Meta-ddadansoddiadau Nodi Methylation DNA sy'n Gysylltiedig â Gweithrediad a Niwed yr Arennau

edmund.chen@wecistanche.com

Cronigclefyd yr arennauyn faich mawr ar iechyd y cyhoedd. Mae'r gymhareb albwmin-i-creatinin wrinol uchel yn fesur oniwed i'r arennau,ac yn cael ei ddefnyddio i wneud diagnosis a llwyfannu cronigclefyd yr arennau. Ymestyn y wybodaeth am fecanweithiau rheoleiddio sy'n ymwneud âswyddogaeth yr arennaua chlefyd, cynhaliom astudiaeth cymdeithas epigenom-eang yn y gwaed ar gyfer cyfradd hidlo glomerwlaidd amcangyfrifedig (n=33,605) a chymhareb albwmin-i-creatinin wrinol (n=15,068) a chanfuwyd 69 a saith safle CpG lle'r oedd methylation DNA yn gysylltiedig â'r nodwedd briodol. Roedd y mwyafrif o'r canfyddiadau hyn yn dangos cysylltiadau cyfeiriadol cyson â chanlyniadau clinigol cronig priodolclefyd yr arennauac albwminwria wedi cynyddu'n gymedrol. Cymdeithasau methylation DNA âswyddogaeth yr arennau, megis CpGs yn JAZF1, PELI1 a CHD2 eu dilysu ynmeinwe arennau. Nododd methylation yn PHRF1, LDB2, CSRNP1 ac IRF5 effeithiau achosol arswyddogaeth yr arennau. Datgelodd dadansoddiadau cyfoethogi lwybrau yn ymwneud â hemostasis a mudo celloedd gwaed ar gyfer cyfradd hidlo glomerwlaidd amcangyfrifedig, ac actifadu celloedd imiwnedd ac ymateb ar gyfer CpGs sy'n gysylltiedig â chymhareb albwmin-i-creatinin wrinol.

Geiriau allweddol:clefyd yr arennau; niwed i'r arennau; swyddogaeth yr arennau; meinwe arennau; strwythur yr arennau

cronigclefyd yr arennau(CKD) yn faich iechyd cyhoeddus mawr. Mae'n effeithio ar fwy na 10 y cant o oedolion ledled y byd a mwy na 40 y cant o bobl 70 oed a hŷn1,2. Mae CKD yn un o brif achosion marwolaethau ledled y byd3, ac mae'n cyfrannu'n fawr at afiachusrwydd a marwolaethau cardiofasgwlaidd2,4,5. Diffinnir CKD fel presenoldeb parhaus annormaleddau oarenstrwythur neu swyddogaeth. Mae'rswyddogaeth yr arennauy mesurau a ddefnyddir amlaf yw'r gyfradd hidlo glomerwlaidd, a amcangyfrifir fel arfer o grynodiadau creatinin serwm (eGFR), a'r gymhareb albwmin-i-creatinin wrinol (UACR)6. Mae UACR uchel yn fesur oniwed i'r arennau, a ddefnyddir i ddiagnosio a llwyfannu CKD7, ac mae'n gysylltiedig â diabetig a gorbwyseddclefyd yr arennau8. Mae hyd yn oed UACR cymedrol uchel yn ffactor risg ar gyfer clefydau cardiofasgwlaidd, yn annibynnol ar eraillswyddogaeth yr arennau markers such as eGFR9. Familial aggregation studies of CKD and eGFR revealed a substantial heritable component of up to 54%9–11. Only a small part of this heritability is attributed to classical monogenic diseases. Rather, CKD susceptibility is influenced by DNA sequence variants in many genes, environmental factors, and their interactions. Genome-wide association studies (GWAS) have successfully identified common variants at >400 o loci genetig sy'n gysylltiedig âswyddogaeth yr arennau10,12,13. Mae'r amrywiadau mynegai ar loci hysbys sy'n gysylltiedig ag eGFR yn esbonio amcangyfrif o 8.9 y cant o amrywiant eGFR12.Fe wnaeth meta-ddadansoddiad GWAS diweddar o ranbarthau cromatin agored integredig eGFR gyda setiau bach o amryffurfedd niwcleotid sengl (SNPs)10. Mae canlyniadau'r astudiaeth hon yn cefnogi pwysigrwydd rheoleiddio trawsgrifiadol diwygiedig fel mecanwaith sy'n cyfrannu at CKD. Ymchwilio i methylation DNA, mewn perthynas âswyddogaeth yr arennau, mae astudiaethau cymdeithas epigenom-eang (EWAS) o eGFR a CKD wedi'u cynnal. Fel rheolydd trawsgrifio allweddol y gellir ei asesu mewn modd cost-effeithlon a thrwybwn uchel, astudiwyd methylation DNA mewn safleoedd CpG (CpGs) gyda datrysiad un sylfaen. Yn flaenorol, cynhaliom EWAS yn cynnwys 4859 o oedolion o ddwy astudiaeth yn seiliedig ar boblogaeth a nodwyd 18 o safleoedd methylated gwahaniaethol wedi'u dilysu mewn gwaed cyfan sy'n gysylltiedig ag eGFR14. Er bod yr astudiaeth hon yn datgelu mewnwelediadau i fecanweithiau rheoleiddio genynnau oarenswyddogaeth, eglurodd y CpGs cysylltiedig dim ond 1.2 y cant o'r amrywiant eGFR. Roedd astudiaethau blaenorol eraill yn canolbwyntio ar gleifion CKD a/neu gleifion â diabetes neu gleifion â haint Feirws Imiwnoddiffygiant Dynol, neu wedi'u cyfyngu gan faint sampl bach, diffyg atgynhyrchu, addasiad coll ar gyfer dryswyr posibl, neu gyfuniad o hynny14-19. Roedd astudiaethau eraill yn canolbwyntio ar batrymau methylation DNA o ddiabetigclefyd yr arennau(DKD) cleifion 20–22.

BYDD CISTANCHE YN GWELLA CLEFYD YR AREN/ARENAU

Yma, fe wnaethom gynnal EWAS oswyddogaeth yr arennaunodweddion i nodi CpGs ychwanegol yn ymwneud â mecanweithiau rheoleiddio genynnau a allai fod yn bwysig i CKD. Estynnwyd yr hen EWAS ar gyfer eGFR a CKD drwy gynyddu maint y sampl yn sylweddol i 33,605 o unigolion. Ar ben hynny, fe wnaethom gynnwys UACR ac albwminwria cymedrol uwch (microalbuminuria) fel nodweddion ychwanegol. Cynhaliwyd yr EWAS mewn astudiaethau sy'n seiliedig ar boblogaeth yn bennaf yn addasu ar gyfer rhyw, oedran, diabetes, gorbwysedd, mynegai màs y corff (BMI), statws ysmygu, a'r cyfrannau celloedd gwaed gwyn mwyaf niferus. Fe wnaethom ailadrodd ein canlyniadau EWAS mewn samplau ar wahân, cysylltu'r safleoedd CpG â lefelau mynegiant genynnau mewn meinweoedd gwahanol, cymhwyso'r canfyddiadau i ganlyniadau clinigol, ac asesu achosiaeth rhwng methylation DNA aswyddogaeth yr arennau(Atodol Ffig. 1).

Canlyniadau

Astudiwch nodweddion sampl. Yn yr ymchwiliad hwn, cyfrannodd 36 o astudiaethau gyda chyfanswm o 33,605 o gyfranogwyr at EWAS o eGFR a 15,068 i EWAS o UACR. Dangosir eu nodweddion cyfun yn Nhabl 1, a darperir y disgrifiadau astudiaeth unigol yn Data Atodol 1 a 2.

EWAS o eGFR ac UACR.Buom yn ymchwilio i gysylltiadarennodweddion gyda methylation DNA yn y gwaed ar hyd at 441,870 CpGs, gorgyffwrdd CpGs a gwmpesir gan yr Illumina MethylationnEPIC BeadChip a'r Illumina HumanMethylation450 BeadChip Arae, a ddefnyddiwyd ar gyfer mesur gan bob astudiaeth ond un (Data Atodol 3). Perfformiodd pob astudiaeth lanhau data arae a chymhwyso sgriptiau a ddatblygwyd yn ganolog ar gyfer paratoi'rarengwerthoedd nodwedd, a oedd wedyn yn gysylltiedig â methylation DNA gan ddefnyddio modelau atchweliad llinol wedi'u haddasu â chovariate gyda gwerthoedd methylation fel y newidyn dibynnol yn dilyn protocolau astudio a ragnodwyd (gweler Dulliau). Ni welsom unrhyw chwyddiant, os o gwbl, mewn EWAS astudiaeth-benodol (chwyddiant cymedrig eGFR=1.00, chwyddiant cymedrig UACR=1.{7}}, Data Atodol 1 a 2). Mewn EWAS traws-ethnig aml-newidyn wedi'i addasu, roedd 69 CpGs wedi'u cysylltu'n sylweddol ag eGFR ac wedi'u hailadrodd (Ffig. 1A, Data Atodol 4, gweler Methods), gan gynnwys rhai a adroddwyd yn flaenorol14. Roedd y safleoedd a ddyblygwyd yn dangos patrwm clir o methylation is (60 CpGs, Pbinom=2.2E -10; Ffig. 1 A).

Ffig. 1 Canlyniadau EWAS eGFR ac UACR. Plotiau Chicago o ganlyniadau astudiaeth cymdeithas epigenome-eang (EWAS) ar gyfer cyfradd hidlo glomerwlaidd amcangyfrifedig (eGFR) (A) a chymhareb albwmin-i-creatinin wrinol (UACR) (B) gan ddefnyddio'r sampl darganfod ac atgynhyrchu cyfun. Mae'r safleoedd yn cael eu trefnu yn ôl eu safle cromosomaidd ar yr echelin-x, gyda'u -log10-gwerth P o'r cysylltiad Wald-prawf yn cael ei ddarparu ar yr echelin-y. Mae CpGs sy'n cydberthyn yn gadarnhaol â'r nodwedd yn cael eu plotio yn y rhan uchaf, safleoedd â chydberthynas negyddol yn y rhan isaf. Mae'r llinellau llorweddol doredig yn cynrychioli lefel yr arwyddocâd (gwerth P < 1.1e−7).="" mae="" safleoedd="" atgynhyrchiadau="" newydd="" wedi'u="" lliwio="" mewn="" oren,="" mae="" safleoedd="" sydd="" wedi'u="" dyblygu="" hysbys="" wedi'u="" lliwio="" mewn="" gwyrddlas,="" a="" safleoedd="" a="" oedd="" yn="" gysylltiedig="" hefyd="" â'r="" nodwedd="" ddeuaidd="" berthnasol="">clefyd yr arennau[CKD]/ microalbwminwria [MA]) wedi'u marcio â chroes.

Yn y meta-ddadansoddiad, sylwyd ar y gwerthoedd P isaf ar gyfer cymdeithasau eGFR hysbys gan gynnwys cg17944885 (ZNF788,=−1.75E−04, P-value=8.7E -41), cg23597162 (JAZF1). ,=−1.48E−04, gwerth-P=3.2E−24), a cg06158227 (ZSCAN29,=−1.08E−04, P-value=8 .7E−20)14, ac yna darganfyddiad newydd yn cg20777437 (CDCP2,=−8.28E−05, gwerth P=1.1E−17). Esboniodd y 69 CpG a oedd yn gysylltiedig ag eGFR yn unig 15.7 y cant o'r amrywiad eGFR mewn sampl astudiaeth ar wahân o 1888 o gyfranogwyr (gweler Dulliau). Wrth ychwanegu'r holl govariates (rhyw, oedran, diabetes, pwysedd gwaed uchel, BMI, ysmygu, a chyfrannau celloedd gwaed gwyn) i'r model cymdeithasu, cynyddodd cyfanswm cyfran yr amrywiant a eglurwyd yn eGFR i 36.3 y cant, gydag amrywiad o 2.4 y cant wedi'i briodoli i'r 69 CpGs yn annibynnol ar y covariates eraill.

Yn y dadansoddiad traws-ethnig o UACR, roedd saith CpG wedi'u cysylltu'n sylweddol a'u hailadrodd (Ffig. 1 B, Data Atodol 5, gweler Dulliau). O'r canfyddiadau, cg18181703 (SOCS3,=−2.58E−03, P-value=2.6E−13) a cg02711608 (SLC1A5,=−1.63 E−03, gwerth-P=9.9E−13) oedd â'r gwerthoedd-P cysylltiad meta-ddadansoddi lleiaf. Mewn chwech o'r saith CpG, roedd methylation is yn gysylltiedig ag UACR uwch. Oherwydd nifer y safleoedd a ddyblygwyd, roedd pŵer y prawf binomaidd yn gyfyngedig (6 CpGs, pbinom=0.13; Ffig. 1B). Esboniodd y CpGs a atgynhyrchwyd 3.9 y cant a'r model llawn 14.6 y cant o'r amrywiad mewn lefelau UACR, gyda 0.07 y cant wedi'i briodoli i'r CpGs yn annibynnol ar y covariates eraill.

Roedd gorgyffwrdd isel rhwng y EWAS a atgynhyrchwyd a loci GWAS a adroddwyd yn flaenorol ar gyfer eGFR (gorgyffwrdd=10 allan o 69; Data Atodol 4) ac UACR (gorgyffwrdd=1 allan o 7; Data Atodol 5). Nid oedd gorgyffwrdd o CpGs wedi'u hailadrodd rhwng eGFR ac UACR, sy'n dangos proffiliau methylation DNA nodwedd-benodol yn y gwaed. Hyd yn oed ymhlith y cysylltiadau awgrymog 967 a 270 (gwerth P < 1e="" -="" 05)="" o="" feta-ddadansoddiad="" sampl="" darganfod="" ac="" atgynhyrchu="" cyfun="" ar="" gyfer="" egfr="" ac="" uacr,="" yn="" y="" drefn="" honno,="" dim="" ond="" 10="" safle="" oedd="" yn="" gorgyffwrdd="" rhwng="" y="" ddau="" nodwedd.="" darperir="" canlyniadau="" manwl="" y="" meta-ddadansoddiadau="" hyn="" ar="" gyfer="" pob="" cysylltiad="" awgrymiadol="" yn="" nata="" atodol="" 6="" (egfr)="" a="" 7="">Achau heterogenedd a chadernid y canfyddiadau. Er mwyn asesu a allai canlyniadau'r gymdeithas ar eGFR ac UACR gael eu gyrru gan dras benodol, fe wnaethom gynnal meta-ddadansoddiad EWAS haenedig llinach o samplau llinach Ewropeaidd (EA) a llinach Americanaidd Affricanaidd (AA) gyda chanlyniadau o astudiaethau lluosog yn cyfrannu at y ddau hyn. ethnigrwydd. Cymharu canlyniadau cysylltu'r CpGs a atgynhyrchwyd mewn samplau o EA (Negar=23,671; nUACR=9806) â'r samplau AA (neGFR =

5019; nUACR = 1921) showed similar effect sizes (reGFR = 0.87, rUACR = 0.74). The effect directions of almost all replicated CpGs were concordant between the ancestries (Fig. 2, Supplementary Data 4 and 5). The only exception was the UACR association cg22304262 in SLC1A5 which, however, was not significant in AA (P-value = 0.39, Supplementary Fig. 2). This association, as well as the CpGs at JAZF1 and RPS10P7 for eGFR, showed significant heterogeneity (eGFR: P-value < 0.05/69, UACR: P-value < 0.05/7) between EA and AA association results (Fig. 2, Supplementary Data 4 and 5). The presence of common SNPs (minor allele frequency >Aseswyd {{0}}.05) mewn neu o fewn 50 bp o'r 69 CpG a atgynhyrchwyd i werthuso a allai presenoldeb SNPs effeithio ar rwymo chwiliwr. Lleolwyd pedwar stiliwr ger PCE cyffredin (Data Atodol 4; cg10960375-rs113564504; cg11544657-rs2083577; cg01817897-rs142643977; cg06930757-rs113564504; cg11544657-rs2083577; cg01817897-rs142643977; cg06930757-rs112223111), sydd, nad oeddent yn gysylltiedig ag unrhyw nodwedd GWAS yn ôl adnodd PhenoScanner V2 (cyrchwyd 02/12/2021, pGWAS < 5e−8,="" gan="" gynnwys="" snps="" dirprwyol="" ag="" eur="" r²=""> 0.8)23. Mae hyn yn dangos bod canlyniadau EWAS yn annhebygol o gael eu drysu gan nodwedd gyffredin y gwyddys ei bod yn ymwneud ag efswyddogaeth yr arennaugan amrywiad dilyniant DNA gerllaw. Yn gyffredinol, canfuwyd bod PCEau archwilio mewnol a oedd yn fwy na phum sylfaen o 3′-ben y stiliwr yn ddibwys24.

Perthynas â CKD a microalbwminwria.O'r 69 CpG sy'n gysylltiedig ag eGFR, roedd 53 hefyd yn gysylltiedig â CKD cyffredin mewn meta-ddadansoddiad o 25,609 o unigolion gan gynnwys 2376 o achosion gyda chyfeiriad effaith cyson (gwerth P < 0).="" 05/69;="" data="" atodol="" 4,="" ffig.="" 3a="" atodol).="" roedd="" y="" gydberthynas="" rhwng="" effeithiau="" egfr="" ac="" ckd="" yn="" uchel="" (r="−0.93;" ffig.="" 3a).="" mewn="" carfan="" annibynnol="" o="" 551="" o="" gleifion="" ckd,="" roedd="" 65="" cpg="" yn="" gyson="" gyfeiriadol="" â'r="" meta-ddadansoddiad="" egfr="" a="" phump="" wedi'u="" hailadrodd="" (gwerth="" p="">< 0.05/69,="" r="0.77;" ffig="" atodol="" 4,="" data="" atodol="" 4,="" gweler="" dulliau).="" yn="" yr="" un="" garfan,="" roedd="" cpgs="" cysylltiedig="" ag="" egfr="" cg18194850="" (gwerth="" p="1.6E−5)" a="" cg07242931="" (gwerth="" p="2.3E−5)" hefyd="" yn="" gysylltiedig="" ag="" amser="">methiant yr arennauneu acíwtanaf i'r arennau(Data Atodol 8, gweler Dulliau). Roedd pob un o'r saith CpG sy'n gysylltiedig ag UACR hefyd yn gysylltiedig yn sylweddol â microalbuminuria mewn sampl o 7279 o unigolion gan gynnwys 1186 o achosion gyda'r un cyfeiriad effaith ag ar gyfer UACR (gwerth P < 0.05/7,="" r="" {{7}="" }.98;="" ffig.="" 3b,="" data="" atodol="" 5,="" ffig.="" 3b="">

Cydberthynas â mynegiant genynnau. Er mwyn cael mewnwelediad i fecanweithiau swyddogaethol posibl y CpGs sy'n gysylltiedig ag eGFR ac UACR, gwnaethom brofi cydberthynas eu lefelau methylation DNA â lefelau mRNA o enynnau wedi'u hamgodio mewn cis mewn gwaed cyfan yn ogystal ag mewn monocytes gwaed (gweler Dulliau, Data Atodol 9 ). Roedd y cg17944885 hysbys sy'n gysylltiedig ag eGFR ar gromosom 19 ger ZNF788 yn gysylltiedig â'r trawsgrifiad a amgodiwyd gan y protein bys sinc pell 240 kb 439 (ZNF439, Tabl 2). Yn ogystal, roedd methylation o cg04864179 yn ffactor rheoleiddiol interferon 5 (IRF5) yn gysylltiedig â'r ddau drawsgrifiadau mRNA wedi'u hamgodio gan IRF5 a'r transportin cyfagos 3 (TNPO3) (Ffig Atodol 5 A). O'r cymdeithasau UACR, datgelodd y ddau CpG a atgynhyrchwyd cg02711608 a cg22304262 ar deulu cludwr hydoddyn 1 aelod 5 (SLC1A5) gysylltiadau arwyddocaol â lefelau mRNA SLC1A5, a cg23570810 yn y protein trawsgrifiad 1 cisT a achosir gan interfferon (transmembrane 1) a achosir gan interfferon 2). Darperir holl ganlyniadau’r dadansoddiad mynegiant genynnau yn Data Atodol 9.

Effeithiau ar feinwe'r arennau.Asesu a yw'r effeithiau methylation a arsylwyd yn y gwaed yn trosi imeinwe'r arennau,defnyddiasom fodel atchweliad i brofi cysylltiadau'r CpGs a ddyblygwyd ar gyfer cysylltiad arwyddocaol (cyfradd darganfod ffug (FDR) < 0.05) a chyfeiriad cyson ag eGFR aarenffibrosis, yn y drefn honno, yn 506 microdissectedmeinwe arennausamplau. Yn y samplau hyn,aren- Roedd methylation DNA yn seiliedig ar feinwe o CpGs sy'n gysylltiedig ag eGFR wedi'u dyblygu cg23597162 yn JAZF1, cg26099045 ger PELI1, a cg12644285 yn CHD2 yn gysylltiedig yn sylweddol ag eGFR gyda'r un cyfeiriad effaith ag mewn gwaed (Data Atodol, Tabl Ffig. 2, Atodol 2). . Ymhellach, yr un CpG yn PELI1 a chwech ychwanegol

roedd safleoedd (cg20146909 yn LRRC8D, cg25767870 ger FAM46C, cg16618493 yn ZBTB7B, cg10632966 ger RPEL1, cg01068906 yn NOD2, a cg03297731 yn y ffibriliad GDParensamplau meinwe gyda chyfarwyddiadau effaith cyson (hy, gwrthdro) (Ffig Atodol 6B, Tabl 2). O'r safleoedd UACR a atgynhyrchwyd, mae'r lefelau methylation DNA ynarenroedd meinwe o cg00008629 yn PTBP3 a cg24859433 ger IER3 yn gysylltiedig â ffibrosis ac yn dangos yr un cyfeiriad effaith (Ffig Atodol 6D, Tabl 2). Yn gyson â chanfyddiadau EWAS, ni chanfuwyd unrhyw gysylltiad arwyddocaol rhwng y CpGs sy'n gysylltiedig ag UACR ac eGFR yn y rhoddwyr sampl arennau (Ffig Atodol 6C, Data Atodol 10).

Effeithiau achosol rhwng methylation DNA aswyddogaeth yr arennaunodweddion. I asesu a yw'rswyddogaeth yr arennaunodweddion sy'n effeithio'n achosol ar methylation DNA neu i'r gwrthwyneb, cynhaliom ddadansoddiad deugyfeiriadol dau-sampl Mendelaidd ar hap o'r CpGs cysylltiedig iawn. Roedd y dadansoddiad MR cyfeiriad ymlaen yn awgrymu bod y CpGs cg02304370 (PHRF1), cg04460609 (LDB2), cg00501876 (CSRNP1), a cg04864179 (IRF5) yn dylanwadu'n achosol ar lefelau eGFR (Tabl 3). Roedd amcangyfrifon etifeddiaeth y pedwar CpG hyn yn amrywio ymhlith y tair set ddata o boblogaethau o dras Ewropeaidd, ond roeddent yn gyson uwch na'r etifeddu cymedrig ar draws yr holl GRhCau a aseswyd ym mhob un o'r tair astudiaeth: 0.34 (CpGs eGFR achosol) vs. 0.16 (arae HM450K) yn seiliedig ar Hannon et al.25, 0.55 vs 0.19 ar gyfer Dongen et al.26, a 0.51 vs 0.19 ar gyfer McRae et al.27. Ni nodwyd unrhyw gysylltiadau achosol arwyddocaol ar gyfer unrhyw GRhGau sy'n gysylltiedig ag UACR. Ar gyfer y MR cefn, yr unig effaith arwyddocaol oedd effaith eGFR ar cg23597162 (JAZF1) wrth ddefnyddio'r dull amrywiant gwrthdro cynradd. Fodd bynnag, ni chanfuwyd/arsylwyd unrhyw effeithiau arwyddocaol yn y dadansoddiadau sensitifrwydd MR gwrthdro lluosog. Ni ddangosodd dadansoddiadau gadael un allan unrhyw arwydd y gallai canlyniadau MR gael eu gyrru gan un PCE. At hynny, roedd eithrio SNPs a oedd yn gysylltiedig â diabetes mellitus math 2 yn ffactor risg mawr ar gyferclefyd yr arennauheb arwain at ganfyddiadau gwahanol. Dangosir canlyniadau ar gyfer yr holl ddadansoddiadau MR cynradd a sensitifrwydd yn Data Atodol 11 a 12 a Ffig. Atodol 7. Mae'r dadansoddiadau sensitifrwydd yn cefnogi prif ganfyddiadau'r canlyniadau MR blaen sylweddol (FDR < 0.05,="" gweler="" dulliau)="" gyda="" cyfeiriad="" amcangyfrifon="" effaith="" cyson,="" gan="" nodi="" perthnasoedd="" achosol="" posibl="" o="" fethyliad="" dna="" i="" egfr="" ond="" nid="" i'r="">

Rhwymo ffactor trawsgrifio, marc histone a dadansoddiadau cyfoethogi llwybr. Fe wnaethom berfformio dadansoddiadau cyfoethogi safle ffactor trawsgrifio, marc histone a llwybr yn seiliedig ar y 967 CpGs a ddangosodd gysylltiad awgrymiadol ag eGFR (Pvalue < 1e="" -="" 05;="" data="" atodol="" 6)="" a'r="" 270="" cpgs="" a="" ddangosodd="" gysylltiadau="" awgrymiadol="" ag="" uacr="" (p-value="">< 1e−5;="" data="" atodol="" 7)="" yn="" y="" meta-ddadansoddiad="" i="" wneud="" y="" mwyaf="" o="" bŵer="" ystadegol="" dadansoddiadau="" cyfoethogi="" (gweler="" dulliau)="" 14="" yn="" gyntaf,="" gwnaethom="" werthuso="" a="" oedd="" cpgs="" sy'n="" gysylltiedig="" ag="" egfr="" wedi'u="" mapio'n="" ffafriol="" i="" safleoedd="" rhwymo="" 169="" o="" ffactorau="" trawsgrifio="" (tfs)="" yn="" seiliedig="" ar="" gromatin="" data="" dilyniannu="" dna="" immunoprecipitation="" (chip-seq)="" o'r="" prosiect="" encode="" a="" gafodd="" ei="" agregu="" gan="" alwadau="" consensws="" ar="" draws="" 91="" math="" o="" gelloedd="" dynol="" (161="" trac="" tf)="" a'i="" ategu="" ag="">arentraciau sy'n seiliedig ar feinwe (gweler Dulliau). Ar ôl cywiro profion lluosog ar gyfer 169 TFs, dangosodd wyth TF gyfoethogiad sylweddol ar gyfer CpGs sy'n gysylltiedig ag eGFR (FDR < 0.05;="" ffig.="" 4a,="" data="" atodol="" 13),="" gan="" gynnwys="" cebpb="" (gwerth="" p="1)." 75e−06,="" trac="" traws-meinwe)="" ac="" ep300="" (gwerth="" p="7.49E−09," trac="" traws-meinwe).="" mae="" hyn="" yn="" gyson="" â="" chanfyddiad="" chu="" et="" al.14="" mewn="" is-set="" lai="" o="" 4859="" o="" gyfranogwyr="" o'r="" 33,605="" o="" gyfranogwyr="" a="" ddadansoddwyd="" yma.="" cyfoethogwyd="" cpgs="" sy'n="" gysylltiedig="" ag="" uacr="" mewn="" safleoedd="" rhwymo="" o="" 56="" tf="" (ffig.="" 4b,="" data="" atodol="" 14)="" gyda'r="" cysylltiad="" cryfaf="" ar="" gyfer="" polr2a="" (gwerth="" p="6.93E−19)," fos="" (p-value="" {{32)="" }}.28e−12)="" ac="" ep300="" (gwerth="" p="">

Arennau-cyfoethogwyd CpGs cysylltiedig â swyddogaeth yn fras ar gyfer nifer o farciau histone, gyda 82 o gyfuniadau math cell marc histone 195 yn arwyddocaol (FDR q < 0.05)="" ar="" gyfer="" egfr="" (ffig.="" 4c,="" data="" atodol="" 15)="" a="" 79="" o="" 195="" ar="" gyfer="" uacr="" (ffig.="" 4d,="" data="" atodol="" 16).="" cyfoethogwyd="" yr="" addasiad="" histone="" h3k4me1,="" marc="" sydd="" wedi'i="" ganolbwyntio="" ar="" ychwanegwyr="" gweithredol="" a="" phrim,="" ar="" gyfer="" pob="" math="" o="" gelloedd="" ar="" gyfer="" cpgs="" sy'n="" gysylltiedig="" ag="" uacr,="" a="" bron="" pob="" math="" o="" gelloedd="" ar="" gyfer="" cpgs="" cysylltiedig="" ag="" egfr.="" tra="" bod="" cpgs="" sy'n="" gysylltiedig="" ag="" uacr="" yn="" dangos="" cyfoethogiad="" ar="" gyfer="" y="" nod="" hyrwyddwr="" h3k4me3="" mewn="" 34="" math="" o="" gelloedd,="" dim="" ond="" pedair="">

dangosodd mathau gyfoethogi ar gyfer safleoedd sy'n gysylltiedig ag eGFR. I'r gwrthwyneb, dangosodd y nod genyn sy'n gysylltiedig â chorff H3K36me3 gyfoethogiad llawer ehangach ar gyfer CpGs sy'n gysylltiedig ag eGFR (30 math o gelloedd) na CpGs cysylltiedig ag UACR (pum math o gelloedd). Yn wahanol i H3K3me1/3 a H3K36me3, sydd i gyd wedi'u cysylltu â genynnau gweithredol (gwellwyr, hyrwyddwyr gweithredol, trawsgrifio gweithredol), ni chyfoethogwyd H3K9me3 a H3K27me3, sy'n gysylltiedig yn gyffredinol â heterochromatin cyfansoddol a chyfadranol28-31, yn sylweddol ar gyfer UACR- CpGs cysylltiedig mewn unrhyw fath o gell a brofwyd (Ffig. 4D, Data Atodol 16). Cyfoethogi genynnau sy'n gysylltiedig âswyddogaeth yr arennau-aseswyd CpGs cysylltiedig yng nghronfeydd data Gene Ontology (GO), Gwyddoniadur Genynnau a Genomau Kyoto (KEGG) a Reactome (gweler Dulliau)32–35. Gwelwyd cyfoethogi sylweddol am 27 tymor (25 GO, un KEGG, un Reactome; Data Atodol 17, Ffig. 5A) ar gyfer eGFR, a thermau 91 (87 GO, pedwar Reactome; Data Atodol 18, Ffig. 5B) ar gyfer UACR (Ffig. 5B) .5B). Roedd llwybrau'n ymwneud â mudo math penodol o gelloedd gwaed gwyn, cyfieithu mRNA, hemostasis a cheulo, yn ogystal ag ymateb inswlin yn cyfoethogi'n sylweddol ar gyfer CpGs eGFRassociated (FDR < 0.05;="" ffig.="" 5a).="" roedd="" y="" llwybrau="" gyda'r="" cyfoethogi="" isaf="" p-gwerthoedd="" ar="" gyfer="" safleoedd="" sy'n="" gysylltiedig="" â="" uacr="" yn="" dominyddu="" gan="" actifadu="" celloedd="" imiwnedd="" ac="" ymateb,="" a="" llwybrau="" sy'n="" gysylltiedig="" ag="" interfferon="" (ffig.="" 5="" b).="" roedd="" llwybrau="" ychwanegol="" a="" gyfoethogwyd="" yn="" cynnwys="" mudo="" celloedd="" gwaed="" gwyn,="" fel="" ar="" gyfer="" canlyniadau="" egfr="" (data="" atodol="">

Perthynas â chysylltiadau EWAS hysbys â nodweddion eraill. O ystyried y cyfoethogiad a welwyd mewn llwybrau sy'n gysylltiedig ag ymateb imiwn, y canlyniadau methylation DNA gan gynnwys CpGs ger genynnau'r llwybr interfferon, a'r ffaith bod statws methylation DNA wedi'i asesu'n bennaf mewn leukocytes, fe wnaethom asesu a allai ein canfyddiadau gael eu gyrru gan effeithiau dryslyd yr ymateb imiwn neu statws llid. Felly, gwnaethom edrych ar y CpGs a atgynhyrchwyd mewn EWAS mawr ar lefelau protein C-adweithiol serwm uchel (CRP) sensitif36. Dim ond dau CpG, a oedd hefyd yn gysylltiedig â methylation DNA ac eGFR i mewnmeinwe'r arennau,cg09610644 yn BDH1 a cg12644285 yn CHD2, ymhlith y safleoedd sy'n gysylltiedig â CRP. Felly, mae drysu cyffredinol o'n canlyniadau trwy statws llidiol fel yr amcangyfrifir gan CRP yn ymddangos yn annhebygol.

Mae rhai o'rswyddogaeth yr arennau-mae CpGs cysylltiedig a nodir yn yr astudiaeth hon yn gysylltiedig â nifer o nodweddion eraill yn seiliedig ar EWAS cyhoeddedig. Roedd un ar hugain o safleoedd eGFR yn gysylltiedig â phwysedd gwaed, yfed alcohol, BMI, rhyw, derbynnydd ffactor necrosis tiwmor hydawdd 2, a/neu statws ysmygu, ac roedd pum safle UACR yn gysylltiedig yn flaenorol ag yfed alcohol, statws ysmygu, BMI, cyrhaeddiad addysgol, -glutamyl transferase, derbynnydd ffactor necrosis tiwmor hydawdd 2, diabetes mellitus math 2, a / neu nifer o fetabolion serwm (Tabl 2, Data Atodol 19). Roedd tri o'r CpGs hyn (pob safle UACR) yn gysylltiedig â mwy na dwy nodwedd, sef cg02711608 yn SLC1A5 (gyda -glutamyl transferase, -glutamylthreonine, BMI, yfed alcohol), cg18181703 yn SOCS3 (gyda diabetes mellitus math 2, statws ysmygu, BMI , derbynnydd ffactor necrosis tiwmor hydawdd 2), a cg24859433 ger IER3 (gyda statws ysmygu, cyrhaeddiad addysgol, 4-finylphenol_sylffad). Mae Ffig. Atodol 5B yn enghraifft o CpG, cg26099045, a oedd yn cydberthyn ag eGFR a ffibrosis ynmeinwe arennauyn ein dadansoddiad, ac yn gysylltiedig hefyd â rhyw ac ysmygu mewn EWAS blaenorol. Yn olaf, roedd cg17944885 yn ZNF788 hefyd yn gysylltiedig ag eGFR mewn sampl o gleifion DKD22.

Trafodaeth

Yn y EWAS hwn oswyddogaeth yr arennau, fe wnaethom nodi ac ailadrodd lefelau methylation DNA gwaed o 69 CpGs sy'n gysylltiedig ag eGFR. O'r rhain, ni adroddwyd ar 60 o safleoedd yn flaenorol, yn ogystal â phob un o'r saith CpG a nodwyd mewn cysylltiad ag UACR. Roedd y rhan fwyaf o'r CpGs sy'n gysylltiedig ag eGFR ac UACR hefyd wedi'u cysylltu'n sylweddol â'u canlyniadau clinigol, hy, CKD a microalbuminuria, ac felly mae'n bosibl bod ganddynt y potensial i haenu unigolion mewn perygl. Yr amrywiant eGFR a briodolwyd i'r 69 CpG hyn oedd 2.4 y cant - dwywaith yr hyn a EWAS14 cynharach, ac mae'n debyg i'r amrywiad a eglurwyd gan 29 PCE a ddarganfuwyd gan GWAS a oedd yn cynnwys maint sampl deirgwaith yn uwch ar gyfer darganfod locws37,38. Mae hyn yn awgrymu bod methylation DNA gwahaniaethol mewn CpGs unigol wedi'i feintioli o waed yn esbonio mwy o'r amrywiant eGFR nag SNPs cyffredin unigol ar faint sampl penodol. Ar gyfer UACR, mae'n ymddangos bod angen meintiau sampl mwy o gymharu ag eGFR i ddatgelu nifer tebyg o CpGs sy'n gysylltiedig â nodweddion. O ystyried bod albwmin a creatinin ar gyfer cyfrifo UACR yn cael eu mesur mewn wrin yn hytrach na meintioli creatinin o serwm ar gyfer amcangyfrif GFR, nid yw'r gwahaniaeth hwn yn annisgwyl, ac mae'n unol ag arsylwadau GWAS o'r nodweddion hyn10,13. Ymhellach, mae amrywiad genetig yn ymddangos i effeithio ar yswyddogaeth yr arennaunodweddion trwy wahanol lwybrau na newidiadau mewn methylation DNA. Cefnogir hyn gan y gorgyffwrdd isel rhwng y safleoedd EWAS a GWAS a atgynhyrchwyd ar gyfer eGFR ac UACR.

Roedd y meta-ddadansoddiad EWAS hwn yn cynnwys samplau o wahanol boblogaethau ac ethnigrwydd. Gwelsom gydberthynas uchel o'r amcangyfrifon effaith a gafwyd gan yr is-sampl mawr o unigolion EA gyda'r effeithiau a amcangyfrifwyd yn yr unigolion AA (Ffig. 2). Er gwaethaf cynnwys data gan nifer sylweddol o unigolion o dras nad ydynt yn EA, gallai canlyniadau cyffredinol yr EWAS traws-ethnig gael eu gyrru gan ddata gan unigolion o dras EA, a oedd yn cynrychioli 70 y cant (eGFR) / 65 y cant (UACR) o'n hastudiaeth (Data Atodol 3 a 4). Er mwyn mynd i'r afael â'r cyfyngiad hwn, mae angen dadansoddiadau yn y dyfodol gyda chyfran uwch o samplau nad ydynt yn rhai EA i gael asesiad dibynadwy a manwl o heterogenedd rhwng hynafiaid. Mae'r potensial i drosi mewnwelediadau gan EWAS o nodweddion meintiol mewn astudiaethau sy'n seiliedig ar boblogaeth yn bennaf i bobl â'r clefyd ei ddangos gan y ffaith bod amcangyfrifon effaith ar 65 o 69 o CpGs cysylltiedig ag eGFR wedi'u harsylwi i'r un cyfeiriad mewn carfan o 551 o gleifion CKD, gan gyfeirio at fecanweithiau sy'n berthnasol ar draws ystod eang o lefelau eGFR (Ffig. 3). Ar ben hynny,

cg07242931 yn MAN1C1 a cg18194850 yn SUCLG2 nid yn unig yn gysylltiedig ag eGFR, ond rhagfynegwyd amser imethiant yr arennauneu acíwtanaf i'r arennau(Data Atodol 8). Awgrymwyd tystiolaeth bellach ar gyfer cyfranogiad SUCLG2, sy'n amgodio'r is-uned o succinyl-CoA synthetase, mewn clefyd yr arennau gan GWAS ar ddiabetigclefyd yr arennauyn Indiaid America (SNP=rs4453858, P-value=2E−6)39. Roedd yr amrywiad genetig yn y genyn hwn hefyd yn gysylltiedig â lefelau wrinol succinyl-carnitin (C4DC, SNP=rs115560420, P-value=7E−15)40. Mae C4DC yn gynnyrch metabolig o'r cylch asid tricarboxylic, sy'n cael ei gataleiddio o dan gynnwys synthetase succinyl-CoA, a lefelau C4DC uwch mewn gwaed sy'n gysylltiedig ag eGFR41 is. Fodd bynnag, ni ddatgelodd edrychiad yng nghanlyniadau loci nodweddion meintiol methylation (meQTL) GoDMC (http://www.godmc.org.uk)42 gysylltiad arwyddocaol rhwng y ddau PCE hyn a cg18194850, gan awgrymu nad oes cysylltiad uniongyrchol rhwng yr SNPs hyn. a'r safle CpG.

Gan fod methylation DNA yn brif reoleiddiwr mynegiant genynnau, fe wnaethom asesu cydberthynas y safleoedd methylation DNA sy'n gysylltiedig â nodweddion â lefelau mRNA o enynnau mewn cis. Genynnau y mae eu lefelau mRNA yn cydberthyn yn sylweddol âswyddogaeth yr arennauroedd safleoedd methylation DNA cysylltiedig yn gysylltiedig â llwybrau interfferon (ar gyfer eGFR ac UACR). Er bod y canfyddiadau hyn yn cytuno â'r canlyniadau cyfoethogi llwybr ar gyfer UACR (Ffig. 5 B, Data Atodol 18), mae nifer y cydberthnasau arwyddocaol rhwng CpGs UACRassociated a lefelau trawsgrifiad yn eithaf isel. Nid yw hyn yn syndod o ystyried maint cymharol fach y sampl o 1915 o unigolion sydd ar gael ar gyfer y dadansoddiad hwn a'r cwmpas cyfyngedig o'r adnodd trawsgrifomeg. Yn ddiddorol, ymhlith y canfyddiadau arwyddocaol ar gyfer UACR, roedd dau CpG yn y teulu cludwr hydoddyn 1 aelod 5 (SLC1A5) yn gysylltiedig â mynegiant genynnau gwahaniaethol a hefyd â phwysedd gwaed. Felly gallai methylation DNA yn SLC1A5, sy'n amgodio cludwr asid amino niwtral sy'n ddibynnol ar sodiwm, fod yn elfen ychwanegol sy'n cyfrannu at y gydberthynas hysbys rhwng UACR a phwysedd gwaed.

Nid oedd trawsgrifiadau arwyddocaol a fynegwyd yn wahaniaethol bob amser yn cael eu hamgodio gan y genyn agosaf (cg17944885 ger ZNF788), neu roedd safle CpG yn cydberthyn â genynnau lluosog mewn cis (cg04864179 yn IRF5). Yn benodol, mae cydberthynas methylation DNA ar cg04864179 â lefelau trawsgrifio IRF5 yn nodedig. O ystyried canlyniad MR sylweddol y CpG hwn gydag eGFR, gallai methylation DNA yn IRF5 ddylanwadu'n achosol ar eGFR wedi'i gyfryngu gan ei fynegiant genynnau. Gan gymryd trawsnewidiad nodwedd y cysylltiadau genetig sylfaenol i ystyriaeth (gweler Dulliau), gwelsom fod cynnydd mewn methylation DNA o ddeg gwyriad safonol wedi arwain at eGFR 3.2 y cant yn uwch. Er bod yr effaith amcangyfrifedig hon yn fach iawn, ategwyd dylanwad achosol patrymau methylation mewn celloedd gwaed ar CKD hefyd gan MR seiliedig ar grynodeb gyda set ddata meQTL wahanol mewn astudiaeth ddiweddar, lle'r oedd yr effaith achosol yn gyson yn gyfeiriadol â'n canlyniadau22. Trwy gymhwyso colocalization aml-nodwedd, maent hefyd yn dangos bod effeithiau genetig y locws hwn ar eGFR yn cael eu cyfryngu gan methylation IRF5 a mynegiant genynnau mewn gwaed. At hynny, dangoswyd cydleoli mynegiant genynnau IRF5 ag eGFR mewn adrannau tiwbaidd a glomerwlaidd oarenmeinwe43. Wrth ddehongli'r effaith achosol a welwyd yn ein hastudiaeth, fodd bynnag, dylid cofio bod y dadansoddiadau MR ar gyfer CpG cg0 4864179 yn dangos heterogeneity sylweddol (p <0.05) ymhlith="" yr="" offerynnau="" (data="" atodol="" 11="" a="" ffig="" atodol="" 7).="">

Mae IRF5 yn amgodio aelod o deulu ffactor rheoleiddiol interfferon (IRF). Mae'r grŵp o aelodau'r teulu IRF yn cynnwys ffactorau trawsgrifio gyda gwahanol rolau, megis modiwleiddio gweithgaredd system imiwnedd, twf a gwahaniaethu, yn ogystal â rheoli mynegiant genynnau ar gyfer ymateb interferon i heintiau firaol. Gall IRF5 ddylanwadu ar ymateb celloedd imiwnedd. Mae astudiaethau lluosog yn cefnogi y gallai newidiadau mewn methylation IRF5 effeithio arnyntswyddogaeth yr arennautrwy lwybrau imiwnedd: Mae SNPs yn IRF5 yn SLE cysylltiedig trwy newidiadau mewn mynegiant IRF5 mewn monocytes gwaed44-46. Mae SLE yn glefyd hunanimiwn a nodweddir gan actifadu'r llwybr IFN a all effeithio ar yarennaufel neffritis lupus47. Atal gorfywiogi IRF5 mewn model llygoden o SLE wedi'i ddiogelu rhag cychwyniad a difrifoldeb lupus neffritis, a'i wellaswyddogaeth yr arennaua phatholeg48,49. Er na chanolbwyntiodd ein EWAS ar astudio cleifion SLE, gallai effeithiau bach methylation IRF5 ar ganlyniadau sy'n gysylltiedig â'r arennau, wedi'u cyfryngu o leiaf yn rhannol gan ei fynegiant a llwybrau IFN dilynol, gael eu canfod fel effeithiau ar eGFR yn y boblogaeth gyffredinol.

BYDD CISTANCHE YN GWELLA POEN YN YR AREN/ARENIAD

Roedd nifer o'r CpGs sy'n gysylltiedig ag eGFR y cafodd methylation DNA ei feintioli ar eu cyfer o gelloedd gwaed hefyd yn gysylltiedig ag eGFR aarenffibrosis pan gafodd methylation DNA ei fesur oarenmeinwe, er bod maint y sampl yn sylweddol llai o gymharu â set ddata EWAS. Mae hyn yn awgrymu y gellir trosi o leiaf rai o'r canfyddiadau a geir o waed i feinwe darged ychwanegol sy'n benodol i'r nodwedd. Yma, gwaed aarenyw'r ddau brif feinwe darged nodwedd-benodol, ers yswyddogaetho'rarenyw hidlo gwaed i gael gwared ar wastraff. dadansoddiadau cyfoethogi o'rswyddogaeth yr arennaunododd GRhGau cysylltiedig rôl ganolog mewn rheoleiddio trawsgrifiadol. Canfuom gyfoethogiad eang o H3K4me1/3 a H3K36me3. Mae H3K4me1/ 3 yn gysylltiedig â hyrwyddwyr preimio a gweithredol yn ogystal â hyrwyddwyr gweithredol ac mae H3K36me3 yn cydberthyn yn dynn â rhanbarthau trawsgrifiedig y genom50. Cefnogir rôl rheoleiddio trawsgrifio ymhellach gan y signal cyfoethogi ffactor trawsgrifio cryfaf o CpGs sy'n gysylltiedig ag UACR, sef POLR2A, is-uned fwyaf yr ensym mawr sy'n syntheseiddio mRNA mewn ewcaryotau.

Mae cyfyngiadau posibl sy'n gysylltiedig â'r dadansoddiadau MR yn cynnwys nad oedd offerynnau dilys ar gael ar gyfer pob GRhG ar gyfer y MR ymlaen. O ystyried bod holl offerynnau CpG wedi'u dewis o ranbarthau cis, hy o'r un rhanbarth genetig, mae'n debygol bod holl offerynnau CpG naill ai'n ddilys neu'n annilys, gan gyfyngu felly ar nifer y gwahanol ddulliau MR y gellir eu defnyddio i brofi'r cadernid y canlyniadau51. Roedd pŵer y MR cefn yn gyfyngedig oherwydd maint y sampl bach sydd ar gael ar gyfer amcangyfrif cymdeithasau methylation SNP-DNA. Ni allai astudiaethau meQTL mwy fel y GoDMC storio canlyniadau cysylltiadau ar gyfer pob PCE (hy, uwchlaw toriad gwerth P cysylltiad penodol) oherwydd rhesymau technegol, ac felly nid oeddent yn ddefnyddiadwy ar gyfer y MR cefn dau sampl. Felly, rhaid bod yn ofalus wrth ddehongli'r canfyddiadau nad ydynt yn arwyddocaol. Yn ogystal, mae'n anodd dehongli maint yr effaith achosol, gan fod y cysylltiadau genetig sylfaenol yn cael eu cyfrifo ar raddfa gwyriad safonol lefelau methylation DNA. Cyfyngiad posibl arall yr astudiaeth yw bod eGFR, CKD, ac UACR yn ffenoteipiau a amcangyfrifir o wahanol baramedrau sylfaenol a bod ganddynt ddylanwadau aml-ffactor. Felly, cynhaliwyd sawl dadansoddiad gennym i sicrhau nad oedd ein canlyniadau EWAS yn cael eu llywio gan ddryswyr hysbys, gan gynnwys diabetes math 2, a allai fod yn ddryslyd i'r berthynas rhwng DNAm aswyddogaeth yr arennau. Yn gyntaf, addaswyd y cymdeithasau EWAS ym mhob carfan er mwyn i ddryswyr ddileu eu heffeithiau o fewn carfan. Yn ail, perfformiwyd yr EWAS ym mhob carfan ar wahân ac yna fe'i meta-ddadansoddwyd, sy'n cyfateb i addasiad ee, ar gyfer nifer yr achosion o ddiabetes ar draws carfannau. Yn olaf, gwnaethom wirio am gysylltiadau ein CpGs a atgynhyrchwyd o fewn astudiaethau diabetes EWAS cyhoeddedig. O'n holl gymdeithasau CpG a atgynhyrchwyd, dim ond y CpG cg18181703 sy'n gysylltiedig ag UACR yn SOCS3 a ddangosodd gysylltiad â diabetes math 2. Roedd y CpG hwn hefyd yn gysylltiedig â statws ysmygu, BMI, a lefelau gwaed y derbynnydd ffactor necrosis tiwmor hydawdd 2. Gan ystyried bod ein EWAS hefyd wedi'i addasu ar gyfer statws ysmygu a BMI, rydym yn rhagdybio y bydd effeithiau cg18181703 ar UACR ar leiaf yn rhannol annibynnol ar ddiabetes math 2, BMI a chyflwr ysmygu. Er i ni reoli nifer o'r ffactorau hysbys hyn, ni ellid addasu'n benodol ar gyfer ffactorau eraill megis covariates anfesuredig yn y dadansoddiadau a gallent ddylanwadu ar y canfyddiadau.

Mae angen astudiaethau EWAS pellach gyda meintiau sampl uwch a chyda methylation DNA wedi'i feintioli o feinweoedd ychwanegol yn ogystal â dadansoddiadau swyddogaethol i ehangu ein gwybodaeth am fecanweithiau rheoleiddiolswyddogaeth yr arennau, ac i wella rhagfynegiad a thriniaeth oarenclefyd. Mae hyn yn wir yn benodol ar gyfer UACR, o ystyried y nifer is o gymdeithasau CpG arwyddocaol a arsylwyd. I grynhoi, ehangodd y meta-ddadansoddiad EWAS hwn ar raddfa fawr yn sylweddol nifer y CpGs sy'n gysylltiedig yn atgynhyrchadwy ag eGFR a CKD a datgelodd saith cysylltiad ar gyfer UACR a microalbuminuria. Esboniodd methylation DNA yn y safleoedd hyn gyfran fawr o amrywiant eGFR, a dangosodd methylation gwahaniaethol mewn pedwar CpG dystiolaeth o berthynas achosol bosibl i eGFR. Nodweddiad cynhwysfawr o CpGs wedi'u hailadrodd ymhlith cleifion â CKD, ynmeinwe'r arennau,ar gyfer mynegiant genynnau gwahaniaethol, ac ar gyfer llwybrau cyfoethog a marciau epigenetig yn rhoi mewnwelediad iswyddogaeth yr arennau-rheoliad trawsgrifio cysylltiedig.

Dulliau

Trosolwg.Fe wnaethom sefydlu meta-ddadansoddiad cydweithredol yn seiliedig ar fodel data dosbarthu a gweithdrefnau rheoli ansawdd. Er mwyn mwyhau safoni ffenoteip ar draws astudiaethau, cafodd cynllun dadansoddi a sgript llinell orchymyn (https://github.com/ generic-Freiburg/Skagen-pheno/tree/ckdgen-ewas-pheno) eu creu a'u darparu i'r holl astudiaethau a gymerodd ran ( astudiaethau ar sail poblogaeth yn bennaf; Data Atodol 1 a 2). Gwiriwyd ffeiliau crynodeb a gynhyrchwyd yn awtomatig yn ganolog. Ar ôl cymeradwyo ffenoteip, rhedodd astudiaethau eu EWAS a llwytho canlyniadau a gwybodaeth methylation DNA agregedig i weinydd canolog. Perfformiwyd rheolaeth ansawdd EWAS gyda sgriptiau arferiad i asesu chwyddiant, rheolaethau cadarnhaol, dosbarthiad chwilwyr CpG a chymharu dosbarthiadau cyffredinol meintiau effaith, gwallau safonol, a gwerthoedd P ar draws astudiaethau. Cymeradwywyd holl brotocolau'r astudiaeth gan y pwyllgorau moeseg lleol priodol. Darparodd yr holl gyfranogwyr ym mhob astudiaeth ganiatâd gwybodus ysgrifenedig.

BYDD CISTANCHE YN GWELLA DIALYSIS AREN/ARENOL

Diffiniad ffenoteip.Cafodd gwerthoedd creatinin a gafwyd gyda assay Jaffé cyn 2009 eu graddnodi trwy luosi â 0.9552. Amcangyfrifodd astudiaethau GFR gyda'r CronigClefyd yr ArennauHafaliad Cydweithrediad Epidemioleg (CKD-EPI)53. Cafodd eGFR ei winsoreiddio ar 15 a 200 ml munud−1 fesul 1.73 m2. Diffiniwyd CKD fel eGFR o dan 60 ml min−1 fesul 1.73 m2. Cafodd y gwerthoedd UACR a fesurwyd mewn mg/g eu trawsnewid yn log naturiol cyn pob dadansoddiad. Diffiniwyd microalbuminuria fel 1 ar gyfer UACR> 30 mg/g ac fel 0 ar gyfer gwerthoedd UACR <10>

Meintoli methylation DNA a rheoli ansawdd.Ar gyfer meintioli methylation DNA, echdynnwyd DNA genomig o waed ymylol. Cafodd lefelau methylation DNA eu meintioli gan ddefnyddio'r arae Gleiniau Gleiniau Infinium MethylationEPIC (EPIC), arae Illumina Infinium HumanMethylation450K BeadChip (HM450K) neu'r gyfres Illumina Infinium HumanMethylation27 BeadChip (HM27K). Perfformiwyd rhagbrosesu data methylation DNA yn unol â phrotocolau astudiaeth unigol gan gynnwys cywiro cefndir, normaleiddio meintiol, hidlo chwiliwr, hidlo sampl, cyfateb PCE i leoliadau stiliwr rheoli SNP, hidlo allanol a chywiro math assay (Data Atodol 3). Cynrychiolwyd y lefel methylation ar bob safle a'i dadansoddi fel -value. Cafodd stilwyr CpG a oedd yn gorgyffwrdd ag SNPs eu hanodi. Cyfrifodd pob astudiaeth wyriad cymedrig a safonol pob safle GRhG a chymharwyd yr ystadegau cryno hyn rhwng astudiaethau ar gyfer gwahaniaethau systematig ar draws GRhGau a'u dilyn i fyny gyda dadansoddwyr astudiaeth unigol

Asesiad covariate.Mesurwyd methylation DNA a covariates ar yr un pwynt ymweliad/amser. Diffiniwyd diabetes cyffredin fel glwcos plasma ymprydio Yn fwy na neu'n hafal i 126 mg/dl, glwcos plasma nad yw'n ymprydio Mwy na neu'n hafal i 200 mg/dl, triniaeth ar gyfer diabetes, neu hunan-adroddiad o ddiagnosis diabetes. Diffiniwyd gorbwysedd cyffredin fel pwysedd gwaed systolig Yn fwy na neu'n hafal i 140 mm Hg, pwysedd gwaed diastolig Yn fwy na neu'n hafal i 90 mm Hg, neu driniaeth ar gyfer gorbwysedd. Os nad oedd pwysedd gwaed wedi'i fesur ar gael, roedd gorbwysedd yn cael ei ddiffinio gan hunan-adrodd. Diffiniwyd statws ysmygu presennol gan ddefnyddio gwybodaeth hunan-gofnodedig. Cyfrifwyd BMI (kg/m2) gan ddefnyddio mesuriadau pwysau ac uchder fel yr aseswyd ym mhob astudiaeth. Cynhwyswyd oedran fel gwerth parhaus yn y modelau cysylltiad. Addaswyd strwythur poblogaeth mewn astudiaethau nad ydynt yn rhai teuluol gan brif gydrannau genetig (PC). Amcangyfrifwyd cyfrannau math celloedd gwaed gwyn yn seiliedig ar methylation DNA54. Roedd covariates technegol ychwanegol yn cynnwys chwiliwr rheoli PCs55, canolfan astudio, swp prosesu, ID sentrix arae, a safle sentrix.

Dulliau ystadegol a meta-ddadansoddiad. Er mwyn sicrhau pŵer cymaradwy ymhlith safleoedd a ddadansoddwyd dim ond CpG awtosomaidd a fesurwyd gan y ddau, EPIC a HM450K, a gafodd eu cynnwys mewn dadansoddiadau. Perfformiodd pob astudiaeth ddadansoddiadau atchweliad llinol wedi'u gwahanu gan grwpiau hynafiaid. Ar gyfer asesu cadernid canlyniadau EWAS, cyfyngwyd y dadansoddiadau i astudiaethau ac is-samplau o dras Ewropeaidd unigolion. Modelwyd gwerthoedd methylation DNA fel y newidynnau dibynnol gyda'r nodwedd naill ai'n werthoedd eGFR neu UACR parhaus neu'n newidynnau CKD deuaidd neu ficroalbwminwria: methylation DNA ~ nodwedd ynghyd â rhyw ynghyd ag oedran ynghyd â chyfrifiaduron personol genetig ynghyd â chyfrannau celloedd gwaed gwyn ynghyd â chovariates technegol ynghyd â diabetes a gorbwysedd plws. BMI ac ysmygu presennol Roedd angen gwybodaeth gyflawn ar y cyfranogwyr ar gyfer yr holl newidynnau ac ystadegau cryno'r astudiaeth a chawsant eu cynnwys dim ond os oedd lleiafswm o 50 o gyfranogwyr ar gyfer eGFR/UACR a 50 achos/rheolaeth ar gyfer CKD/microalbwminwria ar gael, yn y drefn honno. Addaswyd pob EWAS astudiaeth-benodol ar gyfer chwyddiant cyn y meta-ddadansoddiad gan ddull BACON os oedd yr amcangyfrif chwyddiant yn fwy neu'n hafal i un (Ffig Atodol 8)56. Rhannwyd astudiaethau yn ddarganfyddiadau ac atgynhyrchu yn ôl trefn gronolegol o gyfraniad i feta-ddadansoddiad Consortiwm CKDGen (Data Atodol 1 a 2). Perfformiwyd meta-ddadansoddiad pwysol effaith gwrthdro-amrywiad sefydlog fel y'i gweithredwyd yn y pecyn R 'metafor' (fersiwn 2.1-0) ar gyfer astudiaethau darganfod, astudiaethau atgynhyrchu ac ar gyfer yr amcangyfrifon effaith canlyniadol o ddarganfod ac atgynhyrchu. Cafodd CpGs eu heithrio os oedd llai na hanner maint y sampl ar gael naill ai o fewn darganfyddiad neu ddyblygiad neu os oedd amcangyfrif heterogenedd I2 yn fwy na 95 y cant . Diffiniwyd atgynhyrchu CpG cysylltiedig yn llwyddiannus fel cyfeiriad cyson yr amcangyfrifon effaith rhwng darganfyddiad (disg neGFR=22,347, disg nUACR=11,458) a dyblygu (repl neGFR=11,258 , nUACR repl=3610) meta-ddadansoddiad, arwyddocâd Bonferroni wedi'i addasu o werth P y darganfyddiad (pdisc)<1.1e−7 (#cpgs="" egfr="441,870," #cpgs="" uacr="441,854)," nominal="" significance="" of="" the="" replication="" p-value="" (prepl)=""><0.05, and="" a="" combined="" discovery="" and="" replication="" p-value="" (pcomb)=""><>

Dadansoddiadau mynegiant genynnau.Effeithiau yswyddogaeth yr arennauprofwyd CpGs sy'n gysylltiedig â nodweddion am gysylltiadau â mynegiant genynnau mewn gwaed gan ddefnyddio dwy set ddata: (1) lefelau mRNA o monocytes gan 1202 gyfranogwr yn astudiaeth MESA, a (2) mRNA gwaed cyfan o 713 o unigolion o'r Astudiaeth KORA F4 57,58. Fel y cam cychwynnol, perfformiwyd golwg o'r lefelau methylation CpG gyda lefelau mRNA sydd ar gael yng nghanlyniadau'r gymdeithas o astudiaeth MESA. Ar gyfer y chwiliad hwn, roedd canlyniadau cysylltu â gwerth P < 1e{{10}}="" ar="" gael.="" disgrifiwyd="" y="" dadansoddiad="" yn="" fanwl="" yn="" kennedy="" et="" al.59.="" yn="" gryno,="" aseswyd="" mynegiant="" genynnau="" gan="" ddefnyddio'r="" illumina="" humanht-12="" v3.0="" a="" v4.0="" expression="" beadchips,="" a="" methylation="" dna="" gan="" yr="" arae="" illumina="" hm45{0k.="" cafodd="" gwerthoedd="" mynegiant="" eu="" normaleiddio="" gan="" ddefnyddio'r="" trawsnewidiad="" sefydlogi="" amrywiant.="" 13,933="" o="" drawsgrifiadau="" o'r="" araeau="" v3.0="" a="" v4.0,="" a="" fynegwyd="" yn="" sylweddol="" uwch="" na="" lefelau="" cefndir="" (canfod="" gwerth="" p="">< 0.01)="" mewn="" o="" leiaf="" 5="" y="" cant="" o="" bynciau.="" perfformiwyd="" dadansoddiadau="" cymdeithasu="" yn="" mesa="" fel="" model="" cymysg="" llinol="" gan="" ddefnyddio="" gwerthoedd="" mynegiant="" genynnau="" wedi'u="" trawsnewid="" yn="" log="" fel="" y="" newidyn="" dibynnol,="" gwerthoedd="" beta="" methylation="" dna="" fel="" y="" newidyn="" annibynnol="" gydag="" oedran,="" rhyw,="" ethnigrwydd,="" a="" chanolfan="" astudio="" wedi'u="" hychwanegu="" fel="" covariates="" i'r="" model.="" perfformiwyd="" ail="" brawf="" cysylltiad="" yn="" set="" ddata="" kora="" f4.="" cyfrifwyd="" cysylltiad="" y="" lefel="" methylation="" ar="" cpgs="" a="" atgynhyrchwyd="" â="" lefelau="" mynegiant="" genynnau="" o="" fewn="" cyffiniau="" ±500="" kb="" gan="" ddefnyddio'r="" log2-lefelau="" mrna="" trawsffurfiedig="" a="" gafwyd="" o="" arae="" mynegiant="" genynnau="" illumina="" human="" ht{-12v3.="" atchwelwyd="" y="" gwerthoedd="" mynegiant="" genynnau="" ar="" y="" gwerthoedd="" beta="" methylation="" dna="" a="" addaswyd="" ar="" gyfer="" rhyw="" ac="" oedran.="" cyn="" y="" dadansoddiad,="" cafodd="" y="" ffactorau="" technegol,="" yn="" ogystal="" â'r="" cyfrannau="" math="" o="" gelloedd="" gwaed,="" eu="" tynnu'n="" ôl="" o'r="" lefelau="" mrna="" a="" methylation="" dna,="" a="" chynhwyswyd="" ei="" weddillion="" yn="" y="" model="" cysylltiad="" terfynol.="" roedd="" anodi="" a="" gwiriadau="" rheoli="" ansawdd="" o'r="" chwilwyr="" mynegiant="" genynnau="" yn="" seiliedig="" ar="" y="" tabl="" a="" ddarparwyd="" yn="" schurmann="" et="" al.60.="" cymdeithasau="" mynegiant="" genynnau="" cpg="" yn="" y="" gwaed="" a="" oedd="" ar="" gael="" yng="" nghanlyniadau="" mesa="" ac="" a="" oedd="" â="" gwerth="" p=""><0.05 in="" kora="" f4="" with="" consistent="" effect="" direction="" were="" considered="" as="" significant.="" all="" gene="" expression="" probes="" passed="" the="" annotation-based="" quality="" control="">

Methyliad DNA ym meinwe'r arennau.Mae'r dadansoddiadau gan ddefnyddio methylation DNA ynmeinwe arennaugydag eGFR a pherfformiwyd ffibrosis gan ddefnyddio data o 506 microdissectedmeinwe arennausamplau gan ddefnyddio'r Illumina EPIC BeadChip. Casglwyd y samplau meinwe arennau ar wahân, ac maent yn wahanol i'r samplau gwaed a ddadansoddwyd ym meta-ddadansoddiad EWAS. Casglwyd y samplau hyn o ddognau heb eu heffeithio o nephrectomïau tiwmor a'u paratoi fel y disgrifiwyd cyn 61. Yn gryno, defnyddiwyd meddalwedd SeSAMe62 i berfformio rhagbrosesu a rheoli ansawdd gan gynnwys canfod yn seiliedig ar ddwysedd isel, cywiro gwaedu wrth dynnu cefndir, cywiro tueddiad llifyn aflinol, rheolaeth ar gyfer trosi bisulfite, cyfrifo gwerthoedd beta, ac amcangyfrif ffracsiwn leukocyte. Echdynnwyd gwerthoedd beta CpGs sy'n gysylltiedig ag eGFR ac UACR a gwybodaeth glinigol ar gyfer dadansoddi cysylltiadau. Cymhwyswyd model atchweliad i brofi cysylltiadau betas methylation DNA y CpGs terfynol fel newidynnau dibynnol â lefelau eGFR a ffibrosis, yn y drefn honno, fel newidynnau annibynnol wedi'u haddasu ar gyfer rhyw, oedran, cyfrifiaduron genetig (1-5), statws diabetes, statws gorbwysedd. , BMI, ID sentrix array, sefyllfa sentrix, a rheolaeth trosi bisulfite a ffracsiwn leukocyte amcangyfrifedig.

Ymchwiliadau wedi'u targedu i chwilwyr eGFR mewn cleifion CKD. Y cysylltiad rhwng y 69 CpG sy'n gysylltiedig ag eGFR ac a ddilyswyd o'r boblogaeth gyffredinol ag eGFR yn yr German ChronicClefyd yr Arennau (GCKD) study was evaluated after correcting for the number of evaluated sites, and statistical significance was defined as Pvalue < 7.2E−4 (0.05/69). The GCKD study is a prospective observational study of patients with CKD63. Briefly, 5217 adult patients under nephrological care provided written informed consent and were enrolled from 2010 to 2012. Inclusion criteria were eGFR between 30 and 60 ml min−1 per 1.73 m2 or an eGFR of >60 ml min−1 per 1.73 m2 with UACR > 300 mg g−1 (or a urinary protein–creatinine ratio of >500 mg g−1). Mae apwyntiadau dilynol i gleifion ar gyfer pwyntiau terfyn clinigol yn parhau. Mae diweddbwyntiau astudiaeth yn cael eu cofnodi'n barhaus mewn modd safonol yn seiliedig ar lythyrau rhyddhau o'r ysbyty a thystysgrifau marwolaeth ac maent yn cynnwys digwyddiadau sy'n ymwneud â'r arennau yn ogystal â marwolaeth. Disgrifir cynllun yr astudiaeth a'r boblogaeth astudio a recriwtiwyd yn fanylach mewn cyhoeddiadau blaenorol63,64. Cymeradwywyd Astudiaeth GCKD gan bwyllgorau moeseg lleol a chofrestrwyd yn y gofrestr genedlaethol ar gyfer astudiaethau clinigol (DRKS 00003971). Is-set o 559 o gleifion â CKD wedi'u priodoli i lupws erythematosus systemig, neffropathi membranous, glomerwlosclerosis segmentol ffocal neu polycystig sy'n bennaf yn awtosomaiddclefyd yr arennauei ddewis ar gyfer meintioli methylation DNA a'i fesur gan ddefnyddio'r arae Gleiniau Gleiniau Infinium MethylationEPIC (EPIC). Gwerthuswyd cysylltiad ag eGFR yn gyfatebol i'r prif ddadansoddiad (gweler Dulliau ystadegol a meta-ddadansoddiad), ar wahân i addasiad ar gyfer ysmygu a gafodd ei godio 0/1/2 ar gyfer ysmygwyr byth-/ex-/cyfredol. Gwerthuso cysylltiad methylation DNA ag amser imethiant yr arennauo fynediad i'r astudiaeth, gosodwyd modelau atchweliad Cox ar gyfer pob CpG, ac yn gyfatebol ar gyfer diweddbwynt cyfun omethiant yr arennauac acíwtanaf i'r arennau.Heblaw am y rhagfynegydd methylation DNA, addaswyd modelau ar gyfer oedran, rhyw, ac is-deip CKD. Mae model atchweliad Cox yn darparu amcangyfrifon ar gyfer cymhareb perygl achos-benodol (AD) ym mhresenoldeb digwyddiadau cystadleuol, hy, unrhyw farwolaeth arall ac eithrio marwolaeth sy'n gysylltiedig â'r arennau. Cynhaliwyd dadansoddiadau o beryglon is-ddosbarthu hefyd er mwyn gwerthuso effeithiau anuniongyrchol posibl drwy'r digwyddiad cystadleuol. Aseswyd y rhagdybiaeth o beryglon cyfrannol yn seiliedig ar weddillion Schoenfeld graddedig. Ni ddatgelodd asesiad graffigol ar gyfer y ddau GRhG cysylltiedig unrhyw dystiolaeth o droseddau mawr (Ffig Atodol 9).

Lleiniau ac anodiadau cymdeithasau rhanbarthol. Crëwyd y lleiniau ar gyfer Ffig. 5 Atodol gan ddefnyddio'r pecynnau 'Gviz' 65 a 'rtracklayer' 66 R. Cafodd uchafswm o 40 o safleoedd o fewn 50,{5}} bp i fyny'r afon neu i lawr yr afon o'r safle o ddiddordeb CpG eu cynnwys yn y plot. Os oedd y cyfwng yn cynnwys mwy na 40 o safleoedd, gostyngwyd y rhanbarth a blotiwyd i bellter y safle pellaf ynghyd â 10,000 bp. Mae adran Genynnau RefSeq yn seiliedig ar drac RefSeq UCSC NCBI gyda symbolau genynnau o'r pecyn 'org.Hs.eg.db' R, mae adran Ynysoedd CpG wedi'i seilio ar drac Ynysoedd CpG UCSC, roedd adran cromHMM y Map Ffordd yn seiliedig ar y Mae mapiau ffyrdd 15- yn nodi model cromHMM o'r ffetwsarenepigenome (Map Ffordd Epigenome ID: E086)67 ac mae'r adran SNPs Cyffredin yn seiliedig ar drac SNPs Cyffredin UCSC(151)68. Yn olaf, mae plot cydberthynas CpG ar waelod y ffigur yn seiliedig ar ddata o samplau methylation DNA astudiaeth KORA F4 gan ddefnyddio arae Illumina HumanMethylation450 BeadChip, gyda safleoedd coll wedi'u lliwio'n llwyd golau.

Esbonnir amrywiant gan methylation DNA.Amcangyfrifwyd canran yr amrywiant ffenoteipaidd a eglurwyd gan y 69 CpG a atgynhyrchwyd sy'n gysylltiedig ag eGFR gan ddefnyddio data 1,888 o gyfranogwyr o astudiaeth KORA FF4, sef y dilyniant saith mlynedd o astudiaeth KORA F457,58. Nid oedd y KORA FF4 yn rhan o feta-ddadansoddiad EWAS. Fodd bynnag, roedd 988 o unigolion a gynhwyswyd yn y dadansoddiad o amrywiant a eglurwyd yn gorgyffwrdd â chyfranogwyr KORA F4 yr EWAS. Yn y set ddata hon, amcangyfrifwyd yr amrywiant a eglurwyd gan bob CpG yn annibynnol ar y covariates fel y gwahaniaeth yn R2 y model sylfaenol gan gynnwys y CpGs a'r un heb. Diffiniwyd y model sylfaenol felarennodwedd ~ rhyw ac oedran ynghyd â chyfrannau celloedd gwyn y gwaed ynghyd â diabetes a gorbwysedd a BMI ynghyd â smygu ar hyn o bryd gydaarennodwedd sy'n cynrychioli eGFR ac UACR. Ar gyfer dau CpG sy'n gysylltiedig ag eGFR (cg06008406, cg20004659), nid oedd data ar gael yn set ddata KORA FF4.

Dadansoddiad ar hap Mendelaidd deugyfeiriadol.Mewn MR ymlaen, gan ddefnyddio'r pecyn 'TwoSampleMR' R69, gwnaethom ymchwilio i effeithiau achosol posibl methylation DNA yn y CpGs a atgynhyrchwyd ar eGFR ac UACR. Mae MR yn defnyddio offer genetig i leihau rhagfarn oherwydd dryslyd ac achosiad gwrthdro70. Roedd offer genetig ar gyfer methylation DNA (meQTL) ar gael ar gyfer 47 a phum CpG ar gyfer eGFR ac UACR, yn y drefn honno, fel y nodwyd yn flaenorol gan GoDMC mewn hyd at 27,750 o unigolion42. Defnyddiwyd data GWAS crynodeb llinach Ewropeaidd ar eGFR10 ac UACR13 fel y data canlyniad priodol. Defnyddiwyd hidlwyr ar gyfer cynhwysiant meQTL (pSNP <1e−5 gyda="" methylation="" dna="" mewn="" rhanbarth="" cis="" ±="" 500kb,="" anghyfartaledd="" cyswllt="" r2="">< 0.2="" o="" fewn="" rhanbarth="" 1mb,="" hidlo="" steiger,="" maf=""> 0.05). Gwnaethom berfformio MR pwysol amrywiant gwrthdro yn ogystal â dadansoddiadau sensitifrwydd MR (modd syml, modd pwysol, canolrif pwysol, ac MR Egger), neu driongli trwy amcangyfrif cymhareb Wald rhag ofn mai dim ond un offeryn fesul safle CpG oedd ar gael71-73. Mae'r amcangyfrifon effaith a geir o MR yn dibynnu ar unedau'r setiau data sylfaenol, ac yn yr achos hwn yn cyfateb i newid fesul uned mewn un gwyriad safonol o lefelau methylation ar eGFR naturiol wedi'i drawsnewid â boncyffion, a gwyriad safonol UACR naturiol a drawsnewidiwyd gan foncyffion, yn y drefn honno. Mewn MR gwrthdro, fe wnaethom archwilio effeithiau achosol posiblswyddogaeth yr arennaunodweddion ar methylation DNA, gan ddefnyddio'r SNPs sylweddol genom o GWAS traws-ethnig ar eGFR10 ac UACR13 fel offerynnau genetig ar gyfer eGFR ac UACR, yn y drefn honno. Er mwyn gwneud y mwyaf o bŵer ar ddata canlyniadau, gwnaethom gynnal meta-ddadansoddiad sgôr z o gymdeithasau SNP-CpG o astudiaethau KORA F4 (n=1662) ​​ac FHS (n=3868). Amcangyfrifwyd yr amcangyfrifon effaith cyfunol a'u gwallau safonol o'r meQTL a gynhwyswyd yn yr MR o faint y sampl, amlder alel a sgôr z74. Defnyddiwyd hidlwyr i'w cynnwys yn SNP (gwerth P < 5e="" -="" 8="">arennodwedd, gwerth P unochrog < 0.05="" gyda="" nitrogen="" wrea="" gwaed="" ar="" gyfer="" offerynnau="" egfr,="" heterogenedd="" llinach="" gwerth="" p="" yn="" fwy="" na="" neu'n="" hafal="" i="" 0.0="" 1,="" hidlo="" steiger,="" maf=""> 0.05). Fe wnaethom berfformio MR pwysol amrywiant gwrthdro gydag effeithiau lluosog ar hap (oherwydd bod nifer ddigon uchel o offerynnau o wahanol loci ar gael fesul nodwedd)51 a dadansoddiadau sensitifrwydd MR (modd syml, modd pwysol, canolrif pwysol, a MR Egger) 71-73. Fel dadansoddiad sensitifrwydd ychwanegol yn mynd i'r afael ag amrywiadau pleiotropig, fe wnaethom eithrio cyfanswm o 35 o offerynnau a oedd yn gysylltiedig â diabetes mellitus math 2 mewn GWAS75 diweddar gan gynnwys 898,130 o unigolion: un ar ddeg o SNPs a oedd â chysylltiad P-werth <5e−8 â="" diabetes,="" a="" 24="" ychwanegol="" offerynnau="" a="" oedd="" mewn="" anghydbwysedd="" cysylltedd="" (r2=""> 0.2 o fewn 1 Mb, panel cyfeirio 1000 G EUR) ag SNP o'r fath sy'n gysylltiedig â diabetes. Aseswyd anghydbwysedd cysylltedd trwy LDlink76. Ar gyfer y MR cefn, mae'r amcangyfrifon effaith yn darparu'r newid fesul uned mewn eGFR wedi'i drawsnewid yn boncyff naturiol, a gwyriad safonol UACR naturiol wedi'i drawsnewid â boncyffion, yn y drefn honno, ar wyriad safonol o lefelau methylation DNA. Addasiad profion lluosog gwerth P yn ôl Benjamini-Hochberg FDR <0.05 wedi'i="" gymhwyso="" fesul="" nodwedd="" aren,="" ac="" ar="" gyfer="" mr="" blaen="" a="" gwrthdroi="" ar="" wahân77.="" cafwyd="" gwerthoedd="" p="" heterogenedd="" o="">

Dadansoddiadau cyfoethogi.Er mwyn llywio effeithiau swyddogaethol posibl y CpGs cysylltiedig, fe wnaethom asesu cyfoethogiad y GRhGau hyn mewn safleoedd o DNase I neu addasiad histone (H3K4me1, H3K4me3, H3K9me3, H3K27me3), setiau genynnau yn seiliedig ar delerau a llwybrau GO yn y cronfeydd data KEGG ac Reactome32 -35. Perfformiwyd dadansoddiadau cyfoethogi TFBS fel y disgrifiwyd yn fanwl yn flaenorol14. Yn gryno, aseswyd profion cyfoethogi gan ddefnyddio eForge78 gan ddefnyddio permutation a pharu ar gyfer lleoleiddio genynnau a CpG rhanbarth ynys wrth samplu. Cafwyd data naill ai o'r prosiectau ENCODE (125 sampl) neu'r Mapiau Ffordd Epigenomeg (299 sampl) a gynhyrchwyd gan y dull Hotspot67,79,80. Defnyddiwyd y CpGs a oedd yn gysylltiedig ag eGFR ac UACR, yn y drefn honno, ar werth-P < 1e−05="" yn="" y="" meta-ddadansoddiad="" fel="" mewnbwn="" (data="" atodol="" 6="" a="" 7),="" a="" 10,000="" rhediadau="" ailsamplu,="" hidlydd="" agosrwydd="" gweithredol="" ac="" ystyrir="" fdr="">< 0.05="" yn="" arwyddocaol="" (data="" atodol="" 13="" a="" 14).="" perfformiwyd="" dadansoddiadau="" cyfoethogi="" marciau="" histone="" yn="" gyfatebol="" (data="" atodol="" 15="" ac="" 16).="" aseswyd="" cyfoethogiad="" mewn="" setiau="" neu="" lwybrau="" genynnau="" gan="" ddefnyddio'r="" pecyn="" methylgsa="" a="" fersiwn="" r="" 3.6.181.="" y="" dull="" prawf="" cyfoethogi="" oedd="" methylglm="" yn="" gweithredu="" atchweliad="" logistaidd="" addasu="" ar="" gyfer="" nifer="" y="" chwilwyr="" fesul="" genyn="" a'r="" cefndir="" awtosomaidd="" sy'n="" gorgyffwrdd="" araeau="" 450k="" ac="" epic.="" profwyd="" setiau="" genynnau="" neu="" lwybrau="" gyda="" 100-500="" o="" enynnau="" (gosodiad="" diofyn).="" roeddem="" o’r="" farn="" bod="" set="" neu="" lwybr="" genynnau="" wedi’i="" gyfoethogi’n="" sylweddol="" ar="" fdr=""><0.05 gan="" gywiro="" ar="" gyfer="" profion="" lluosog="" o="" fewn="" pob="" cronfa="" ddata="" gan="" ddefnyddio="" dull="" benjamini="" a="" hochberg="" (data="" atodol="" 17="" a="">