firaol yn eu wrin, heb gynnwys cleifion â BKVN, lle mae disgwyl canfod firws BK mewn wrin, gan fod y cleifion hyn yn cael haint â firws BK yn eu llwybr wrinol ac yn y trawsblaniad aren. Dangosir dosbarthiad gwahanol broteinau firaol mewn gwahanol gyflyrau anaf tx ac iechyd arferol yn y map gwres mynychder (Ffigur 2). Yn gyffredinol, nodwyd cyfanswm o 57 o broteinau firaol o 37 o feirysau unigryw, gyda llawer o'r rhain yn annisgwyl ac heb eu disgrifio o'r blaen fel "commensals" mewn wrin dynol. O'r firysau unigryw hyn, roedd 8 firws yn firysau RNA un edefyn, roedd 1 firws yn firws RNA-RT un llinyn, ac roedd 28 firws yn firysau DNA llinyn dwbl (Tabl 1). O'r 142 o gleifion, roedd gan bob claf o leiaf un protein firaol yn eu wrin, gyda chyfartaledd o 10.23 ± 4.57 o broteinau firaol/sampl.

Nifer yr achosion o Broteinau Feirysol Wrin Dynol

Roedd gan y grŵp rheoli iach a archwiliwyd 20 o broteinau firaol unigryw gyda chyfartaledd grŵp o 13.67 ± 1.32 o broteinau firaol. Roedd gan gleifion tx arennau â IS cynnal a swyddogaeth tx aren sefydlog nifer ystadegol arwyddocaol is o firysau unigryw yn y grŵp (8.08 ± 2.78; p=7e-10) o gymharu â’r garfan iach (arennau arferol swyddogaeth a system imiwnedd arferol), heb unrhyw amlygiad IS. Mae naw protein firaol newydd yn cael eu canfod yn lle hynny yn y garfan STA o'i gymharu â rheolaethau iach, sy'n perthyn i'r firysau canlynol: firws Junin, Cotesia congregata bracovirus, Agrotis segetum niwcleopolyhedrovirus, Psittacid herpesvirus 1, firws Pseudocowpow, Spodoptera frugiperda nucleopolyhedroviruses lluosog, firws y Siapaneaidd lluosog niwcleopolyhedroviruses, Firws brith Cowpea, a nucleopolyhedrovirus sengl Helicoverpa zea. Mae anaf i'r arennau ar ôl tx (er gwaethaf amlygiad IS parhaus), yn arwain at gynnydd cyffredinol yn nifer y proteinau firaol unigryw dros y garfan STA tx, gyda chynnydd sylweddol mewn proteinau firaol wrin yn y grŵp cleifion CAN (11.46 ± 3.52; p {{ 3.52); p {{ 16}}e-10), a'r grŵp cleifion BKVN (15.76 ± 5.65; p=13.7e-10). Mae'n ymddangos bod y repertoire o broteinau firaol wrin yn eithaf gwahanol mewn gwahanol gategorïau anaf tx (Ffigur 3). Mae nifer yr achosion o broteinau firaol BKV mewn wrin yn cynyddu i 60-70 y cant mewn AR, 70-80 y cant mewn cleifion yn CAN, a 100 y cant mewn cleifion â BKVN (Ffigur 2) sy'n tynnu sylw at y ffaith y gall cynnydd yn helaethrwydd firws BK yn yr wrin arwain at hynny. o ychwanegu at GG, fel y gwelir yn y categori AR, a chyda mwy o amser post-tx, fel y gwelir yn y categori CAN. Mae samplau wrin BKVN yn dangos y gwahaniaeth mwyaf posibl o broteinau firaol wrinol, yn ôl y disgwyl. Nid yw pedwar protein firaol sy'n gyson bresennol ym mhob sampl arall, gan gynnwys rheolaethau iach arferol (feirws Canarypox, firws Tacaribe, firws Simian 12, firws Acidianus filamentous 8), bellach yn cael eu harsylwi yn y garfan BKVN. Gan fod BKV yn firws DNA, fe wnaethom archwilio a yw'r newidiadau yn y virome wrinol yn ymwneud yn bennaf ag ymddangosiad firysau DNA newydd yn BKVN. Dim ond yn y garfan BKVN y nodir pum protein firaol newydd (Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus, Fowl adenovirws D, firws syndrom Taura, firws iridescent di-asgwrn-cefn 6, herpesvirus Gallid 2). Roedd 4/5 o feirysau carfan BKVN yn feirysau DNA dwbl (Tabl 1).

Digonedd o Broteinau Feirysol Wrin Dynol

Nesaf, gwnaethom werthuso'r doreth o wahanol broteinau firaol ar draws yr holl gleifion tx a samplau wrin HC. Ymhlith y 37 o feirysau unigryw a archwiliwyd, y firysau canlynol oedd y mwyaf niferus mewn cleifion STA IS (Firws Acidianus filamentous 8, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, BK polyomavirus, firws Canarypox, bracovirus Cotesia congregata, firws brith Cowpea, feirws gorgyffwrdd Glossina pallidipes, chwarren salivary, firws Simian 12, firws Tacaribe), a mwy o helaethrwydd y Marsellavirus i'w gweld yn CAN a BKVN. Er gwaethaf heintiad mewnol gyda'r firws BKV mewn cleifion BKVN, rydym yn sylwi bod lefelau isel o'r firws BK hefyd yn cael eu canfod ym mhob categori tx a archwiliwyd a rheolaethau iach, yn debygol gan fod y firws BK yn gymesur wrin dynol arferol, gyda'i ddyfalbarhad yn yr uroepitheliwm dynol. ar lefelau isel ym mron pob claf HC a tx aren nid yw'n annisgwyl.

TRIN CLEFYD YR AREN: CISTANCHE

TRAFODAETH

Mae astudiaeth o rôl y microbiome mewn trawsblannu organau (13, 17, 34) yn ystyried effaith cymeriant bwyd, treuliad, metaboledd, a modiwleiddio; fodd bynnag, mae dysbiosis microbiota oherwydd y meddyginiaethau tx ac IS yn ffactor sy'n cyfrannu at ostyngiad yn y prif ficrobau sylfaenol a hefyd yn arwain at golli amrywiaeth cyffredinol, ac ymddangosiad ychydig o boblogaethau microbaidd trechol newydd (35). Canfyddiad diddorol iawn o’r astudiaeth hon yw mai dim ond 8 o’r 37 firws a nodwyd yn y set ddata hon sydd wedi’u disgrifio’n flaenorol mewn bodau dynol, ac mae llawer o’r rhain hefyd wedi’u disgrifio fel rhai pathogenig. Mae heintiau dynol wedi'u disgrifio gyda rhai o'r firysau a nodwyd, sy'n awgrymu y gallai eu presenoldeb mewn wrin fod yn gysylltiedig â pathogenesis anaf systemig cyffredinol neu anaf arennol sylfaenol. Gall haint firws Junin (arenafeirws) arwain at glefyd dynol clinigol sy'n cynnwys twymyn, yn ogystal ag endid a elwir yn dwymyn hemorrhagic yr Ariannin (36). Mae firws Tacaribe yn arenafeirws a all hefyd achosi twymynau dynol a chlefyd hemorrhagic (36). Mae'r firws HHV-6 yn firws cyffredin iawn mewn plant ac mae'n achosi twymyn, dolur rhydd a brechau (37). Mae rhinofeirysau yn firysau RNA un-sownd sef yr asiant mwyaf heintus mewn bodau dynol a'r tramgwyddwr mwyaf tebygol ar gyfer yr annwyd cyffredin (38). Mae firws clorella arwyneb Acanthocystis 1 wedi bod mewn 44 y cant o fodau dynol iach (39) a dim ond wedi'i ddisgrifio yn yr oropharyncs ac nid yw'n hysbys ei fod yn bathogenaidd i bobl. Mae firws Marseille yn firws DNA mawr niwcleocytoplasmig sydd wedi'i ddisgrifio yng ngwaed a stôl cleifion â lymffadenopathi anfebrile (40).

Mae firws SV40 yn polyomafeirws DNA a gyflwynwyd yn ôl pob tebyg i'r boblogaeth ddynol trwy frechlynnau halogedig (41) ac mae heintiad â'r firws hwn yn aml yn cael ei gyd-heintio â haint firws BK, gan fod hwn bron yn ganfyddiad amrywiol yn y boblogaeth tx. Mae astudiaethau diweddar hefyd wedi amlygu rôl haint cronig SV40 gyda chanserau dynol (42). Mae gwrthgyrff yn erbyn antigen T SV40 yn croes-adweithio ag antigenau T firysau BK a JC, sydd i gyd yn y teulu polyomafeirws, a defnyddir y staen SV40 i wneud diagnosis o haint firws BK yn BKVN. Gwelir amlygiad firws BK, yn yr aren, mewn 90 y cant o'r boblogaeth arferol, ac mae ein data'n awgrymu bod gan y firawm wrinol olion o broteinau firaol BK yn yr holl reolaethau iach a samplwyd.

Gwelir atgynhyrchu firws BK mewn 10-60 y cant o gleifion tx aren y disgrifiwyd eu bod yn gollwng firws BK yn eu wrin, a gadarnheir gan ein data (Ffigur 2). Mae firws BK yn gudd mewn celloedd epithelial tiwbaidd arennol a gwyddys bod ei gyffredinrwydd yn cynyddu camweithrediad imiwnedd ac amlygiad imiwnedd (43). Yn yr astudiaeth hon, ni allem nodi unrhyw wahaniaethau virome-benodol wrinol a allai wahaniaethu rhwng y grwpiau AR a BKVN, er bod y cyflyrau hyn yn wahanol yn imiwnolegol ac yn gofyn am ddulliau triniaeth gwahanol iawn, hy, lleihau imiwnedd yn BKVN a mwy o imiwnedd mewn AR. Cadarnhawyd y categori AR ac roedd staen SV40 negyddol yn y meinwe blwch a archwiliwyd. Serch hynny, mae'r data hwn yn awgrymu y gallai canfod BKVN gael ei dan-adrodd mewn cleifion tx arennau, a gall newidiadau histolegol fod yn dameidiog gan arwain at danddiagnosis o glefyd BKVN.

O'r 19 firws sy'n weddill nad ydynt wedi'u disgrifio o'r blaen mewn bodau dynol, nodwyd bod y canlynol yn cael eu defnyddio fel plaladdwyr/pryfleiddiaid (E. obliqua nucleopolyhedrovirus, Euproctis pseudoconspersa nucleopolyhedrovirus, Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, H. zea nucleopolyhedrovirus). Bwriedir i blaladdwyr sy’n cael eu defnyddio ym maes iechyd y cyhoedd gyfyngu ar y potensial ar gyfer y clefyd ond gwyddys eu bod yn gwneud eu ffordd i feinweoedd dynol/hylifau corfforol os na chânt eu trin yn briodol a bod dietau organig yn cyfyngu ar nifer y plaladdwyr mewn wrin plant (44, 45) . Mae dod o hyd i'r proteinau firaol hyn mewn samplau wrin dynol yn codi cwestiwn ynghylch amlygiad amgylcheddol i'r halogion posibl hyn sydd heb eu darganfod o'r blaen.

Mae'r canfyddiad o 100 y cant o fynychder rhai firysau yn unig yn y grŵp rheoli iach yn awgrymu bod yna gymesuredd firaol a allai fodoli naill ai heb niwed neu y gellir hyd yn oed eu damcaniaethu i gynorthwyo gydag addasu imiwnedd. Gall dadansoddiad coed ffylogenetig o'r firysau hyn fod yn ddiddorol, gan fod rhai firysau fel bacteriophages yn chwarae rhan bwysig mewn iechyd trwy gael gwared ar facteria pathogenig a helpu i hybu imiwnedd cynhenid ​​(16). Gall gostyngiad yn y firysau amddiffynnol neu ffagau arwain at fwy o facteria ymlediad a welir yng nghyd-destun IS ar ôl tx aren. Gall dilyniant metagenomig o'r rhywogaethau firaol newydd a geir mewn cleifion tx o dan IS nodi a yw amlygiad IS wedi newid patrymau ymwrthedd neu wrthiant rhai o'r firysau, yn enwedig y rhai sy'n fwy tueddol o yrru llid ac imiwnedd (16). Dangoswyd bod triniaeth nanoronynnau arian yn lleihau poblogaethau firaol a bacteriol perfedd sy'n llidiol (46). Gall microbiomau mucinoffilig fod yn fwy tueddol o ddarparu imiwnedd amddiffynnol nad yw'n lletywr, a gall colli unrhyw feirysau/microbau eosinoffilig ag IS hefyd fod yn sbardun i'r risg uwch o systitis a heintiau llwybr wrinol a welir mewn cleifion ar ôl tx.

Mae'r microbiome yn croestorri â chyflyrau iechyd a chlefydau. Mae'r darganfyddiad newydd o nifer fawr o firysau a ddefnyddir fel plaladdwyr / pryfleiddiaid yn ganfyddiad syfrdanol. Mae nodi firysau na ddisgwylir iddynt fod yn bresennol yn yr wrin yn awgrymu bod posibilrwydd y byddant yn dod i mewn i systemau'r corff trwy lyncu (halogi bwyd, dŵr, neu ddiodydd eraill fel llaeth) neu amsugno croen (ee golchi dwylo'n amhriodol). Yn wir, yn ôl y gyfraith ffederal, mae gweddillion bach o blaladdwyr / halogiad pryfleiddiad mewn bwyd dynol yn cael ei gydnabod a'i dderbyn (41, 47), er nad oes neb hyd yma wedi archwilio eu presenoldeb mewn wrin. Mae hefyd yn bosibl bod y firysau hyn yn cytrefu neu'n ymledu i'r llwybr wrinol trwy heintiad esgynnol, yn enwedig yng nghyd-destun IS mewn claf tx aren, lle mae amddiffyniad imiwnedd y gwesteiwr wedi'i ostwng.

Bydd dilysu'r canlyniadau hyn ymhellach trwy werthuso'r repertoire virome dynol mewn gwahanol garfannau daearyddol a demograffig o gleifion ag achosion gwahanol o anaf i'r arennau yn nodi'n well a yw'r repertoire penodol o broteinau firaol a welwyd yn yr astudiaeth hon yn benodol i glaf, eu daearyddiaeth, eu demograffeg, neu'r isdeip clefyd yr arennau. Gall astudiaethau dilysu ychwanegol gan brofion PCR firaol wrin ddarparu ar gyfer asesiad cyflym o effaith glinigol y firysau hyn mewn carfannau anafiadau arennau eraill. Yn ddiddorol, yn y repertoire o peptidau firaol a nodwyd, ni wnaethom arsylwi unrhyw phages. Priodolir hyn i'r fethodoleg a ddefnyddir ar gyfer paratoi peptidau o uwchnatur wrin, nad yw'n dal bacteria (sy'n cael eu peledu allan), y llu o firysau phage (48). Nid oedd yr adroddiad virome yn seiliedig ar ddadansoddiad dilyniant DNA ychwaith yn nodi ffagau yn yr adroddiad cyhoeddedig (19). Mae'r astudiaeth virome wrin a ddefnyddiodd ynysu bacterioffag wedi'i buro gan ddefnyddio graddiant dwysedd cesiwm clorid wedi nodi nodi phages (20). Mae'r erthyglau hyn i gyd yn cefnogi bod y fethodoleg o baratoi sampl yn dylanwadu ar y canfyddiadau yn y pen draw.

Mae cytrefiad, ymwrthedd, ac ecoleg ficrobaidd wedi'u disgrifio a'u hastudio'n dda yng nghyd-destun heintiau microbaidd (49), a dangoswyd bod triniaeth wrthfiotig (yng nghyd-destun trin heintiau yn yr anifeiliaid sy'n ffurfio cynhyrchion bwyd neu fel rhan o'r proffylacsis gwrthfeirysol ar gyfer cleifion tx yn y 3-6 mis cyntaf ar ôl tx) yn dileu llawer o rywogaethau bacteriol a firaol cymesurol o'r perfedd a hylifau eraill y corff ac yn lleihau amddiffyniad gwrthficrobaidd (50). Mae cytrefu gan ficrobiota mewn bywyd cynnar yn siapio'r system imiwnedd ac yn creu ffenestr o gyfle ar gyfer cyflwr homeostatig, a all gyfrannu at lid, os caiff ei amharu, yng nghyd-destun tx ac IS. Efallai y bydd dulliau meddygaeth fanwl yn y dyfodol am addasu therapi o ddull "sy'n canolbwyntio ar ficrobiota" a "llety-ganolog" at feddygaeth fanwl. Tan yn ddiweddar, nid ydym wedi talu llawer o sylw i'r microbiome bwyd a'r ddealltwriaeth y gall llawer o heintiau sy'n dod i'r amlwg gael eu fectoru gan fwydydd. Ymdrechion presennol i ddatblygu offeryn tracio metagenom a fydd yn gwerthuso effaith gwahanol heintiau - bacteriol, firaol, a ffwngaidd a'u holion bysedd yng nghyd-destun y bwyd yr ydym yn ei fwyta, a allai gael ei ddylanwadu gan dymheredd amgylchynol, carfan anifeiliaid oherwydd goroesiad gwael, ac arferion amaethyddol yn cynnwys trin pridd (mae triniaeth methyl bromid o bridd fel plaladdwr yn arwain at gynnydd enfawr mewn rhywogaethau Bacillus), ffynonellau dŵr [llwythi microbaidd gwahanol mewn pwll yn erbyn dŵr ffynnon (51)], geneteg cyltifar planhigion bwyd sy'n gall arwain at newid amddiffyniad planhigion i ficrobau, planhigion a phlaladdwyr (51). Gall lipoproteinau firaol a bacteriol fod yn gyfrifol am briodweddau imiwn-modulatory, ac mae astudiaethau diweddar hefyd yn awgrymu rôl ar gyfer rhyngweithio imiwnedd cynhenid ​​​​ar gyfer rheoleiddio amrywiaeth microbiomau a rheoli haint, yn ôl llinachau celloedd penodol fel celloedd T invariant mwcosol (celloedd MAIT). Felly, bydd astudiaethau ychwanegol sy'n canolbwyntio ar achosion amrywiaeth microbaidd meinweoedd dynol a'i effaith ar lid ac ymatebion imiwn yn hollbwysig i'w cynnal fel rhan o ymchwil yn y dyfodol.

TRIN CLEFYD YR AREN: CISTANCHE

DATGANIAD MOESEG

Casglwyd yr holl samplau astudiaeth gan dderbynwyr pediatreg ac oedolion ifanc a drawsblannwyd rhwng y blynyddoedd 2000 a 2011 yn Ysbyty Plant Lucile Packard ym Mhrifysgol Stanford. Cymeradwywyd yr astudiaeth gan bwyllgorau moeseg Ysgol Feddygol Prifysgol Stanford a Chanolfan Feddygol UCSF. Darparodd yr holl gleifion sy'n oedolion a rhieni/gwarcheidwaid cleifion nad ydynt yn oedolion ganiatâd gwybodus ysgrifenedig i gymryd rhan yn yr ymchwil, gan gadw'n llawn at Ddatganiad Helsinki.

CYFRANIADAU AWDUR

Cymerodd MS a TS ran yn y gwaith o gynllunio'r astudiaeth; Cymerodd SN, TS, NM, ac MS ran yn y gwaith o ysgrifennu'r erthygl a dehongli'r canlyniadau; Perfformiodd NM y dadansoddiadau ystadegol a'r gwerthusiad o'r canlyniadau; Cynhyrchodd a phroseswyd y data crai gan CN, KB-J, a W-JQ.

CYLLID

Rydym yn cydnabod cefnogaeth gan Brifysgol California, San Francisco. Mae'r awduron yn cydnabod y cymorth ariannol gan NIDDK R01DK083447 (i MS), DP3 DK110844 (W-JQ), a P41 GM103493 (W-JQ).

TRIN CLEFYD YR AREN: CISTANCHE

CYFEIRIAD

1. Potgieter M, Bester J, Kell DB, Pretorius E. Y microbiome gwaed segur mewn clefydau cronig, llidiol.FEMS Microbiol Parch(2015) 39(4):567–91. doi:10.1093/benyw/fuv013

2. Zhang Y, Zhao F, Deng Y, Zhao Y, Ren H. Dadansoddiad metagenomig a metabolomig o effeithiau gwenwynig y microbiome perfedd a achosir gan dri-cloroacetamid ac aflonyddwch metabolome wrin mewn llygod.J Proteome Res(2015) 14(4):1752–61. doi: 10.1021/pr5011263

3. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Marchesi JR, et al. Y microbiome wrinol dynol; DNA bacteriol mewn wrin gwag o oedolion asymptomatig.Blaen Cell Heintio Microbiol(2013) 3:41. doi: 10.3389/fcimb.2013.00041

4. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, et al. Mae dilyniannu cenhedlaeth nesaf integredig o 16S rDNA a metaproteomeg yn gwahaniaethu'r microbiome wrin iach o facteria asymptomatig mewn pledren niwropathig sy'n gysylltiedig ag anaf i fadruddyn y cefn.J Cyfieithiad Med(2012) 10:174. doi:10.1186/1479-5876-10-174

5. Lim Y, Totsika M, Morrison M, Punyadeera C. Mae dulliau casglu neu brotocolau echdynnu DNA yn effeithio cyn lleied â phosibl ar broffiliau microbiome poer.Sci Cynrychiolydd(2017) 7(1):8523. doi: 10.1038/s41598-017-07885-3

6. Nasidze I, Quinque D, Li J, Li M, Tang K, Stoneking M. Dadansoddiad cymharol o amrywiaeth microbiomau poer dynol trwy ddulliau pyrosequencing a chlonio cod bar.Rhefrol Biocemeg(2009) 391(1):64–8. doi:10.1016/j.ab.2009.04.034

7. Wang Y, Kasper LH. Rôl y microbiome mewn anhwylderau'r system nerfol ganolog.Ymenydd Bihav Imiwn(2014) 38:1–12. doi:10.1016/j.bbi.2013.12.015

8. Lee SH, Sung JY, Yong D, Chun J, Kim SY, Song JH, et al. Nodweddu'r microbiome mewn hylif lavage broncoalfeolar cleifion â chanser yr ysgyfaint o'i gymharu â briwiau anfalaen tebyg i fàs.Ysgyfaint Canser(2016) 102:89–95. doi:10.1016/j.lungcan.2016.10.016

9. Twigg HL III, Morris A, Ghedin E, Curtis JL, Huffnagle GB, Crothers K, et al. Defnyddio lavage broncoalfeolar i asesu'r microbiome anadlol: signal yn y sŵn.Lancet Anadlu Med(2013) 1(5):354–6. doi:10.1016/S2213-2600 (13)70117-6

10. Consortiwm Prosiect Microbiomau Dynol. Fframwaith ar gyfer ymchwil microbiomau dynol.Natur(2012) 486(7402):215–21. doi: 10.1038 / natur 11209

11. Kroemer A, Elsabbagh AC, Matsumoto CS, Zasloff M, Fishbein TM. Y microbiome a'i oblygiadau wrth drawsblannu berfeddol.Curr Barn Organ Trawsblannu(2016) 21(2):135–9. doi: 10.1097/MOT.0000000000000278

12. Weber D, Oefner PJ, Hiergeist A, Koestler J, Gessner A, Weber M, et al. Mae lefelau isel o sylffad indocsyl wrinol yn gynnar ar ôl trawsblaniad yn adlewyrchu microbiom a aflonyddwyd ac maent yn gysylltiedig â chanlyniad gwael.Gwaed(2015) 126(14):1723–8. doi:10.1182/gwaed-2015-04-638858

13. Vindigni SM, Surawicz CM. Microbiome y perfedd: chwaraewr clinigol arwyddocaol mewn trawsblannu?Arbenigwr Parch Clin Imiwnol(2015) 11(7):781–3. doi:10.158 6/1744666X.2015.1043894

14. Becker J, Poroyko V, Bhorade S. Microbiome yr ysgyfaint ar ôl trawsblannu ysgyfaint.Arbenigwr Parch Anadlu Med(2014) 8(2):221–31. doi:10.1586/17476348.20 14.890518

15. Hartman AL, Lough DM, Barupal DK, Fiehn O, Fishbein T, Zasloff M, et al. Mae microbiome perfedd dynol yn mabwysiadu cyflwr amgen yn dilyn trawsblaniad coluddyn bach.Proc Natl Acad Sci U S A(2009) 106(40):17187–92. doi:10.1073/pnas.0904847106

16. Mae Rani A, Ranjan R, McGee HS, Andropolis KE, Panchal DV, Hajjiri Z, et al.Urinary microbiome o gleifion trawsblaniad aren yn datgelu dysbiosis gyda photensial ar gyfer ymwrthedd i wrthfiotigau.Cyfieithiad Res(2017) 181:59–70. doi: 10.1016/j. trsl.2016.08.008

17. Fricke WF, Maddox C, Cân Y, Bromberg JS. Nodweddu microbiota dynol yn ystod trawsblannu arennau.Yn J Trawsblannu(2014) 14(2):416–27. doi:10.1111/ajt.12588

18. Lee JR, Muthukumar T, Dadhania D, Toussaint NC, Ling L, Pamer E, et al. Strwythur cymuned microbaidd y perfedd a chymhlethdodau ar ôl trawsblannu aren: astudiaeth beilot.Trawsblannu(2014) 98(7):697–705. doi: 10.1097/ TP.0000000000000370

19. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Metwally A, Hajjiri Z, Brennan DC, et al. Mae virome amrywiol mewn cleifion trawsblaniad aren yn cynnwys isdeipiau firaol lluosog gydag amryffurfeddau gwahanol.Sci Cynrychiolydd(2016) 6:33327. doi: 10.1038/srep33327

20. Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. Mae'r virome wrin dynol yn gysylltiedig â heintiau llwybr wrinol.Blaen Microbiol(2015) 6:14. doi:10.3389/fmicb.2015.00014